การติดเชื้อพยาธิ
ก. พยาธิภายใน (Internal parasite) ที่พบในจระเข้ตามฟาร์มเลี้ยงในประเทศไทย คือ พยาธิในปอด มีชื่อว่า เพ็นตาสโตมิดา (Pemtastomida) โดยจะพบตัวแก่อยู่ในปอดหรือทางเดินหายใจบริเวณอื่น ๆ ไข่พยาธิชนิดนี้จะอยู่ในน้ำลายหรืออุจราระของแมลง หรือพวกหนู จะเป็นตัวนำโรคนี้ไปสู่จระเข้ตัวอื่น ๆ ทำให้จระเข้อ่อนแอลง เพราะพยาธิดูดเลือดจากเส้นเลือดฝอยของปอด มีพยาธิบางส่วนไชชอนไปมาทำให้เลือดออกมากขึ้น และเกิดติดเชื้อแบคทีเรียแทรกซ้อน อาการที่แสดงออกของจระเข้อาจไม่เด่นชัด อาจสังเกตเห็นเพียงแต่จระเข้ที่มีพยาธิผอมลงทุกวัน แล้วตายไปเอง เมื่อผ่าซากจึงพบตัวพยาธิดังกล่าว มีลำตัวสีขาวเป็นปล้อง ๆ อยู่ในปอด
การป้องกันและรักษา ทำได้โดยใช้ยากำจัดพยาธิชนิดฉีดคือ ไอโวเม็คติน (ivomectin) ฉีดเข้าใต้ผิวหนังหรือกล้ามเนื้อด้วยขนาด 200 ไมโครกรัมต่อน้ำหนักตัว 1 กิโลกรัมครั้งเดียว และหมั่นตรวจอุจจาระจระเข้อย่างน้อยเดือนละครั้ง ยาที่ให้ผลในการรักษาอีกอย่างคือ ซัลฟาคลอโรไพราซีล 30 % ผสมคลุกเคล้าในอาหาร ด้วยขนาดยา 1.5 กรัมต่ออาหาร 1 กิโลกรัม กินติดต่อกัน 3 วัน หรือทำเป็นสารละลาย 3 % ป้อนผ่านท่อกระเพาะจระเข้ด้วยขนาด 5 มิลลิกรัมต่อน้ำหนักตัว 1 กิโลกรัมวันละครั้งติดต่อกัน 3 วัน
ข. พยาธิภายนอก (External parasites) พยาธิภายนอกที่สำคัญกับจระเข้มีเพียงตัวเดียวเท่านั้นคือ ปลิงควาย โดยอาศัยอยู่ในปากของจระเข้ โดยดูดเลือดจากเหงือก ลิ้น ซอกฟัน เพดาน แต่ดูเหมือนว่าจะไม่ทำให้เกิดอันตรายจากจระเข้ใหญ่ ๆ มากนัก ตามธรรมชาติแล้วนกเอี้ยงหรือนกกินแมลงบางชนิดมักเป็นผู้ช่วยกำจัดปลิงควายเหล่านี้ในขณะที่จระเข้นอนอ้าปากผึ่งแดด ส่วนการกำจัดปลิงควายที่มีในจระเข้เลี้ยง สามารถกระทำได้โดยใช้ปูนขาวละลายน้ำในบ่อจระเข้ ซึ่งนับเป็นวิธีง่าย ถูก และได้ผลดีที่สุด
( ก