The previously selected exposed reg

The previously selected exposed regions from the membranebound
UPs and KPs and the soluble sequences from the other KPs
were analyzed using three epitope prediction programs: Rankpep
(http://imed.med.ucm.es/Tools/rankpep.html), SYFPEITHI (http://
www.SYFPEITHI.de/Scripts/MHCServer.dll/EpitopePrediction.htm),
and NetMHCII 3.2 (http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC/).The
affinities of all sequences were evaluated for six types of human
HLAs: HLA-DRB1 0101, HLA-DRB1 0301, HLA-DRB1 0401, HLADRB1
0701, HLA-DRB1 1101, and HLA-DRB1 1501 (Cardoso et al.,
2006 and Lopes et al., 2009).
The results include the binding affinity scores for fourteen-amino
acid epitopes. The Rankpep program uses a binding threshold
that is value-specific for each HLA; if the affinity of an epitope
for the analyzed HLA is above the threshold, it is considered representative.
The SYFPEITHI program scores the binding affinity by
taking the amino acids and their position in the sequence into consideration.
The NetMHCII 3.2 program uses a maximum affinity
score of fifty, and any affinity values below this score are considered
significant.
The epitopes with the highest affinities for each HLA were selected
and aligned with their respective original proteins using
the MultiAlin5.4.1 program (http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/
multalin.html).Fragments of fifteen amino acids, identified
by the best alignment between the sequences of the entire protein
and the epitopes previously selected by the three programs, were
chosen.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สัมผัสภูมิภาคจาก membranebound ที่เลือกก่อนหน้านี้UPs และ KPs และลำดับที่ละลายจาก KPs อื่น ๆได้วิเคราะห์โดยใช้โปรแกรมทำนาย epitope 3: Rankpep(http://imed.med.ucm.es/Tools/rankpep.html), SYFPEITHI (http://www.SYFPEITHI.de/Scripts/MHCServer.dll/EpitopePrediction.htm),และ 3.2 NetMHCII (http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC/) ที่affinities ลำดับทั้งหมดถูกประเมินสำหรับหกชนิดของมนุษย์HLAs: HLA-DRB1 0101, HLA-DRB1 0301, HLA-DRB1 0401, HLADRB10701, 1101 HLA DRB1 และค.ศ. 1501 HLA DRB1 (Cardoso et al.,2006 และ Lopes et al., 2009)ผลรวมการผูกความสัมพันธ์คะแนนสำหรับสิบสี่อะมิโนepitopes กรด โปรแกรม Rankpep ใช้ขีดเริ่มผูกที่เป็นค่าเฉพาะสำหรับแต่ละ HLA ถ้าความสัมพันธ์ของการ epitopeHLA วิเคราะห์เป็นเหนือขีดจำกัด ถือว่าตัวแทนโปรแกรม SYFPEITHI คะแนนความสัมพันธ์ผูกโดยมีกรดอะมิโนและตำแหน่งของพวกเขาในลำดับการพิจารณาNetMHCII 3.2 รายมีความสัมพันธ์สูงสุดคะแนน 50 และมีค่าความสัมพันธ์ด้านล่างนี้คะแนนจะถือว่าอย่างมีนัยสำคัญเลือก epitopes ด้วย affinities สูงสุดสำหรับแต่ละ HLAและด้วยโปรตีนดั้งเดิมของพวกเขาเกี่ยวข้องใช้โปรแกรม MultiAlin5.4.1 (http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html) ชิ้นส่วนของกรดอะมิโน 15 ระบุโดยการจัดตำแหน่งที่ดีที่สุดระหว่างลำดับของโปรตีนทั้งหมดและ epitopes ที่เลือกก่อนหน้านี้ โดยโปรแกรมที่สามเลือก

