Depending on the species examined,

Depending on the species examined, lipid droplets have been previously
reported to contain from40 to 300 different proteins [39–43]. We
performed proteomic analysis on three biological replicates of N2 and
daf-2. Our lipid droplet proteome analysis confidently identified 354
proteins belonging to various functional classes including lipid metabolism,
other metabolism, transcription and translation, ribosome,
trafficking and transport, cytoskeleton, chaperones, and signal transduction
(Table 1, Table S2).
To estimate protein abundance we used a spectrum counting approach
[44] in which the number of MS/MS spectrum identifications
of the peptides belonging to a given protein were normalized (divided)
by protein length (Supplemental Table 2 and Table 1). For further analysis,
we focused on the top 100 most abundant proteins. The most
abundant protein was MDT-28. Even though this protein shares sequence
similarity to transcriptional mediator complex, it also contains
an N-terminal domain similarity to pfam 03036, which is a conserved
domain associated with the Perilipin family [10] (Supplemental
Fig. 1). Perilipins are conserved structural components of lipid droplets
that regulate lipid storage and hydrolysis [10].
The most striking difference we found between the lipid droplet
proteomes of wild type and the long-lived, high fat daf-2 mutants was
in the abundance of MDT-28 protein. The daf-2 lipid droplets, which
are larger than wild type, contain relatively less MDT-28 protein, approximately
70% of wild type. This indicates that MDT-28 protein
might be an important regulator of lipid droplet metabolism. Besides
the difference in MDT-28 protein in wild type vs. daf-2, very few other
proteins showed differential abundance in these strains, only 10/354
proteins (2.8%) showed significantly different abundance in daf-2 vs.
wild type C. elegans, with 8/10 proteins showing reduced abundance
in the lipid droplets of daf-2 mutants (Table S2).