บริษัท สายการบินนกแอร์ จํากัด (มหาชน) หรือ เดิมชื่อ บริษัท สกายเอเชีย จํากัด ก่อตั้งเมื่อวันที่ 27 กุมภาพันธ์ 2547 เพื่อประกอบกิจการค้าขายในการเดินอากาศแบบประจํามีกําหนดและแบบไม่ประจําเป็นครั้งคราว บริษัทถูกจัดตั้งขึ้นเมื่อรัฐบาลมีนโยบายเปิดเสรีทางการบิน ภายใต้แนวคิดที่จะให้เป็นสายการบินราคาประหยัด ในเครือ บริษัท การบินไทย จํากัด (มหาชน) (การบินไทย) เพื่อแข่งขันกับสายการบินราคาประหยัดอื่นๆ และรักษาความสามารถในการแข่งขัน ประกอบกับการที่การบินไทยเห็นว่าตลาดสายการบินต้นทุนต่ํามีอัตราการเติบโตสูง อีกทั้ง โครงสร้างการบริหารธุรกิจ ทรัพยากรบุคคล และการบริหารต้นทุนของการบินไทยไม่เหมาะสมกับการเข้าดําเนินธุรกิจในส่วนการตลาดนี้โดยตรง การบินไทยจึงมีนโยบายให้การสนับสนุนนกแอร์ ทั้งในการเข้ามาร่วมลงทุนและด้านความช่วยเหลือทางธุรกิจ เมื่อเริ่มก่อตั้งบริษัทมีทุนจดทะเบียน 500,000,000 บาท ผู้ถือหุ้นทั้งหมดเป็นนิติบุคคลและบุคคลธรรมดาสัญชาติไทย