The Complete E. coli Genome Sequenc

The Complete E. coli Genome Sequence

The Complete E. coli Genome Sequence

The reference genomic DNA sequence currently represented in EcoGene is that of E. coli K-12 strain MG1655, completely sequenced by Blattner et al., 1997. 243 MG1655/W3110 genome sequence discrepancies have been resolved by Hayashi et al., 2006. These corrections, and additional corrections made at UW, were incorporated into the U00096.2 genome sequence update. Eight point mutation differences, the rrnE/rrnD inversion, and 13 strain-specific IS element insertion points are the only differences now remaining between the two E. coli K-12 sequenced genomes, strains MG1655 and W3110. The largest single correction was restoration of a 374 bp deletion that occurred after bp 3192853 in U00096.1. A fifth QUAD repeat sRNA gene, rygE, was missing in U00096.1 and has now been added to EcoGene.

Additional information about this and other E. coli sequencing projects is available from the E. coli Genome Center at the University of Wisconsin, Madison, Wisconsin. The DNA sequence and base pair coordinates are those of version M56 taken from the complete sequence Genbank entry U00096.2. This 4,639,675 bp sequence is used in EcoGene; the genomic address coordinates have been updated from U00096.1 as of EcoGene19.

A recent high throughput resequencing of W3110 found most of the previous differences with MG1655, but also noticed additional sequence differences attributed to additional mutations arising in W3110:Herring and Palsson, 2007.

The CDS intervals and protein sequences in Genbank U00096.2, ftp version have been previously updated as part of the EcoGene project Rudd, K.E., 2000. These largely consist of new functions and gene names taken from a daily literature survey, the identification of probable pseudogenes, and more than 700 translation start site revisions (ALT_INIT) contributed by EcoGene, over 100 of which are based on N-terminal sequencing data in the Verified Set (a data validation, literature scanning EcoGene project). These EcoGene-originated revisions, along with many other types of contributions from the participants at an NIH-sponsored workshop group of E. coli database biocurators, were consolidated into a consensus snapshot annotation Riley, M. et al., 2006 (note: the EcoGene-derived translation start site updates are in Genbank U00096.2 and acknowledged in U00096.2 Reference 7 as "Rudd,K.E., A manual approach to accurate translation start site annotation: an E. coli K-12 case study, unpublished". A few revisions were made to the start sites during the Riley Workshop

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ลำดับที่กลุ่มสมบูรณ์ E. coliลำดับที่กลุ่มสมบูรณ์ E. coliอ้างอิง genomic DNA ลำดับที่แสดงอยู่ใน EcoGene เป็นของ E. coli K-12 ต้องใช้ MG1655 ทั้งหมดที่เรียงลำดับโดย Blattner และ al., 1997 243 MG1655/W3110 จีโนมลำดับความขัดแย้งได้รับการแก้ไขโดยฮายาชิและ al., 2006 เหล่านี้แก้ไข และการแก้ไขเพิ่มเติมทำ UW ถูกรวมในปรับปรุงลำดับของกลุ่ม U00096.2 8 จุดการกลายพันธุ์แตกต่าง กลับ rrnE/rrnD และ 13 ต้องใช้เฉพาะ IS องค์แทรกจุดเป็นความแตกต่างเฉพาะตอนนี้ ที่เหลือระหว่าง genomes E. coli K-12 เรียงลำดับสอง สายพันธุ์ MG1655 และ W3110 การแก้ไขเดียวที่ใหญ่ที่สุดได้ฟื้นฟูการลบ bp 374 ที่เกิดขึ้นหลังจาก bp 3192853 ใน U00096.1 ห้าเป็นรูปสี่เหลี่ยมซ้ำ sRNA ยีน rygE การขาดหายไปใน U00096.1 และตอนนี้ถูกเพิ่มลงใน EcoGeneข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับนี้และโครงการอื่น ๆ ลำดับ E. coli ได้จาก E. coli กลุ่มที่มหาวิทยาลัยวิสคอนซิน เมดิสัน วิสคอนซิน ระยะพิกัดลำดับและฐานคู่ดีเอ็นเอเป็นของรุ่น M56 ที่นำมาจากรายการ Genbank ลำดับสมบูรณ์ U00096.2 ลำดับนี้ bp 4,639,675 ใช้ใน EcoGene พิกัดอยู่ genomic ได้รับการปรับปรุงจาก U00096.1 ณ EcoGene19ที่ผ่านมาอัตราความเร็วสูง resequencing ของ W3110 พบส่วนใหญ่แตกต่างกับ MG1655 ก่อนหน้า แต่ยัง สังเกตเห็นความแตกต่างเพิ่มเติมลำดับที่เกิดจากการกลายพันธุ์เพิ่มเติมที่เกิดขึ้นใน W3110:Herring และ Palsson, 2007The CDS intervals and protein sequences in Genbank U00096.2, ftp version have been previously updated as part of the EcoGene project Rudd, K.E., 2000. These largely consist of new functions and gene names taken from a daily literature survey, the identification of probable pseudogenes, and more than 700 translation start site revisions (ALT_INIT) contributed by EcoGene, over 100 of which are based on N-terminal sequencing data in the Verified Set (a data validation, literature scanning EcoGene project). These EcoGene-originated revisions, along with many other types of contributions from the participants at an NIH-sponsored workshop group of E. coli database biocurators, were consolidated into a consensus snapshot annotation Riley, M. et al., 2006 (note: the EcoGene-derived translation start site updates are in Genbank U00096.2 and acknowledged in U00096.2 Reference 7 as "Rudd,K.E., A manual approach to accurate translation start site annotation: an E. coli K-12 case study, unpublished". A few revisions were made to the start sites during the Riley Workshop

