Information from previously analyze

Information from previously analyzed species can be utilized
for other species, such as model systems to crops, a concept
referred to as translational genomics (Varshney et al., 2015).
Due to the completion of genome sequencing of several legume
species, comparative analysis represents a powerful tool that
can be used to support translational genomics studies. Using
this technique, genomic knowledge (such as molecular markers)
can be applied to crops that are poorly understood, ultimately
leading to practical crop breeding and improvement strategies
(Varshney et al., 2015). To conduct systematic translational
genomic analysis, studies comparing the genome organization
of model versus crop species are needed to supplement the
available genomic data (Bordat et al., 2011). The potential of
translational genomics has been revealed in early studies of
legumes, as this technique benefits the analysis of less-studied
crops. Based on sequence-based comparisons, Mudge et al.
(2005) revealed orthologous and paralogous relationships of
the genomic regions harboring soybean nematode resistance
genes, rhg1 and rhg4, between soybean and Medicago truncatula.
Moreover, large-scale comparisons between M. truncatula and
alfalfa were conducted to elucidate their syntenic relationships,
chromosome relationships, and duplication histories (Cannon
et al., 2006). Furthermore, several studies have focused on direct
crop improvement in legume species based on information from
well-studied plants. For example, Kwak et al. (2008) identified
candidate genes responsible for determinacy and photoperiod sensitivity traits in common bean (P. vulgaris) using homologs
in Arabidopsis thaliana floral regulatory genes, and Yang et al.
(2008) identified a putative resistance gene in alfalfa (M. sativa)
based on map-based cloning of RCT1, a host resistance (R)
gene in M. truncatula, which conferred resistance in alfalfa
cultivars. Multiple-legume species macrosynteny comparisons
were also performed between cowpea and soybean, and cowpea
and M. truncatula, based on the genetic map of cowpea. The
availability of genome sequences across legume species including
M. truncatula (Young et al., 2011), Lotus japonicas (Sato et al.,
2008), soybean (Schmutz et al., 2010), pigeon pea (Varshney
et al., 2012), chickpea (Varshney et al., 2013), mungbean (Kang
et al., 2014), common bean (Schmutz et al., 2014), and adzuki
bean (Kang et al., 2015) have enabled extensive comparative
genomics across species, including genomic contents and gene
orders. For example, based on a search for reciprocal homologs
among all pea gene sequences and genes from three sequenced
legume species, M. truncatula, L. japonicas, and G. max, a
total of 5,460 unigenes were positioned on the functional
map. A detailed comparison of microsynteny among the
species investigated revealed that a candidate gene for the
hypernodulation mutation nod3 in pea is likely to be a homolog
of Pub1, an M. truncatula gene involved in regulating nodulation
(Bordat et al., 2011). In addition, soybean flowering genes were
detected by searching for homologs of flowering regulatory genes
in Arabidopsis (Jung et al., 2012), providing a framework for
understanding soybean flowering, including flowering pathways