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ขึ้นอยู่กับสายพันธุ์ที่ตรวจสอบ หยดไขมันได้ก่อนหน้านี้รายงานมี from40 กับโปรตีนอื่น 300 [39 – 43] เราดำเนินการวิเคราะห์ proteomic ในสามชีวภาพสามารถจำลองของ N2 และเยอรมัน-2 ของเราไขมันหยด proteome วิเคราะห์ระบุ– 354ของการเรียนการทำงานต่าง ๆ รวมทั้งเผาผลาญไขมัน โปรตีนอื่น ๆ เผาผลาญ transcription และแปล ไรโบ โซมการค้า และการขนส่ง cytoskeleton, chaperones และสัญญาณ transduction(ตาราง 1, S2 ตาราง)การประเมินความอุดมสมบูรณ์ของโปรตีน เราใช้สเปกตรัมเป็นวิธีการตรวจนับ[44] ในการหมายเลขของรหัสสเปกตรัม MS/MSของเปปไทด์ของโปรตีนให้ได้ตามปกติ (ถูกแบ่ง)โดยความยาวโปรตีน (เพิ่มเติมตาราง 2 และตารางที่ 1) สำหรับการวิเคราะห์เพิ่มเติมเราเน้นโปรตีนมากที่สุด 100 สูงสุด มากสุดโปรตีนที่อุดมสมบูรณ์ถูก MDT 28 ถึงแม้ว่า โปรตีนนี้ใช้ลำดับคล้ายคลึงกับผู้ไกล่เกลี่ย transcriptional ซับซ้อน นอกจากนี้ยังประกอบด้วยมี N-เทอร์มินัลโดเมนคล้ายกับ pfam 03036 ซึ่งเป็นการนำโดเมนที่เกี่ยวข้องกับครอบครัวอย่างไร Perilipin [10] (SupplementalFig. 1) Perilipins จะนำส่วนประกอบโครงสร้างของหยดไขมันที่กำหนดจัดเก็บไขมันและไฮโตรไลซ์ [10]ความแตกต่างโดดเด่นที่สุดที่เราพบระหว่างหยดไขมันproteomes ชนิดป่าและ long-lived สูงไขมันเยอรมัน 2 สายพันธุ์คือในความอุดมสมบูรณ์ของโปรตีน MDT 28 หยดไขมัน 2 เยอรมัน ที่มีขนาดใหญ่กว่าป่าชนิด ประกอบด้วยโปรตีนค่อนข้างน้อย MDT 28 ประมาณ70% ของป่าชนิด บ่งชี้ว่า โปรตีน MDT 28อาจมีการควบคุมที่สำคัญของหยดไขมัน สำรองห้องพักความแตกต่างของชนิดป่าเทียบกับเยอรมัน 2 มากสิ่งอื่น ๆ โปรตีน MDT 28โปรตีนแสดงให้เห็นความแตกต่างในสายพันธุ์เหล่านี้ เฉพาะ 10/354โปรตีน (2.8%) แสดงให้เห็นความแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญใน vs เยอรมัน 2ป่าชนิด C. elegans มีโปรตีน 8/10 ที่แสดงลดราคามากมายในหยดไขมันของเยอรมัน 2 สายพันธุ์ (ตาราง S2)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับสายพันธุ์ที่ตรวจสอบหยดไขมันที่ได้รับก่อนหน้านี้มีรายงานว่าจะมี from40 ถึง 300 โปรตีนที่แตกต่างกัน [39-43]
เราดำเนินการวิเคราะห์โปรตีนสามซ้ำทางชีวภาพของ N2 และ DAF-2 ไขมันในเลือดหยดของเราวิเคราะห์โปรตีนมั่นใจระบุ 354 โปรตีนที่อยู่ในชั้นเรียนการทำงานต่าง ๆ รวมทั้งการเผาผลาญไขมัน, การเผาผลาญอาหารอื่น ๆ ถอดความและแปลไรโบโซม, การค้าและการขนส่ง, โครงร่างของเซลล์, ครูใหญ่และสัญญาณ(ตารางที่ 1 ตารางที่ S2). เพื่อประเมินความอุดมสมบูรณ์ของโปรตีน เราใช้วิธีการนับคลื่นความถี่[44] ซึ่งในจำนวน MS / MS ระบุสเปกตรัมของเปปไทด์ที่เป็นโปรตีนที่กำหนดถูกปกติ (แบ่ง) โดยความยาวโปรตีน (เพิ่มเติมตารางที่ 2 และตารางที่ 1) สำหรับการวิเคราะห์ต่อไปเราจะมุ่งเน้นไปที่ด้านบน 100 โปรตีนที่มีมากที่สุด มากที่สุดของโปรตีนที่อุดมสมบูรณ์เป็น MDT-28 แม้ว่าโปรตีนลำดับหุ้นนี้มีความคล้ายคลึงกันในการถอดรหัสคนกลางที่ซับซ้อนก็ยังมีความคล้ายคลึงกันโดเมนN-terminal เพื่อ Pfam 03036 ซึ่งเป็นป่าสงวนโดเมนที่เกี่ยวข้องกับครอบครัวPerilipin [10] (เพิ่มเติมรูปที่1). Perilipins