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ภูมิภาคที่เลือกก่อนหน้าสัมผัสจาก membranebound
UPS และ KPS และลำดับที่ละลายน้ำได้จาก KPS อื่น ๆ ที่
ได้รับการวิเคราะห์โดยใช้สามโปรแกรมทำนาย epitope: Rankpep
(http://imed.med.ucm.es/Tools/rankpep.html) SYFPEITHI ( http: //
www.SYFPEITHI.de/Scripts/MHCServer.dll/EpitopePrediction.htm)
และ NetMHCII 3.2 (http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC/).The
ความพอใจของลำดับทั้งหมดได้รับการประเมิน สำหรับหกชนิดของมนุษย์
hlas: HLA-DRB1 0101, HLA-DRB1 0301, HLA-DRB1 0401, HLADRB1
0701, HLA-DRB1 1101 และ HLA-DRB1 1501 (. Cardoso, et al,
. ปี 2006 และเปส et al, 2009) .
ผลรวมคะแนนความใกล้ชิดผูกพันสิบสี่อะมิโน
กรด epitopes โปรแกรม Rankpep ใช้เกณฑ์ที่มีผลผูกพัน
ที่มีค่าเฉพาะสำหรับแต่ละ HLA; ถ้าความสัมพันธ์ของ epitope
สำหรับ HLA วิเคราะห์สูงกว่าเกณฑ์ก็ถือว่าเป็นตัวแทน.
โปรแกรม SYFPEITHI คะแนนผูกพันใกล้ชิดโดย
การกรดอะมิโนและตำแหน่งของพวกเขาในลำดับที่เข้าสู่การพิจารณา.
NetMHCII 3.2 โปรแกรมที่ใช้ความสัมพันธ์สูงสุด
คะแนน ห้าสิบและค่าความสัมพันธ์ใด ๆ ดังต่อไปนี้คะแนนนี้ได้รับการพิจารณา
อย่างมีนัยสำคัญ.
epitopes กับความพอใจสูงสุดสำหรับแต่ละ HLA ได้รับการคัดเลือก
และสอดคล้องกับโปรตีนเดิมของตนโดยใช้
โปรแกรม MultiAlin5.4.1 (http://multalin.toulouse.inra.fr / multalin /
multalin.html) .Fragments สิบห้ากรดอะมิโนระบุ
โดยการจัดตำแหน่งที่ดีที่สุดระหว่างลำดับของโปรตีนทั้งหมด
และ epitopes ที่เลือกก่อนหน้านี้โดยสามโปรแกรมที่ถูก
รับเลือก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การเลือกก่อนหน้านี้ภูมิภาคสัมผัสจาก membranebound
UPS และกำแพงแสน และลำดับที่ละลายน้ำได้จาก
พันธุ์อื่น ๆ วิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้โปรแกรม rankpep สามไวรัสทำนาย :
( http : / / ไอเมด . Med . ucm ES / เครื่องมือ / rankpep . html ) , syfpeithi ( http : / /
www.syfpeithi . de / scripts / mhcserver DLL / epitopeprediction . htm )
netmhcii และ 3.2 ( http : / / www.cbs . dtu . DK / บริการ / netmhc
/ )affinities ของลำดับจำนวน 6 ประเภทของมนุษย์
hlas : HLA-DRB1 0101 HLA-DRB1 0301 HLA-DRB1 , ร้าน , ,
hladrb1 0701 HLA-DRB1 , 1101 และ HLA-DRB1 1501 ( คาร์โดโซ et al . ,
2006 และ Lopes et al . , 2009 ) .
ผลรวมผูกความสัมพันธ์คะแนน 14 จากกรดอะมิโน
. โปรแกรม rankpep ใช้ผูกเพดาน
ที่ค่าเฉพาะสำหรับแต่ละ hla ;ถ้าความสัมพันธ์ของไวรัส
สำหรับวิเคราะห์การตเป็นเกณฑ์ ก็ถือว่าท่าน . . .
syfpeithi คะแนนโปรแกรม affinity ผูกโดย
เอากรดอะมิโน และตำแหน่งในการพิจารณา netmhcii 3.2
6
คะแนนสูงสุดโปรแกรมใช้ห้าสิบและค่าคะแนนความสัมพันธ์ใด ๆด้านล่าง นี้ถือว่าเป็น

ที่สำคัญผู้ป่วย กับ สูงสุด affinities แต่ละ hla ชิดกับตนและถูก

multialin5.4.1 เดิมโปรตีนโดยใช้โปรแกรมที่เลือก ( http : / / multalin . ตูลูส ทีมนักวิจัยของ . fr / multalin /
multalin . html ) ชิ้นส่วนสิบห้ากรดอะมิโน
โดยระบุที่ดีที่สุดจัดตำแหน่งระหว่างลำดับของ
โปรตีน ทั้งหมดและจากที่เลือกก่อนหน้านี้ โดยสามโปรแกรมคือ
เลือก