อำเภอบ่อเกลือตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือของจังหวัดน่าน ประมาณพิกัดเส้นรุ้งที่ 19 องศา 8 ลิปดา 30 พิลิปดาตะวันออกและเส้นแวงที่ 101 องศา 10 ลิปดา 0 พิลิปดาเหนือ มีเนื้อที่ปกครองประมาณ 523,781.25 ไร่ หรือประมาณ 838.05 ตารางกิโลเมตร คิดเป็นเนื้อที่ร้อยละ 7.40 ของเนื้อที่จังหวัดน่านทั้งหมด มีอาณาเขตติดต่อกับเขตการปกครองข้างเคียงดังนี้
ทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอเฉลิมพระเกียรติ
ทิศตะวันออก ติดต่อกับแขวงไซยะบูลี (ประเทศลาว)
ทิศใต้ ติดต่อกับอำเภอแม่จริมและอำเภอสันติสุข
ทิศตะวันตก ติดต่อกับอำเภอปัว