ป่าสงวนส่วนประกอบโครงสร้างของหยดไขมันที่ควบคุมการจัดเก็บไขมันและย่อยสลาย[10]. ความแตกต่างที่โดดเด่นที่สุดที่เราพบระหว่างหยดไขมันproteomes ของป่าประเภทและระยะยาว, ไขมันสูง DAF-2 กลายพันธุ์เป็นในความอุดมสมบูรณ์ของMDT โปรตีน -28 หยดไขมัน DAF-2 ซึ่งมีขนาดใหญ่กว่าชนิดป่ามีค่อนข้างน้อยโปรตีนMDT-28 ประมาณ70% ของป่าประเภท นี้บ่งชี้ว่าโปรตีน MDT-28 อาจจะมีการควบคุมที่สำคัญของการเผาผลาญไขมันในเลือดหยด นอกจากนี้ความแตกต่างในโปรตีน MDT-28 ในรูปแบบป่ากับ DAF-2, อื่น ๆ น้อยมากโปรตีนแสดงให้เห็นความอุดมสมบูรณ์ที่แตกต่างกันในสายพันธุ์เหล่านี้เพียง10/354 โปรตีน (2.8%) ที่แสดงให้เห็นความอุดมสมบูรณ์ที่แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญใน DAF-2 เทียบกับป่าประเภทC . elegans มีโปรตีน 8/10 เผยให้เห็นความอุดมสมบูรณ์ลดลงในหยดไขมันของDAF-2 กลายพันธุ์ (ตารางที่ S2)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ขึ้นอยู่กับชนิดตรวจไขมันพบได้รับก่อนหน้านี้
รายงานประกอบด้วย from40 300 โปรตีนแตกต่างกัน [ 39 – 43 ] เราทำการวิเคราะห์โปรตีนใน
3 ซ้ำทางชีวภาพของ N2 และ
daf-2 . ของเรา ไขมันแตกตัว การวิเคราะห์โปรตีนก็ระบุ 354
โปรตีนเป็นของบทเรียนการทำงานต่างๆรวมทั้งการเผาผลาญไขมัน
การเผาผลาญอาหารอื่น ๆการถอดความและแปล ไรโบโซม
, การค้าและการขนส่งขาดตอน คนติดตาม และส่งสัญญาณ ,
( ตารางที่ 1 ตาราง S2 )
เพื่อประเมินความอุดมสมบูรณ์โปรตีนที่เราใช้สเปกตรัมนับแนวทาง
[ 44 ] ซึ่งในจำนวนของ MS / MS สเปกตรัมการแสดงตัวของ
ของเปปไทด์ของโปรตีนปกติ ( ให้ แบ่งตามความยาวของโปรตีน )
( โต๊ะเสริม 2 และตารางที่ 1 )สำหรับการวิเคราะห์ต่อไป
เราเน้นในด้านบน 100 สุดมากมาย โปรตีน ที่สุด
มากมายของโปรตีน mdt-28 . แม้ว่าโปรตีนหุ้นลำดับ
ความคล้ายคลึงกับ particle คนกลางที่ซับซ้อนนอกจากนี้ยังมีความคล้ายคลึงกับกรดอะมิโน
เป็นโดเมน pfam 03036 ซึ่งเป็นป่าสงวน
โดเมนที่เกี่ยวข้องกับครอบครัว perilipin [ 10 ] ( เสริม
รูปที่ 1 )perilipins อนุรักษ์องค์ประกอบโครงสร้างของไขมันหยด
ที่ควบคุมไขมันกระเป๋าย่อย [ 10 ] .
ที่โดดเด่นที่สุดที่เราพบความแตกต่างระหว่างไขมันแตกตัว
proteomes ชนิดป่าและจีรัง ไขมันสูง daf-2 โคโลนี
ในความอุดมสมบูรณ์ของโปรตีน mdt-28 . หยดไขมัน daf-2 ซึ่ง
มีขนาดใหญ่กว่าป่าชนิด มีค่อนข้างน้อยประมาณ
mdt-28 โปรตีน70% ของป่าประเภท นี้บ่งชี้ว่า
โปรตีน mdt-28 อาจจะควบคุมที่สำคัญของไขมันแตกตัว การเผาผลาญ นอกจากนี้
ความแตกต่างใน mdt-28 โปรตีนในป่าประเภท กับ daf-2 โปรตีนอื่น ๆน้อยมาก พบความแตกต่าง
อุดมสมบูรณ์ในสายพันธุ์เหล่านี้ เท่านั้น 10 / 354
โปรตีน ( 2.8% ) พบว่าแตกต่างกันมากมายใน daf-2 vs
ประเภทซี ถิ่นป่า ,กับ 8 / 10 โปรตีนแสดงลดลงความอุดมสมบูรณ์
ในไขมันหยด daf-2 กลายพันธุ์ ( ตาราง S1 )