Example 2 H analysis of CSFVIn this

Example 2 H analysis of CSFV
In this study, various wild-type and vaccine-type CSFV สายพันธุ์ were used. The wild-type สายพันธุ์ included archived retained sample labeled as LBK and archived retained sample labeled as VRI (derived from challenged pigs-pigs with the LBK virus). The vaccine type สายพันธุ์
included Pestiffa (live vaccine - C สายพันธุ์), MVP ()ive vaccine - GPE สายพันธุ์), QYHC (live
vaccine), ZBC (live vaccine), YST (live vaccine), YSC (live vaccine).
รีเวิร์ส ทรานสคริปเทส step
The รีเวิร์ส ทรานสคริปเทส step to generate the complimentary DNA of the CSF was
carried out as follow: the assay was established by using primer sets that amplify the NS5B and 3'NTR regions of the CSFV sequences encompassing the T-rich insertion site that is unique to the lapinized CSFV vaccine สายพันธุ์. The primer sets are as follows: ฟอร์เวิร์ด primer 5'-
GTAGCAAGACTGGRAAYAGGTA-3' (SEQ ID NO:8) (Y=C or T, R=A or G) and รีเวิร์ส
primer 5'- -33`' (SEQ ID NO:9) (Pan et al., 2008). The real
time PCR ของผสมs consisted of 10[11 of SYBR green master mix (Bioline), 1.61.il of the
respective primer sets (10uM), 0.2u1 of รีเวิร์ส ทรานสคริปเทส enzyme, 0.4111 of RNAse Inhibitor and 3.8111 of PCR grade water to make up the final volume of 20111 per reaction. The PCR
ของผสมs were subjected to real time PCR amplification in a 384-well microplate in the LC480 Real Time PCR instrument (LC 480, Roche).
HRM curve analysis of CSFV to distinguish its genotype
The samples were subjected to the HRM assay. The assay consisted of 1 of the highly saturated fluorescent dye (EvaGreen), 12.5111 of HRM master mix (Sensimix Bioline), 2u1 of 25mM MgCl2" 1111 of the primer pair (51114), 20 of template and PCR grade water. The same primer pairs (SEQ ID NO:8 and SE(l ID NO:9) as used for the รีเวิร์ส trancriptase step were used for the HRM assay. The uniqueness of the primer pairs is that it would generate an
แอมพลิคอน size of 367 bp for wild-type สายพันธุ์ and 379 bp for vaccine-type สายพันธุ์ making it very

obvious to accurately distinguish between the wild-type and vaccine-type สายพันธุ์. The samples were loaded into the 384-well microwell plate and subjected to PCR amplification in a real time PCR machine (LightCycler 480, Roche). The thermal cycling reactions consisted of an initial การทำให้เสียสภาพ (3s at 95°C). The amplification consisted of การทำให้เสียสภาพ (1 นาทีที่ 95°C), annealing (1 นาทีที่ 55°C) and extension (1 mM at 72°C). The PCR was immediately followed by high
reสารละลาย melting curve analysis. The differentiation of the genotypes was achieved by using the known positive controls and comparing their melting profiles.
นิวคลีโอไทด์ sequence analysis
Sequence assembly and นิวคลีโอไทด์ sequence analysis were done using various
Bioinformatics software such as ClustalX/W for multiple การเทียบเรียงลำดับ and Bioedit 7.0 (การเทียบเรียงลำดับ Editor version 7.0.5.2, Tom Hall, US). All sequences were subjected to BLAST analysis (blastn) against Genbank database (NCBI).
The LBK sequence (SEQ ID NO:10) and blast results are shown in รูป 10. The PCR generated a 367bp PCR product. Sequencing of LBK and blast results confirmed that LBK is a wild-type ALD สายพันธุ์.
The VRI sequence (SEQ ID NO:11) and the blast results are shown in รูป 11. The
PCR generated a 367bp PCR product. Sequencing of VRI and blast results confirmed that VRI is a wild-t e ALD สายพันธุ์
The Pestiffa sequence (SEQ ID NO:12) and the blast results are shown in รูป 12. The PCR generated a 379bp PCR product. Sequencing of Pestiffa and blast results confirmed that it belongs to the vaccine สายพันธุ์, "Chinese" สายพันธุ์ (C สายพันธุ์).
The MVP sequence (SE(l ID NO:13) and the blast results are shown in รูป 13. The PCR generated a 379bp PCR product. Sequencing of MVP and blast results confirmed that it belongs to the vaccine สายพันธุ์ GPE, Japanese สายพันธุ์.
The QYHC sequence (SEQ ID NO:14) and the blast results are shown in รูป 14. The PCR generated a 3 7 9bp PCR product. Sequencing of QYHC and blast results confirmed that it belongs to the vaccine สายพันธุ์ C/HVRI, from China, genotype 1.1.
The ZBC sequence (SEQ ID NO:15) and the blast results are shown in รูป 15. The PCR generated a 379bp PCR product. Sequencing of ZBC and blast results confirmed that it belongs to the vaccine สายพันธุ์ C/HVRI, from China, genotype 1.1.

