การศึกษาเกี่ยวกับจุลินทรีย์ในกาแฟจะเน้นการแยกและระบุเชื้อราแต่จุลินทรีย์ส่วนใหญ่ที่พบระหว่างการหมักและการอบแห้งจะเป็นแบคทีเรียและยีสต์
ในการผลิตกาแฟแบบดั่งเดิมเริ่มต้นจากการปอกผลของเมล็ดกาแฟสุกในการศึกษาผลกาแฟสุกที่เก็บเกี่ยวได้และบรรจุใส่ในถังหมักและการอบแห้งเป็นวิธีที่แตกต่างจากที่ใช้ในการศึกษาที่เผยแพร่แล้วจะช่วยให้เราสามารถตรวจสอบการดำรงและการสืบทอดของกลุ่มจุลินทรีย์
ในขั้นตอนการหมักเริ่มต้นพบจุลินทรีย์ที่มีความเด่นในการหมักคือแบคทีเรียและยีสต์ตลอดกระบวนการหมักจนเมื่อค่า aw อยู่ที่ประมาณ 0.8 แบคทีเรียแกรมบวกจะสร้างสปอร์ที่แยกได้ตลอดทั้งการหมักและการเก็บรักษาเป็นเชื้อที่ไม่พึงประสงค์ เชื้อราที่พบในกระบวนการหมักอาจเป็นเพราะการแยกสปอร์ของเชื้อราบน