Based on the results of the prelimi

Based on the results of the preliminary BLAST comparisons (see below), we
aligned the new sequences with the corresponding regions of previously
published sequences spanning the Pteridaceae. For the rbcL alignment, we
used sequences generated by Schuettpelz et al. (2007), with the exception of
one sequence (AF336104), which is from Gastony and Johnson (2001). This
rbcL dataset focuses on pteroids (sensu Schuettpelz et al., 2007; Rothfels, 2008)
and involved no alignment issues (i.e., there were no indels). Fewer sequences
were available for comparison with our trnG-R sequence. For this locus, we
selected as wide a sample as possible, from Rothfels et al. (2008); it is primarly
composed of cheilanthoids (sensu Schuettpelz et al., 2007; Rothfels, 2008), but
includes one pteroid, and a cryptogrammoid. The sequences were aligned by
hand, with ambiguous areas excluded prior to analysis. Heuristic tree searches
on both datesets were performed under maximum parsimony in PAUP*
v4.0A125 (Swofford, 2002).
R

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ตามผลลัพธ์ของการเปรียบเทียบระเบิดเบื้องต้น (ดูด้านล่าง), เราจัดลำดับที่ใหม่กับภูมิภาคที่สอดคล้องกันของก่อนหน้านี้ลำดับประกาศขยายการ Pteridaceae สำหรับการจัดตำแหน่ง rbcL เราใช้ลำดับที่สร้างโดย Schuettpelz et al. (2007), ยกเว้นหนึ่งลำดับ (AF336104), ซึ่งมาจาก Gastony และจอห์นสัน (2001) นี้ชุดข้อมูล rbcL เน้น pteroids (แอ Schuettpelz et al. 2007 Rothfels, 2008)และไม่มีปัญหาการจัดตำแหน่งที่เกี่ยวข้อง (เช่น มีไม่มี indels) ลำดับที่น้อยกว่าให้เปรียบเทียบกับลำดับของเรา trnG-R ได้ สำหรับทีนี้ เราตัวกว้างอย่างที่สุด จาก Rothfels et al. (2008); มันเป็น primarlyประกอบด้วย cheilanthoids (แอ Schuettpelz et al. 2007 Rothfels, 2008), แต่มีหนึ่ง pteroid และ cryptogrammoid เป็น ลำดับที่สอดคล้องตามมือ พื้นที่ไม่ชัดเจนยกเว้นก่อนวิเคราะห์ ค้นหาพฤติกรรมต้นไม้บน datesets ทั้งสองดำเนินการภายใต้สูงสุด parsimony ใน PAUP *v4.0A125 (Swofford, 2002)R

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ขึ้นอยู่กับผลของการเปรียบเทียบระเบิดเบื้องต้น (ดูด้านล่าง) เรา
ชิดลำดับใหม่กับภูมิภาคก่อนหน้านี้ที่สอดคล้องกันของ
ลำดับการตีพิมพ์ทอด Pteridaceae สำหรับการจัดตำแหน่ง rbcL เรา
ใช้ลำดับที่สร้างขึ้นโดย Schuettpelz et al, (2007) โดยมีข้อยกเว้นของ
หนึ่งลำดับ (AF336104) ซึ่งอยู่ห่างจาก Gastony และจอห์นสัน (2001) นี้
ชุด rbcL มุ่งเน้นไปที่ pteroids (sensu Schuettpelz et al, 2007;. Rothfels, 2008)
และมีส่วนร่วมไม่มีปัญหาการจัดตำแหน่ง (เช่นไม่มี indels) ลำดับน้อยกว่า
ที่มีอยู่สำหรับการเปรียบเทียบกับการฝึกซ้อมลำดับ-R ของเรา สำหรับความเชื่ออำนาจนี้เรา
เลือกที่กว้างตัวอย่างที่เป็นไปได้จาก Rothfels et al, (2008); มันเป็น primarly
ประกอบด้วย cheilanthoids (sensu Schuettpelz et al, 2007;. Rothfels, 2008) แต่
รวมถึงหนึ่ง pteroid และ cryptogrammoid ลำดับถูกจัดชิดโดย
มือที่มีพื้นที่ไม่ชัดเจนก่อนที่จะได้รับการยกเว้นการวิเคราะห์ ค้นหาต้นไม้ Heuristic
ทั้ง datesets ได้ดำเนินการภายใต้ความประหยัดสูงสุด PAUP *
v4.0A125 (Swofford, 2002).
R

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

จากผลของการเปรียบเทียบระเบิดเบื้องต้น ( ดูด้านล่าง ) เราชิดลำดับใหม่ที่สอดคล้องกับภูมิภาค ก่อนหน้านี้หัวข้อที่ครอบคลุม pteridaceae ลำดับ . สำหรับ rbcl แนวเราใช้ลำดับที่สร้างขึ้นโดย schuettpelz et al . ( 2007 ) ด้วยข้อยกเว้นของหนึ่งลำดับ ( af336104 ) ซึ่งจาก gastony และจอห์นสัน ( 2001 ) นี้ข้อมูล rbcl เน้น pteroids ( เซ็นสุ schuettpelz et al . , 2007 ; rothfels , 2008 )และเกี่ยวข้องกับปัญหาไม่สอดคล้อง เช่น ไม่มี indels ) ลำดับน้อยลงมีเปรียบเทียบกับลำดับ trng-r ของเรา สำหรับความเชื่อนี้ เราเลือกเป็นกว้างอย่างที่สุด จาก rothfels et al . ( 2008 ) ; มันเป็น primarlyประกอบด้วย cheilanthoids ( เซ็นสุ schuettpelz et al . , 2007 ; rothfels , 2008 ) , แต่รวม pteroid และ cryptogrammoid . ลำดับ ชิด โดยมือกับที่พื้นที่แยกออกก่อนการวิเคราะห์ ค้นหาต้นไม้สำหรับทั้ง datesets จำนวนสูงสุดภายใต้ความตระหนี่ในยาจก *v4.0a125 ( สวอฟฟอร์ด , 2002 )อาร์