The YSC sequence (SEQ ID NO:16) and the blast results are shown in รูป 16. The PCR generated a 379bp PCR product. Sequencing of YSC and blast results confirmed that it belongs to the vaccine สายพันธุ์ Riems, Chinese สายพันธุ์

Results of HRIvI curve analysis of CSFV
The HRM assay was able to differentiate and group the vaccine-type (Pestiffa) and wild-
type สายพันธุ์ (LBK/VRI) (รูป 17). A portion of the นิวคลีโอไทด์ การเทียบเรียงลำดับ shows the T-rich insertion in the vaccine-type and the deletions in the wild-type that enables the
differentiation of the wild-type (LBK) and vaccine-type (Pestiffa) สายพันธุ์ respectively (รูป 17). The HRM assay was also able to differentiate and group the different vaccine-types (รูป 18). A portion of the นิวคลีโอไทด์ การเทียบเรียงลำดับ of the wild-type (LBK) and the vaccine-
types (Pestiffa, ZBC, YSC, QYHC and MVP) shows the varying sizes of the T-rich insertions in the vaccine-type and the deletions in the wild-type that enables the differentiation of the wild-
type (LBK/VRI) and vaccine-type (Pestiffa) สายพันธุ์ (รูป 19).
Validation - Sensitivity and Specificity
The sensitivity of the assay was carried out by a serial dilution with an initial virus
concentration of lOng/uL. Based on the threshold derived, it is estimated that the test is sensitive and is able to detect the target at concentrations as low as 100ag. The specificity of the assay was tested with other swine viruses such as PCV2, PRRS, Parvovirus, SIV. Our analysis showed that the primer pairs did not amplify these other viruses and was found specific for the detection of CSFV.
The study shows that the assay is unique as the primer pair is able to generate different
แอมพลิคอน sizes for wild-type (367 bp) and vaccine-type (379 bp). The analysis by วีวีing combined with nucleic acid sequencing confirms that the assay is able to rapidly detect and differentiate wild-type and vaccine-type สายพันธุ์.

Example 3 HRIVI analysis of V
Organ samples consisting of trachea, brain, bone marrow, lungs, kidney, spleen, intestine, lymph nodes, caecal tonsil, bursa, proventriculus, liver, heart, thymus and pooled organs were collected from 14 poultry farms in Malaysia from animals displaying classic NDV clinical signs. The organ samples were subjected to nucleic acid extraction by using the Trizol LS reagent

following the standard manufacturer's protocol. The real time PCR was established with
modifications from a วิธี previously described. The real time PCR ของผสมs consisted of 10 ul of SYBR green master mix, the respective primer sets and PCR grade water to make up the final volume of 20 ul per reaction. The PCR ของผสมs were subjected to real time PCR
amplification in a 384-well microplate in the LC480 Real Time PCR instrument (LC 480,
Roche). The melting peaks and melting curves were observed by using the Absolute Quant
Software provided with the instrument.

