ประวัติความเป็นมา วัดยานนาวานี้เป็นวัดโบราณ มีมาแต่ครั้งกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานี เรียกกันว่า วัดคอกควาย ครั้นมาถึงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ในรัชกาลที่ ๑ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก ทรงพระราชศรัทธาสร้างพระอุโบสถ ซึ่งยังปรากฏอยู่เดี๋ยวนี้ นอกจากพระอุโบสถเมื่อรัชกาลที่ ๑ ในสมัย รัชกาลที่ ๓ โปรดเกล้าฯ ให้ปฏิสังขรณ์และสร้างสำเภาพระเจดีย์แทนพระสถูปเจดีย์ทั่วไป เพื่อให้คนรุ่นหลังได้เห็นรูปแบบเรือสำเภาซึ่งกำลังจะหมดไปจากเมืองไทย