3.2. Global diversity of intestinal

3.2. Global diversity of intestinal microbial communities across all treatment groups
A total of 49,031 16S rRNA sequences were generated from the contents of the intestinal ileum of unsupplemented/uninfected (control), unsupplemented/co-infected (NE), and oleoresin supplemented/co-infected (NE + XT) Cobb, Hubbard, and Ross chickens (Table 1). Individual pyrosequencing reads corresponding to specific OTUs were assigned to bacterial phyla and genera by homology comparison using the RDP and Silva databases. Table 2 summarizes the taxonomic classifications of the major OTUs identified in all treatment groups of the three chicken breeds. Sixteen major OTUs were identified in Cobb, 8 OTUs in Hubbard, and 15 OTUs in Ross. Firmicutes, Proteobacteria, and Cyanobacteria were the most common phyla detected in all chickens, with greater than 97% of all sequencing reads identified as Firmicutes. Bacteroidetes
was exclusively found in Cobb chickens and Actinobacteria was restricted to Ross. At the genus level, Hubbard chickens exhibited a fewer number of bacterial genera (n = 5) compared with Cobb
(n = 9) and Ross (n = 9) birds. Bacterial beta diversity was determined by molecular phylogenetic analysis using the maximum likelihood method. Beta diversity at the phylum level among the combined treatment groups for Cobb, Hubbard, and Ross chickens is illustrated in Fig. 3. Beta diversity at the OTU level in the three broiler breeds in the separate treatment groups is illustrated in Fig. 4. Included in this analysis were unsupplemented chickens infected
with either C. perfringens (CP) alone or E. maxima (EM) alone. In Cobb chickens, OTU diversity was relatively similar in the control, CP, NE, and NE + XT groups, while the EM group exhibited
a dissimilar degree of diversity (Fig. 4). In Hubbard chickens, OTU diversity was comparable in the control, EM, CP, and NE + XT groups,while the NE group exhibited a relatively unique level of diversity. In Ross chickens, OTU diversity was similar in the control, EM, CP, and
NE groups, while the NE + XT group exhibited a different extent of diversity.

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3.2 . ความหลากหลายของจุลินทรีย์ในลำไส้โดยชุมชนในกลุ่มการรักษาทั้งหมดรวม 49031 16S rRNA ลำดับถูกสร้างขึ้นจากเนื้อหาของลำไส้ลำไส้ของมาก่อน ( การควบคุม ) , ขาว / ขาว / Co ติดเชื้อ ( NE ) และโอลีโอเรซิน เสริม co / ติดเชื้อ ( เน่ + XT ) Cobb , ฮับบาร์ด , รอสและไก่ ( ตารางที่ 1 ) ไพโรซีเควนซิงอ่านเฉพาะในแต่ละที่ได้รับพบแบคทีเรียสกุลโดยเปรียบเทียบซึ่งใช้ RDP และ ซิลวา ฐานข้อมูล ตารางที่ 2 สรุปหมวดหมู่หมวดหมู่ของสาขาในการระบุในกลุ่มของไก่ 3 สายพันธุ์ 16 สาขาในถูกระบุใน Cobb , 8 ในใน Hubbard , และ 15 ในใน Ross โพรทีโอแบคทีเรีย และ กฟภ. Firmicutes ) , ที่พบมากที่สุดที่พบในไก่ พบทั้งหมดที่มีมากกว่า 97% ของทั้งหมดหาอ่านตามที่ระบุ Firmicutes . bacteroidetesพิเศษที่พบในไก่และแอคติโนมัยสีทคือคอบจำกัด โรส ในระดับสกุล ฮับบาร์ด ไก่ , มีจำนวนน้อยลงของแบคทีเรียสกุล ( n = 5 ) เปรียบเทียบกับคอบ( n = 9 ) และโรส ( n = 9 ) นก แบคทีเรียที่ถูกกำหนดโดยการวิเคราะห์ phylogenetic เบต้าของโมเลกุลโดยใช้วิธีความควรจะเป็นสูงสุด เบต้า ความหลากหลายในไฟลัมระดับระหว่างรวมกลุ่มสำหรับค็อบ ฮับบาร์ด และ รอส ไก่จะแสดงในรูปที่ 3 เบต้า ความหลากหลายที่ otu ระดับใน 3 ไก่เนื้อสายพันธุ์ในกลุ่มแยกต่างหากจะแสดงในรูปที่ 4 รวมอยู่ในการวิเคราะห์ครั้งนี้ได้รับไก่ติดเชื้อกับ C . perfringens ( CP ) คนเดียว หรือ E . maxima ( เอ็ม ) คนเดียว ไก่ใน Cobb , ความหลากหลาย otu ก็ค่อนข้างคล้ายกันในการควบคุม , CP NE และเน่ + กลุ่ม XT , ในขณะที่มันมีกลุ่มองศาที่แตกต่างกันของความหลากหลาย ( รูปที่ 4 ) ใน Hubbard ไก่ , ความหลากหลาย otu ได้ในการควบคุม , เอ็ม , CP และ NE + กลุ่มต่อไป ในขณะที่กลุ่มไม่แสดงระดับเฉพาะค่อนข้างหลากหลาย ใน รอสส์ ไก่ , ความหลากหลาย otu คล้ายกันในการควบคุม , เอ็ม , CP และเน่เน่ + XT กลุ่ม ในขณะที่กลุ่มมีขอบเขตที่แตกต่างกันของความหลากหลาย