obvious to accurately distinguish between the wild-type and vaccine-type สายพันธุ์. The samples were loaded into the 384-well microwell plate and subjected to PCR amplification in a real time PCR machine (LightCycler 480, Roche). The thermal cycling reactions consisted of an initial การทำให้เสียสภาพ (3s at 95°C). The amplification consisted of การทำให้เสียสภาพ (1 นาทีที่ 95°C), annealing (1 นาทีที่ 55°C) and extension (1 mM at 72°C). The PCR was immediately followed by high 
reสารละลาย melting curve analysis. The differentiation of the genotypes was achieved by using the known positive controls and comparing their melting profiles.
นิวคลีโอไทด์ sequence analysis
Sequence assembly and นิวคลีโอไทด์ sequence analysis were done using various
Bioinformatics software such as ClustalX/W for multiple การเทียบเรียงลำดับ and Bioedit 7.0 (การเทียบเรียงลำดับ Editor version 7.0.5.2, Tom Hall, US). All sequences were subjected to BLAST analysis (blastn) against Genbank database (NCBI).
The LBK sequence (SEQ ID NO:10) and blast results are shown in รูป 10. The PCR generated a 367bp PCR product. Sequencing of LBK and blast results confirmed that LBK is a wild-type ALD สายพันธุ์.
The VRI sequence (SEQ ID NO:11) and the blast results are shown in รูป 11. The
PCR generated a 367bp PCR product. Sequencing of VRI and blast results confirmed that VRI is a wild-t e ALD สายพันธุ์
The Pestiffa sequence (SEQ ID NO:12) and the blast results are shown in รูป 12. The PCR generated a 379bp PCR product. Sequencing of Pestiffa and blast results confirmed that it belongs to the vaccine สายพันธุ์, "Chinese" สายพันธุ์ (C สายพันธุ์).
The MVP sequence (SE(l ID NO:13) and the blast results are shown in รูป 13. The PCR generated a 379bp PCR product. Sequencing of MVP and blast results confirmed that it belongs to the vaccine สายพันธุ์ GPE, Japanese สายพันธุ์.
The QYHC sequence (SEQ ID NO:14) and the blast results are shown in รูป 14. The PCR generated a 3 7 9bp PCR product. Sequencing of QYHC and blast results confirmed that it belongs to the vaccine สายพันธุ์ C/HVRI, from China, genotype 1.1.
The ZBC sequence (SEQ ID NO:15) and the blast results are shown in รูป 15. The PCR generated a 379bp PCR product. Sequencing of ZBC and blast results confirmed that it belongs to the vaccine สายพันธุ์ C/HVRI, from China, genotype 1.1.

The YSC sequence (SEQ ID NO:16) and the blast results are shown in รูป 16. The PCR generated a 379bp PCR product. Sequencing of YSC and blast results confirmed that it belongs to the vaccine สายพันธุ์ Riems, Chinese สายพันธุ์

Results of HRIvI curve analysis of CSFV
The HRM assay was able to differentiate and group the vaccine-type (Pestiffa) and wild-
type สายพันธุ์ (LBK/VRI) (รูป 17). A portion of the นิวคลีโอไทด์ การเทียบเรียงลำดับ shows the T-rich insertion in the vaccine-type and the deletions in the wild-type that enables the 
differentiation of the wild-type (LBK) and vaccine-type (Pestiffa) สายพันธุ์ respectively (รูป 17). The HRM assay was also able to differentiate and group the different vaccine-types (รูป 18). A portion of the นิวคลีโอไทด์ การเทียบเรียงลำดับ of the wild-type (LBK) and the vaccine-
types (Pestiffa, ZBC, YSC, QYHC and MVP) shows the varying sizes of the T-rich insertions in the vaccine-type and the deletions in the wild-type that enables the differentiation of the wild-
type (LBK/VRI) and vaccine-type (Pestiffa) สายพันธุ์ (รูป 19).
Validation - Sensitivity and Specificity
The sensitivity of the assay was carried out by a serial dilution with an initial virus
concentration of lOng/uL. Based on the threshold derived, it is estimated that the test is sensitive and is able to detect the target at concentrations as low as 100ag. The specificity of the assay was tested with other swine viruses such as PCV2, PRRS, Parvovirus, SIV. Our analysis showed that the primer pairs did not amplify these other viruses and was found specific for the detection of CSFV.
The study shows that the assay is unique as the primer pair is able to generate different
แอมพลิคอน sizes for wild-type (367 bp) and vaccine-type (379 bp). The analysis by วีวีing combined with nucleic acid sequencing confirms that the assay is able to rapidly detect and differentiate wild-type and vaccine-type สายพันธุ์.

