สำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน ได้จัดทำโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการภายใน การแบ่งงาน อำนาจหน้าที่ ความรับผิดชอบ การกำหนดตำแหน่ง และระดับตำแหน่ง พ.ศ.2558 เพื่อแก้ไขปัญหาการตรวจสอบที่ยังไม่รองรับภารกิจของหน่วยรับตรวจ เนื่องจากการเปลี่ยนแปลงการบริหารจัดการภายในของหน่วยรับตรวจ และเพื่อสนับสนุนภารกิจของคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน ดังนั้นการกำหนดอัตรากำลังในแต่ละสำนักจึงต้องกำหนดให้สอดคล้องกับโครงสร้างองค์กร ซึ่งมีหลักใหญ่ ๆ ในการพิจารณากำหนดอัตรากำลังในแต่ละสำนัก ดังนี้
1.1 จำนวนหน่วยรับตรวจที่แต่ละสำนักต้องรับผิดชอบ
1.2 ปริมาณ และขนาดของหน่วยรับตรวจ
1.3 ความยุ่งยากซับซ้อนในหน่วยรับตรวจ
1.4 จำนวนสัญญาและจำนวนเงินงบประมาณในการจัดซื้อจัดจ้างของหน่วยรับตรวจ
1.5 สำนักสนับสนุนมีขนาดเล็กกะทัดรัด แต่ให้มีการบริหารจัดการที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น