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ที่สมบูรณ์เชื้อ E. coli ลำดับจีโนมที่สมบูรณ์ลำดับจีโนมเชื้อE. coli ลำดับดีเอ็นเออ้างอิงเป็นตัวแทนในปัจจุบัน EcoGene เป็นที่ของเชื้อ E. coli สายพันธุ์ MG1655 K-12, ลำดับขั้นตอนอย่างสมบูรณ์โดย Blattner et al., 1997 243 MG1655 / W3110 จีโนม ความแตกต่างลำดับได้รับการแก้ไขโดยฮายาชิ et al., 2006 แก้ไขเหล่านี้และการแก้ไขเพิ่มเติมทำที่ UW ถูกรวมอยู่ในการปรับปรุงลำดับจีโนม U00096.2 แปดจุดแตกต่างของการกลายพันธุ์ที่ rrnE / rrnD ผกผันและ 13 สายพันธุ์ที่เฉพาะเจาะจงเป็นจุดแทรกองค์ประกอบคือความแตกต่างเพียงตอนนี้ที่เหลืออยู่ระหว่างทั้งสองเชื้อ E. coli K-12 ติดใจจีโนม, MG1655 และสายพันธุ์ W3110 การแก้ไขเดียวที่ใหญ่ที่สุดคือการฟื้นฟูการลบ bp 374 ที่เกิดขึ้นหลังจาก bp 3,192,853 ใน U00096.1 รูปสี่เหลี่ยมยีน sRNA ซ้ำห้า rygE ได้รับการขาดหายไปใน U00096.1 และขณะนี้ได้รับการบันทึกอยู่ใน EcoGene. สำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับเรื่องนี้และอื่น ๆ ที่โครงการอีโคไลลำดับสามารถใช้ได้จากศูนย์จีโนมอีโคไลที่มหาวิทยาลัยวิสคอนซินเมดิสัน วิสคอนซิน ลำดับ DNA และพิกัดฐานคู่เป็นของรุ่น M56 นำมาจากลำดับ Genbank รายการ U00096.2 ลำดับ bp 4639675 ใช้ใน EcoGene; พิกัดที่อยู่จีโนมได้รับการปรับปรุงจาก U00096.1 ณ EcoGene19. สูง throughput ล่าสุด resequencing ของ W3110 พบมากที่สุดของความแตกต่างก่อนที่มี MG1655 แต่ยังสังเกตเห็นความแตกต่างที่เพิ่มขึ้นตามลำดับประกอบกับการกลายพันธุ์เพิ่มเติมที่เกิดขึ้นใน W3110: แฮร์ริ่งและ Palsson 2007 . ช่วงเวลา CDS และลำดับโปรตีนใน Genbank U00096.2 รุ่น FTP ที่ได้รับการปรับปรุงก่อนหน้านี้เป็นส่วนหนึ่งของโครงการ EcoGene รัดด์ KE 2000 เหล่านี้ส่วนใหญ่ประกอบด้วยฟังก์ชั่นใหม่และชื่อของยีนที่นำมาจากการสำรวจวรรณกรรมรายวัน, บัตรประจำตัวของ pseudogenes น่าจะเป็นและไม่ต่ำกว่า 700 จุดเริ่มต้นการแก้ไขการแปลเว็บไซต์ (ALT_INIT) สนับสนุนโดย EcoGene กว่า 100 แห่งซึ่งจะขึ้นอยู่กับ n- ขั้วลำดับข้อมูลในชุดที่ตรวจสอบ (ตรวจสอบข้อมูลวรรณกรรมสแกนโครงการ EcoGene) เหล่านี้แก้ไข EcoGene-มาพร้อมกับประเภทอื่น ๆ ของการมีส่วนร่วมจากผู้เข้าร่วมในการประชุมเชิงปฏิบัติการกลุ่ม NIH สนับสนุนของอีโคไล biocurators ฐานข้อมูลที่ถูกรวมเป็นภาพรวมฉันทามติบันทึกย่อไรลีย์, M. et al, 2006 (หมายเหตุ:. the EcoGene ที่ได้มาจากการปรับปรุงเว็บไซต์เริ่มต้นในการแปลงค่า U00096.2 Genbank และได้รับการยอมรับใน U00096.2 อ้างอิง 7 เป็น "รัดด์ KE, วิธีการที่ใช้ในการแปลที่ถูกต้องเริ่มต้นบันทึกย่อเว็บไซต์: อีโคไลกรณีศึกษา K-12 ที่ไม่ได้เผยแพร่" แก้ไขไม่กี่ที่ทำไปยังเว็บไซต์ที่เริ่มต้นในช่วงไรลีย์การประชุมเชิงปฏิบัติการ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สมบูรณ์ เชื้ออีโคไล ( E . coli ลำดับจีโนมที่สมบูรณ์