Example 3 HRIVI analysis of V
Organ samples consisting of trachea, brain, bone marrow, lungs, kidney, spleen, intestine, lymph nodes, caecal tonsil, bursa, proventriculus, liver, heart, thymus and pooled organs were collected from 14 poultry farms in Malaysia from animals displaying classic NDV clinical signs. The organ samples were subjected to nucleic acid extraction by using the Trizol LS reagent

following the standard manufacturer's protocol. The real time PCR was established with
modifications from a วิธี previously described. The real time PCR ของผสมs consisted of 10 ul of SYBR green master mix, the respective primer sets and PCR grade water to make up the final volume of 20 ul per reaction. The PCR ของผสมs were subjected to real time PCR 
amplification in a 384-well microplate in the LC480 Real Time PCR instrument (LC 480, 
Roche). The melting peaks and melting curves were observed by using the Absolute Quant 
Software provided with the instrument.

0/5000

จาก: -

เป็น: -

ผลลัพธ์ (ไทย) 1: [สำเนา]

คัดลอก!

วิเคราะห์ตัวอย่าง 2 H CSFVในสายพันธุ์นี้ CSFV ศึกษา การต่าง ๆ ชนิดของป่า และ ชนิดของวัคซีนที่ใช้ ตัวอย่างสะสมเก็บสายพันธุ์ไวลด์ไทป์รวมว่า LBK และเก็บถาวรตัวอย่างสะสมว่า VRI (มาจากสุกรสุกรสนุก ๆ กับไวรัส LBK) สายพันธุ์ชนิดของวัคซีน รวม Pestiffa (สดวัคซีน - C สายพันธุ์), วัคซีน ive MVP () - ฟังก์ชัน GPE สายพันธุ์), QYHC (ถ่ายทอดสด วัคซีน), ZBC (สดวัคซีน), YST (สดวัคซีน) YSC (วัคซีนสด)ขั้นตอนทรานสคริปเทสรีเวิร์สรีเวิร์สทรานสคริปเทสขั้นตอนการสร้างดีเอ็นเอฟรีของ CSF ถูกมีออกดังต่อไปนี้: การวิเคราะห์ก่อตั้งขึ้น โดยใช้ชุดพื้นที่ขยายขอบเขตเอ็นทีอาร์ NS5B และ 3 ลำดับ CSFV อัพไซต์แทรก T-ริชที่เฉพาะวัคซีนสายพันธุ์ lapinized ของ CSFV ชุดรองพื้นจะเป็นดังนี้: สีรองพื้นฟอร์เวิร์ด 5'-GTAGCAAGACTGGRAAYAGGTA-3' (ลำดับ ID ไม่: 8) (Y = C หรือ T, R = A หรือ G) และรีเวิร์สรองพื้น 5' - -33'' (ลำดับ ID ไม่: 9) (Pan et al., 2008) จริงเวลา PCR ของผสมs ประกอบด้วย 10 [11 SYBR เขียวผสมหลัก (นำ), 1.61.il ของการรองพื้นแต่ละชุด (10uM) 0.2u1 รีเวิร์สทรานสคริปเทสเอนไซม์ 0.4111 ของสารยับยั้ง RNAse และ 3.8111 ของ PCR เกรดน้ำปริมาตรสุดท้ายของ 20111 ต่อปฏิกิริยาทำ การ PCR ของผสมs ถูกต้องในเวลาจริงขยาย PCR ใน microplate 384-ดีในเครื่องมือ LC480 Real Time PCR (LC 480 โร)วิเคราะห์โค้ง HRM ของ CSFV เพื่อแยกความแตกต่างของลักษณะทางพันธุกรรมตัวอย่างถูกต้องวิเคราะห์ HRM การวิเคราะห์ประกอบด้วย 1 การอิ่มตัวสูงฟลูออเรสย้อม (EvaGreen), 12.5111 ของ HRM หลักผสม (นำ Sensimix), 2u1 25 มม. MgCl2 " 1111 ของรองพื้นคู่ (51114), 20 ของแม่และน้ำเกรด PCR คู่รองพื้นเดียวกัน (ลำดับ ID ไม่: 8 และ SE (l ID ไม่: 9) ในขั้นตอน trancriptase รีเวิร์สใช้สำหรับวิเคราะห์ HRM เอกลักษณ์ของคู่รองพื้นคือ ว่า มันจะสร้างความ จำนวน 367 แอมพลิคอน bp สายพันธุ์ชนิดของป่าและ 379 bp สำหรับวัคซีนชนิดสายพันธุ์ทำมากชัดเจนถูกต้องแยกระหว่างสายพันธุ์ชนิดของป่าและชนิดของวัคซีน ตัวอย่างถูกโหลดเข้าแผ่น microwell 384-ดี และการขยาย PCR ในเครื่อง PCR เวลาจริง (LightCycler 480 โร) ปฏิกิริยาการขี่จักรยานที่ความร้อนประกอบด้วยการทำให้เสียสภาพการเริ่มต้น (3s ที่ 95° C) ขยายที่ประกอบด้วยการทำให้เสียสภาพ (1 นาทีที่ 95° C), หลอม (1 นาทีที่ 55° C) และส่วนขยาย (1 มม.ที่ 72° C) PCR ได้ถูกตามทันทีสูง reสารละลาย melting curve analysis. The differentiation of the genotypes was achieved by using the known positive controls and comparing their melting profiles.นิวคลีโอไทด์ sequence analysisSequence assembly and นิวคลีโอไทด์ sequence analysis were done using variousBioinformatics software such as ClustalX/W for multiple การเทียบเรียงลำดับ and Bioedit 7.0 (การเทียบเรียงลำดับ Editor version 7.0.5.2, Tom Hall, US). All sequences were subjected to BLAST analysis (blastn) against Genbank database (NCBI).The LBK sequence (SEQ ID NO:10) and blast results are shown in รูป 10. The PCR generated a 367bp PCR product. Sequencing of LBK and blast results confirmed that LBK is a wild-type ALD สายพันธุ์.The VRI sequence (SEQ ID NO:11) and the blast results are shown in รูป 11. ThePCR generated a 367bp PCR product. Sequencing of VRI