and evolutionary mechanisms.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สามารถใช้ข้อมูลจากสายพันธุ์ที่เคยวิเคราะห์สำหรับชนิดอื่น ๆ เช่นแบบจำลองระบบการปลูกพืช แนวคิดเรียกว่า genomics ไทหมิง (Varshney et al. 2015)เนื่องจากความสมบูรณ์ของมลำดับของพืชตระกูลถั่วต่าง ๆพันธุ์ แสดงการวิเคราะห์เปรียบเทียบแบบมีประสิทธิภาพเครื่องมือที่ใช้เพื่อสนับสนุนการศึกษาไทหมิง genomics โดยใช้เทคนิคนี้ รู้ออก (เช่นเครื่องหมายโมเลกุล)สามารถใช้กับพืชที่จะเข้าใจได้ไม่ดี ในที่สุดนำไปเพาะพันธุ์พืชปฏิบัติและปรับปรุงกลยุทธ์(Varshney et al. 2015) การดำเนินการเป็นระบบไทหมิงออกวิเคราะห์ การศึกษาเปรียบเทียบกลุ่มองค์กรรุ่นเมื่อเทียบกับพืช ชนิดมีความจำเป็นในการเสริมการมีออกข้อมูล (Bordat et al. 2011) ศักยภาพของไทหมิง genomics ได้ถูกเปิดเผยในช่วงการศึกษาพืชตระกูลถั่ว เป็นเทคนิคนี้ผลประโยชน์การวิเคราะห์น้อยกว่าศึกษาพืช ตามลำดับคะแนนเปรียบเทียบ Mudge et alorthologous (2005) เปิดเผยและ paralogous ความสัมพันธ์ของในภูมิภาคออกเก็บงำถั่วเหลืองต้านทานนีมาโทดายีน rhg1 และ rhg4 ระหว่าง Medicago truncatula และถั่วเหลืองนอกจากนี้ เปรียบ M. truncatula ขนาดใหญ่ และฟาได้ดำเนินการความสัมพันธ์ของพวกเขา syntenic, elucidateความสัมพันธ์ของโครโมโซม และประวัติซ้ำ (ปืนใหญ่et al. 2006) นอกจากนี้ หลายการศึกษาได้มุ่งเน้นโดยตรงปรับปรุงพืชในพืชตระกูลถั่วชนิดที่อิงข้อมูลจากพืชที่มีการศึกษาดี ตัวอย่างเช่น ความประสงค์ et al. (2008) ระบุยีนที่สมัคร determinacy และช่วงแสงความไวแสงในลักษณะทั่วไปถั่ว (P. ผด) ใช้ homologsใน Arabidopsis thaliana ดอกไม้ regulatory ยีน และ Yang et al(2008) ระบุยีนต้านทาน putative ในฟา (M. sativa)อิงตามแผนที่โคลน RCT1 โฮสต์ความต้านทาน (R)ยีนใน M. truncatula ซึ่งพระราชทานความต้านทานในฟาสายพันธุ์ เปรียบเทียบพันธุ์ถั่วหลาย macrosyntenyนอกจากนี้ยังดำเนินการ ระหว่างแดงถั่วดำ และถั่วเหลือง ถั่วนั่งและ M. truncatula อิงแผนที่พันธุกรรมของถั่วนั่ง การพร้อมของลำดับจีโนมที่ข้ามพืชตระกูลถั่วรวมทั้งสายพันธุ์Truncatula เมตร (หนุ่ม et al. 2011), โลตัส japonicas (Sato et al.,2008), ถั่วเหลือง (Schmutz et al. 2010), ถั่ว (Varshneyet al. 2012), ถั่วเขียว (Kang แกง (Varshney et al. 2013),et al. 2014), ถั่วทั่วไป (Schmutz et al. 2014), และ adzukiถั่ว (Kang et al. 2015) ได้เปิดใช้งานการเปรียบเทียบอย่างละเอียดgenomics ข้ามสายพันธุ์ รวมทั้งเนื้อหาออกและยีนใบสั่ง ตัวอย่างเช่น อิงการค้นหาสำหรับพันธมิตร homologsถั่วลำดับยีนและยีนจากสามเรียงลำดับทั้งหมดพันธุ์ถั่ว M. truncatula, L. japonicas และ G. max การจำนวน 5,460 unigenes ได้อยู่ที่ทำงานแผนที่ การเปรียบเทียบรายละเอียดของ microsynteny ระหว่างการสายพันธุ์การตรวจสอบเปิดเผยที่ยีนผู้สมัครสำหรับการhypernodulation nod3 กลายพันธุ์ในถั่วมีแนวโน้มจะ เป็น homologของ Pub1 ยีน truncatula M. ร่วมในการควบคุม nodulation(Bordat et al. 2011) นอกจากนี้ ยีนดอกถั่วเหลืองได้ตรวจพบ โดยการค้นหา homologs ของยีน regulatory ดอกใน Arabidopsis (Jung et al. 2012), ให้ทำงานสำหรับเข้าใจดอกถั่วเหลือง รวมทั้งทางเดินดอกและกลไกวิวัฒนาการ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ข้อมูลจากสายพันธุ์วิเคราะห์ก่อนหน้านี้สามารถนำไปใช้
สำหรับสายพันธุ์อื่น ๆ เช่นระบบรูปแบบให้กับพืชแนวคิดที่
เรียกว่าฟังก์ชั่นเป็นแปล (Varshney et al., 2015).
เนื่องจากความสำเร็จของการลำดับจีโนมของพืชตระกูลถั่วหลาย
ชนิดวิเคราะห์เปรียบเทียบหมายถึง เป็นเครื่องมือที่มีประสิทธิภาพที่
สามารถใช้ในการสนับสนุนการศึกษาฟังก์ชั่นการแปล โดยใช้
เทคนิคนี้ความรู้ของจีโนม (เช่นโมเลกุล)
สามารถนำไปใช้กับพืชที่มีความเข้าใจในที่สุด
นำไปสู่การปฏิบัติการปรับปรุงพันธุ์พืชและการปรับปรุงกลยุทธ์
(Varshney et al., 2015) เพื่อดำเนินการระบบการแปล
การวิเคราะห์จีโนมการศึกษาเปรียบเทียบองค์กรจีโนม
ของรูปแบบเมื่อเทียบกับสายพันธุ์พืชที่มีความจำเป็นเพื่อเสริม
ข้อมูลจีโนมที่มีอยู่ (Bordat et al. 2011) ศักยภาพของ
ฟังก์ชั่นการแปลได้รับการเปิดเผยในการศึกษาเริ่มต้นของ
พืชตระกูลถั่วเช่นเทคนิคนี้เป็นประโยชน์ต่อการวิเคราะห์น้อยศึกษา
พืช ขึ้นอยู่กับการเปรียบเทียบลำดับตามปะแล่ม et al.