อ้างอิงลำดับดีเอ็นเอลำดับในปัจจุบันแสดงใน ecogene คือของ E . coli ภาคบังคับเมื่อย mg1655 สมบูรณ์ลำดับโดยแบล็ตเนอร์ et al . , 1997 243 mg1655 / w3110 จีโนมลำดับข้อผิดพลาดได้รับการแก้ไขโดยฮายาชิ et al . , 2006 การแก้ไขเหล่านี้และแก้ไข เพิ่มเติมได้ที่ UW ,ถูกรวมเข้าไปใน u00096.2 จีโนมลำดับการปรับปรุง แปดจุดของความแตกต่าง , rrne / rrnd ผกผันและ 13 สายพันธุ์ที่เฉพาะเจาะจงเป็นจุดแทรกองค์ประกอบเป็นเพียงความแตกต่างขณะนี้อยู่ระหว่าง 2 E . coli ภาคบังคับลำดับเบสจีโนมสายพันธุ์ mg1655 และ w3110 . แก้ไขเดี่ยวที่ใหญ่ที่สุดคือการฟื้นฟูของ 374 ความดันลบ ที่เกิดขึ้นหลังจาก BP 3192853 ใน u00096.1 .ห้าสี่ย้ำเซอร์น่ายีน ryge ได้หายไปใน u00096.1 และขณะนี้มีการเพิ่ม ecogene

ข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับเรื่องนี้และอื่น ๆ E . coli จัดลำดับโครงการสามารถใช้ได้จาก E . coli จีโนมศูนย์ที่มหาวิทยาลัยวิสคอนซิน แมดิสัน , วิสคอนซิน ดีเอ็นเอลำดับและพิกัดฐานคู่ เป็นพวกรุ่น m56 มาจากลำดับรายการที่สมบูรณ์ขนาด u00096.2 . นี้ 4639675 BP ก็คือใช้ใน ecogene ; พิกัดที่อยู่ของจีโนมที่ได้รับการปรับปรุงจาก u00096.1 เป็น ecogene19

ล่าสุด resequencing สูง throughput ของ w3110 ที่พบมากที่สุดของความแตกต่างก่อนกับ mg1655 แต่สังเกตุเพิ่มเติมความแตกต่างเกิดจากการกลายพันธุ์ที่เกิดดับเพิ่มเติมใน w3110 : ผู้เชี่ยวชาญและ palsson

)ซีดีและช่วงลำดับโปรตีนบริเวณ u00096.2 รุ่น FTP ได้รับก่อนหน้านี้เป็นส่วนหนึ่งของโครงการปรับปรุง ecogene รัดด์บริษัท , 2000 เหล่านี้ส่วนใหญ่ประกอบด้วยฟังก์ชันใหม่และยีนชื่อได้มาจากการสำรวจวรรณกรรมรายวัน กำหนด pseudogenes ความน่าจะเป็น และมากกว่า 700 แปลเริ่มต้นเว็บไซต์แก้ไข ( สนับสนุนโดย ecogene alt_init ) ,กว่า 100 แห่ง ซึ่งจะขึ้นอยู่กับลำดับของกรดอะมิโนในการตรวจสอบข้อมูลการตั้งค่า ( ข้อมูล การตรวจสอบการสแกนงานวรรณกรรม ecogene ) เหล่านี้ ecogene ที่มาแก้ไข พร้อมกับหลาย ๆชนิดของผลงานจากผู้เข้าร่วมในการประชุมเชิงปฏิบัติการแผนสนับสนุนกลุ่มของ E . coli ฐานข้อมูล biocurators ถูกรวมเป็นฉันทามติภาพรวมหมายเหตุ ไรลีย์ , M . et al . , 2006 ( หมายเหตุ :การ ecogene ได้มาแปลเริ่มต้นเว็บไซต์ปรับปรุงบริเวณ u00096.2 และยอมรับใน u00096.2 อ้างอิง 7 เป็น " บริษัท รัดด์ , คู่มือ , วิธีการที่ถูกต้องเริ่มต้นการแปลเว็บไซต์หมายเหตุ : E . coli ภาคบังคับ กรณีเผยแพร่ " ไม่กี่เพื่อให้มีการเริ่มต้นเว็บไซต์ในระหว่างการประชุมเชิงปฏิบัติการ ไรลี่ย์