and blast results confirmed that VRI is a wild-t e ALD สายพันธุ์The Pestiffa sequence (SEQ ID NO:12) and the blast results are shown in รูป 12. The PCR generated a 379bp PCR product. Sequencing of Pestiffa and blast results confirmed that it belongs to the vaccine สายพันธุ์, "Chinese" สายพันธุ์ (C สายพันธุ์).The MVP sequence (SE(l ID NO:13) and the blast results are shown in รูป 13. The PCR generated a 379bp PCR product. Sequencing of MVP and blast results confirmed that it belongs to the vaccine สายพันธุ์ GPE, Japanese สายพันธุ์.The QYHC sequence (SEQ ID NO:14) and the blast results are shown in รูป 14. The PCR generated a 3 7 9bp PCR product. Sequencing of QYHC and blast results confirmed that it belongs to the vaccine สายพันธุ์ C/HVRI, from China, genotype 1.1.The ZBC sequence (SEQ ID NO:15) and the blast results are shown in รูป 15. The PCR generated a 379bp PCR product. Sequencing of ZBC and blast results confirmed that it belongs to the vaccine สายพันธุ์ C/HVRI, from China, genotype 1.1.The YSC sequence (SEQ ID NO:16) and the blast results are shown in รูป 16. The PCR generated a 379bp PCR product. Sequencing of YSC and blast results confirmed that it belongs to the vaccine สายพันธุ์ Riems, Chinese สายพันธุ์Results of HRIvI curve analysis of CSFVThe HRM assay was able to differentiate and group the vaccine-type (Pestiffa) and wild-type สายพันธุ์ (LBK/VRI) (รูป 17). A portion of the นิวคลีโอไทด์ การเทียบเรียงลำดับ shows the T-rich insertion in the vaccine-type and the deletions in the wild-type that enables the differentiation of the wild-type (LBK) and vaccine-type (Pestiffa) สายพันธุ์ respectively (รูป 17). The HRM assay was also able to differentiate and group the different vaccine-types (รูป 18). A portion of the นิวคลีโอไทด์ การเทียบเรียงลำดับ of the wild-type (LBK) and the vaccine-types (Pestiffa, ZBC, YSC, QYHC and MVP) shows the varying sizes of the T-rich insertions in the vaccine-type and the deletions in the wild-type that enables the differentiation of the wild-type (LBK/VRI) and vaccine-type (Pestiffa) สายพันธุ์ (รูป 19).Validation - Sensitivity and SpecificityThe sensitivity of the assay was carried out by a serial dilution with an initial virusconcentration of lOng/uL. Based on the threshold derived, it is estimated that the test is sensitive and is able to detect the target at concentrations as low as 100ag. The specificity of the assay was tested with other swine viruses such as PCV2, PRRS, Parvovirus, SIV. Our analysis showed that the primer pairs did not amplify these other viruses and was found specific for the detection of CSFV.The study shows that the assay is unique as the primer pair is able to generate differentแอมพลิคอน sizes for wild-type (367 bp) and vaccine-type (379 bp). The analysis by วีวีing combined with nucleic acid sequencing confirms that the assay is able to rapidly detect and differentiate wild-type and vaccine-type สายพันธุ์.Example 3 HRIVI analysis of VOrgan samples consisting of trachea, brain, bone marrow, lungs, kidney, spleen, intestine, lymph nodes, caecal tonsil, bursa, proventriculus, liver, heart, thymus and pooled organs were collected from 14 poultry farms in Malaysia from animals displaying classic NDV clinical signs. The organ samples were subjected to nucleic acid extraction by using the Trizol LS reagent following the standard manufacturer's protocol. The real time PCR was established withmodifications from a วิธี previously described. The real time PCR ของผสมs consisted of 10 ul of SYBR green master mix, the respective primer sets and PCR grade water to make up the final volume of 20 ul per reaction. The PCR ของผสมs were subjected to real time PCR amplification in a 384-well microplate in the LC480 Real Time PCR instrument (LC 480, Roche). The melting peaks and melting curves were observed by using the Absolute Quant Software provided with the instrument.

