2.4. Phylogenetic analysisAll seque

2.4. Phylogenetic analysis

All sequences were compared with ITS sequences closest downloaded from the GenBank database via BLAST search ( Altschul et al., 1990). The sequences were aligned using Clustal X 1.83 with default settings visually (Thompson et al., 1997). The Neighbor-joining (NJ) phylogenetic trees were inferred using heuristic search with 1000 replicates of random sequence addition by using Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA 4) (Tamura et al., 2007). Branches corresponding to partitions reproduced in less than 70% bootstrap replicates were collapsed. All positions containing gaps and missing data were eliminated from the dataset (complete deletion option) (Mysore et al., 2011).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.4. phylogenetic วิเคราะห์ลำดับทั้งหมดถูกเปรียบเทียบกับลำดับของที่ใกล้สุดที่ดาวน์โหลดจากฐานข้อมูลของ GenBank ผ่านค้นหาระเบิด (Altschul et al. 1990) ลำดับที่ได้จัดใช้ Clustal X 1.83 มีค่าสายตา (Thompson et al. 1997) เข้าร่วม (NJ) เพื่อนบ้านต้นไม้ phylogenetic ได้ข้อสรุปใช้ค้นหาเชิงฮิวริสทิค 1000 เหมือนของสุ่มลำดับ โดยใช้โมเลกุลวิวัฒนาการพันธุศาสตร์วิเคราะห์ (4 ล้าน) (มุระ et al. 2007) สาขาที่สอดคล้องกับพาร์ติชันที่ซ้ำในน้อยกว่า 70% เริ่มต้นเหมือนกับถูกยุบ ทุกตำแหน่งที่ประกอบด้วยช่องว่าง และขาดข้อมูลที่ถูกตัดจากชุดข้อมูล (ตัวเลือกการลบเสร็จสมบูรณ์) (มัย et al. 2011)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.4 phylogenetic วิเคราะห์ลำดับทุกคนเมื่อเทียบกับลำดับสนิทดาวน์โหลดได้จากฐานข้อมูลของ GenBank ผ่านการค้นหาระเบิด (Altschul et al., 1990) ลำดับถูกจัดชิดโดยใช้ Clustal X 1.83 ด้วยการตั้งค่าเริ่มต้นสายตา ( ธ อมป์สัน et al., 1997) (ที่ NJ) ต้นไม้เพื่อนบ้านเข้าถูกอ้างถึงโดยใช้การค้นหาที่ heuristic 1000 ซ้ำนอกจากนี้สุ่มลำดับโดยใช้โมเลกุลวิวัฒนาการพันธุศาสตร์วิเคราะห์ (MEGA 4) (ทามูระ et al., 2007) สาขาที่สอดคล้องกับพาร์ทิชันทำซ้ำในบูตซ้ำน้อยกว่า 70% กำลังทรุดตัวลง ทุกตำแหน่งที่มีช่องว่างและข้อมูลที่ขาดหายถูกตัดออกจากชุดข้อมูล (ตัวเลือกลบเสร็จสมบูรณ์) (ซอร์ et al. 2011)