DNA extraction and sequence analyse

DNA extraction and sequence analyses

DNA was extracted from isolates using the CTAB (N-cetyl- N,N,Ntrimethyl-ammonium bromide) method (Murray and Thompson, 1980). Small subunit ribosomal RNA (mtSSU rRNA) and b-tubulin were then amplified by PCR using pri- mer pairs ITS1/ITS2 and the conditions described by O’Don- nell et al. (1998), Borneman and Hartin (2000) and Glass and Donaldson (1995), respectively. PCR products were purified using the QIA quick PCR purification kit (QIAGEN, GmbH, Germany), and sequenced in both directions using the respec- tive PCR primers. For this purpose, the Big Dye terminator sequencing kit (Version 3.1, Applied Biosystems) and an ABI PRISMTM 3100 DNA sequencer (Applied Biosystems) were used. All PCRs and sequencing reactions were performed on a GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems). Gene se- quences were assembled using Sequence Navigator (Version
1.0.1, Applied Biosystems), and aligned using ClustalX; Version 1.8 (Thompson et al., 2002), after which the align- ments were manually corrected where needed.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิเคราะห์สกัดและลำดับดีเอ็นเอดีเอ็นเอที่สกัดจากแยกใช้ CTAB (N-cetyl-N, N โบรไมด์แอมโมเนีย Ntrimethyl) วิธีการ (Murray และทอมป์สัน 1980) ย่อยเล็ก ribosomal อาร์เอ็นเอ (mtSSU rRNA) และ b tubulin แล้วจับคู่ amplified โดย PCR ที่ใช้ค่อนข้างดีแมร์ ITS1/ITS2 และเงื่อนไขที่อธิบายไว้ โดย O'Don nell et al. (1998), Borneman และ Hartin (2000) และแก้ว และ Donaldson (1995), ตามลำดับ ผลิตภัณฑ์ PCR ได้ purified ใช้ QIA ด่วน PCR purification ชุด (QIAGEN, GmbH เยอรมนี), และเรียงลำดับในทั้งสองทิศทางโดยใช้ไพรเมอร์ PCR respec tive สำหรับวัตถุประสงค์นี้ การย้อมใหญ่เทอร์มิเนเตอร์ลำดับชุด (เวอร์ชัน 3.1, Biosystems ใช้) และการลักชัวรี่ PRISMTM 3100 DNA sequencer (Biosystems ใช้) ใช้ PCRs และลำดับปฏิกิริยาทั้งหมดถูกดำเนินการบน GeneAmp PCR ระบบ 9700 (Biosystems ใช้) ยีน se-quences ถูกรวบรวมโดยใช้ตัวนำทางลำดับ (รุ่น1.0.1, Biosystems ใช้), และการจัดตำแหน่งโดยใช้ ClustalX รุ่น 1.8 (ทอมป์สันและ al., 2002), หลังจาก ments ชิดได้ด้วยตนเองแก้ไขจำเป็น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การสกัดดีเอ็นเอและลำดับการวิเคราะห์ดีเอ็นเอจากเชื้อโดยใช้ ctab ( n-cetyl - N , N , ntrimethyl แอมโมเนียมโบรไมด์ ) วิธีการ ( Murray และทอมป์สัน , 1980 ) ใบเล็ก ( mtssu ribosomal RNA rRNA ) และ b-tubulin แล้ว ampli จึงเอ็ดโดยวิธี PCR โดยใช้พรีแมร์คู่ its1 / its2 และเงื่อนไขที่อธิบายไว้โดย o'don - เนลล์ et al . ( 1998 ) , บอร์นเมิ่น และ hartin ( 2000 ) และแก้ว และ โดนัลด์สัน ( 1995 )ตามลำดับ ผลิตภัณฑ์ทั้งหมดจะถูกถ่ายทอด ภูริเอ็ดใช้ PCR จึงมั่นใน Puri อย่างรวดเร็ว Kit ( QIAGEN GmbH , Germany ) และลำดับเบสในทั้งสองทิศทางโดยใช้ respec - tive PCR ไพรเมอร์ . สำหรับวัตถุประสงค์นี้ ตัวใหญ่สี Terminator Kit ( ลำดับรุ่น 3.1 , Applied Biosystems ) และ ABI prismtm 3100 DNA sequencer ( Applied Biosystems ) สถิติที่ใช้pcrs ทั้งหมดและปฏิกิริยาการแสดงบน geneamp PCR ระบบ 9700 ( Applied Biosystems ) ยีน เซ - quences ถูกประกอบใช้เนวิเกเตอร์ลำดับ ( รุ่น
1.0.1 ประยุกต์ Biosystems ) และสามารถใช้ clustalx ; รุ่น 1.8 ( Thompson et al . , 2002 ) ซึ่งหลังจากที่จัด - ments มีการแก้ไขด้วยตนเองที่จำเป็น