เกิดปัญหาน้ำเสียจากเรือสินค้าขณะจอดเทียบท่าเรือสินค้าอาจมีการลักลอยปล่อยน้ำทิ้งที่ไม่ผ่านการบำบัดที่ได้มาตรฐาน
หรือมีการปล่อยทิ้งน้าที่มีการปนเปื้อนของน้ำมันจากห้องเครื่องของเรือหรือเกิดอุปกรณ์เสื่อมชารุดทาให้น้ำมันรั่วไหลลงในแหล่งน้ำทำให้เพิ่มความสกปรกให้แก่แหล่งน้ำภายในอาณาบริเวณท่าเรือ