(2005) เปิดเผยความสัมพันธ์ orthologous และ paralogous ของ
ภูมิภาคจีโนมเก็บงำไส้เดือนฝอยถั่วเหลืองต้านทาน
ยีน rhg1 และ rhg4 ระหว่างถั่วเหลืองและ Medicago truncatula.
นอกจากนี้ยังมีรถขนาดใหญ่ระหว่างเอ็ม truncatula และ
หญ้าชนิตได้ดำเนินการเพื่ออธิบายความสัมพันธ์ของพวกเขา syntenic,
ความสัมพันธ์ของโครโมโซมและประวัติศาสตร์การทำสำเนา (แคนนอน
et al., 2006) นอกจากนี้การศึกษาหลายแห่งได้มุ่งเน้นโดยตรง
ปรับปรุงการปลูกพืชตระกูลถั่วชนิดขึ้นอยู่กับข้อมูลที่ได้จาก
พืชที่ดีการศึกษา ยกตัวอย่างเช่น Kwak, et al (2008) ระบุ
ยีนที่รับผิดชอบในการ determinacy และไวต่อช่วงแสงในลักษณะถั่วแขก ( P. vulgaris) โดยใช้ homologs
ใน Arabidopsis thaliana ยีนกำกับดูแลดอกไม้และหยาง et al.
(2008) ระบุว่ามียีนต้านทานสมมุติในนเดอร์ (เอ็ม sativa)
ขึ้นอยู่กับโคลนตามแผนที่ของ RCT1, ความต้านทานโฮสต์ (R)
ของยีนในเอ็ม truncatula ซึ่งพระราชทานต้านทานในหญ้าชนิต
พันธุ์ ชนิดหลายตระกูลถั่วเปรียบเทียบ macrosynteny
ยังได้ดำเนินการระหว่างถั่วพุ่มและถั่วเหลืองและถั่วพุ่ม
เมตรและ truncatula ตามแผนที่ทางพันธุกรรมของถั่วพุ่ม
พร้อมของลำดับจีโนมข้ามสายพันธุ์ถั่วรวมทั้ง
เอ็ม truncatula (หนุ่ม et al. 2011), โลตัส japonicas (Sato et al.,
2008), ถั่วเหลือง (Schmutz et al., 2010), ถั่วมะแฮะ (Varshney
et al., 2012), ถั่วเขียว (Varshney et al. 2013 ), ถั่วเขียว (Kang
et al., 2014), ถั่วแขก (Schmutz et al., 2014) และ adzuki
ถั่ว (Kang et al., 2015) ได้เปิดใช้งานที่กว้างขวางเปรียบเทียบ
ฟังก์ชั่นข้ามสายพันธุ์รวมถึงเนื้อหาจีโนมและยีน
สั่งซื้อ ยกตัวอย่างเช่นอยู่บนพื้นฐานของการค้นหาสำหรับ homologs ซึ่งกันและกัน
ในทุกลำดับของยีนและกฟภ. ยีนจากลำดับขั้นตอนสาม
สายพันธุ์ถั่ว, M. truncatula, japonicas ลิตรกรัมและแม็กซ์
รวมทั้งสิ้น 5,460 unigenes อยู่ในตำแหน่งที่เกี่ยวกับการทำงาน
แผนที่ เปรียบเทียบรายละเอียดของ microsynteny ในหมู่
สายพันธุ์ที่ตรวจสอบพบว่ายีนสมัครสำหรับ
nod3 hypernodulation การกลายพันธุ์ในกฟภ. มีแนวโน้มที่จะเป็น homolog
ของ Pub1 เป็นเอ็ม truncatula ยีนที่เกี่ยวข้องในการควบคุมการเกิดปม
(Bordat et al. 2011) นอกจากนี้ยีนดอกถั่วเหลืองถูก
ตรวจพบโดยการค้นหา homologs ดอกยีนกฎระเบียบ
ใน Arabidopsis (Jung et al., 2012) ให้กรอบการทำงานสำหรับ
การทำความเข้าใจดอกถั่วเหลืองรวมทั้งทางเดินออกดอก
และกลไกการวิวัฒนาการ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ข้อมูลจากการศึกษาวิเคราะห์ชนิด สามารถใช้สำหรับชนิดอื่น ๆเช่น รูปแบบระบบการปลูกพืช , แนวคิดเรียกว่าแปลไร ( varshney et al . , 2015 )เนื่องจากความสมบูรณ์ของลำดับจีโนมของถั่วหลายๆชนิดในการวิเคราะห์เปรียบเทียบเป็นเครื่องมือที่มีประสิทธิภาพที่สามารถใช้สนับสนุนการแปลในการศึกษา โดยใช้เทคนิคนี้ ความรู้ที่มี ( เช่นเครื่องหมายโมเลกุล )สามารถใช้กับพืชที่ไม่ค่อยเข้าใจ ในที่สุดนำไปสู่การเพาะพันธุ์พืชและการปรับปรุงกลยุทธ์ในทางปฏิบัติ( varshney et al . , 2015 ) เพื่อดำเนินการแปลอย่างเป็นระบบการวิเคราะห์จีโนมเปรียบเทียบจีโนมองค์กร , การศึกษารูปแบบและชนิดของพืชที่ต้องการเสริมข้อมูลจีโนมของ ( bordat et al . , 2011 ) ศักยภาพของแปลสิทธิบัตรได้รับการเปิดเผยในการศึกษาแรกของพืชตระกูลถั่ว เช่น เทคนิคนี้มีประโยชน์น้อยเพื่อการวิเคราะห์พืช ตามลําดับตามการเปรียบเทียบ มัจ et al .( 2005 ) พบ orthologous paralogous และความสัมพันธ์ของการสร้างภูมิต้านทานไส้เดือนฝอยที่ถั่วเหลืองยีน และ rhg1 rhg4 ระหว่างถั่วเหลืองและ MEDICAGO truncatula .นอกจากนี้ การเปรียบเทียบระหว่าง truncatula ขนาดใหญ่และอัลฟัลฟา มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาความสัมพันธ์ syntenic ของพวกเขาความสัมพันธ์ของโครโมโซม และประวัติการทำซ้ำ ( ปืนใหญ่et al . , 2006 ) นอกจากนี้ การศึกษาหลายได้มุ่งเน้นโดยตรงการปรับปรุงพันธุ์พืชในพืชตระกูลถั่วชนิดบนพื้นฐานของข้อมูลจากได้ศึกษาเกี่ยวกับพืช ตัวอย่างเช่น ควาก et al . ( 2551 ) ระบุผู้สมัคร determinacy ยีนที่รับผิดชอบต่อความไวและลักษณะทั่วไปในถั่ว ( P . vulgaris ) โดยใช้โฮโมลอกส์ในดอกไม้ Arabidopsis thaliana กฎระเบียบยีน และหยาง et al .( 2551 ) ระบุยีนต้านทานนอกจากนี้ในอัลฟัลฟา ( ม. , )ตามแผนที่ จากการ rct1 , โฮสต์ความต้านทาน ( R )ยีนในม. truncatula ซึ่งต้านทานใน Alfalfa )พันธุ์ ถั่วชนิด macrosynteny เปรียบเทียบหลายยังดำเนินการระหว่างถั่วพุ่ม และถั่วเหลือง และถั่วพุ่มและ truncatula ตามแผนที่พันธุกรรมของพุ่ม ที่ห้องพักของลำดับจีโนมในพืชตระกูลถั่วชนิด ได้แก่เมตร truncatula ( หนุ่ม et al . , 2011 ) , โลตัส japonicas ( ซาโต้ et al . ,2008 ) ถั่วเหลือง ( schmutz et al . , 2010 ) , ถั่ว ( varshney นกพิราบet al . , 2012 ) , ถั่วเขียว ( varshney et al . , 2013 ) ถั่วเขียว ( คังet al . , 2010 ) , ถั่ว ( ทั่วไป schmutz et al . , 2014 , adzuki ) และถั่ว ( คัง et al . , 2015 ) ได้เปิดใช้งานอย่างละเอียด เปรียบเทียบจีโนมิกส์ข้ามชนิด รวมทั้งเนื้อหาที่มียีนคำสั่ง ตัวอย่างเช่น บนพื้นฐานของการค้นหาแบบโฮโมลอกส์ในบรรดาถั่วลำดับยีนยีน 3 ยีนถั่วชนิด ม. truncatula L japonicas และ . แม็กซ์รวม 5460 unigenes ถูกวางในการทำงานแผนที่ รายละเอียดการเปรียบเทียบ microsynteny ในหมู่ชนิดตรวจสอบพบว่าผู้สมัครของยีนสำหรับhypernodulation การกลายพันธุ์ nod3 ในถั่วมีแนวโน้มที่จะเป็น homologของ pub1 , ม. truncatula ยีนที่เกี่ยวข้องในการควบคุมการเกิด( bordat et al . , 2011 ) นอกจากนี้ ถั่วเหลือง ดอกยีนการตรวจพบโดยการค้นหาโฮโมลอกส์ของยีนกฎระเบียบที่ออกดอกใน Arabidopsis ( จอง et al . , 2012 ) , ให้กรอบสำหรับความเข้าใจ ถั่วเหลือง ดอก รวมทั้งดอกทางเดินกลไกและวิวัฒนาการ