การแปล กรุณารอสักครู่..

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:[สำเนา]

คัดลอก!

ตัวอย่างที่ 2 การวิเคราะห์ของเอช CSFV
ในการศึกษานี้ป่าชนิดต่างๆและ CSFV วัคซีนชนิดสายพันธุ์ถูกนำมาใช้ ป่าชนิดสายพันธุ์รวมถึงตัวอย่างที่เก็บสะสมป้าย LBK และเก็บสะสมตัวอย่างระบุว่าเป็น VRI (มาจากท้าทายหมูหมูไวรัส LBK) ประเภทวัคซีนสายพันธุ์
รวม Pestiffa (วัคซีนสด - C สายพันธุ์) MVP () วัคซีน ive - GPE สายพันธุ์) QYHC (มีชีวิตอยู่
วัคซีน) ZBC (วัคซีนสด), YST (วัคซีนสด), YSC (วัคซีนสด) .
รีเวิร์สทรานสคริปเทสก้าว
รีเวิร์สทรานสคริปเทสขั้นตอนในการสร้างดีเอ็นเอฟรีน้ำไขสันหลังได้รับการ
ดำเนินการดังต่อไปนี้: การทดสอบก่อตั้งขึ้นโดยใช้ชุดไพรเมอร์ ที่ขยาย NS5B และ 3'NTR ภูมิภาคของลำดับ CSFV ครอบคลุมเว็บไซต์แทรก T-ที่อุดมไปด้วยที่เป็นเอกลักษณ์ของวัคซีน lapinized CSFV สายพันธุ์ ชุดไพรเมอร์มีดังนี้ฟอร์เวิร์ดไพรเมอร์ 5'-
GTAGCAAGACTGGRAAYAGGTA-3 (SEQ ID NO: 8) (Y = C หรือ T, R = หรือ G) และรีเวิร์ส
ไพรเมอร์ 5'- -33` '( SEQ ID NO:. 9) (แพน et al, 2008) จริง
time PCR ของผสม s ประกอบด้วย 10 [11 ของ SYBR ผสมต้นแบบสีเขียว (Bioline) 1.61.il ของ
ชุดไพรเมอร์ที่เกี่ยวข้อง (10um) 0.2u1 ของรีเวิร์สทรานสคริปเทสเอนไซม์ 0.4111 ของ RNase ยับยั้งและ 3.8111 น้ำเกรด PCR เพื่อให้ได้ปริมาณสุดท้ายของ 20111 ต่อปฏิกิริยา PCR
ของผสม s ถูกยัดเยียดให้เวลาขยาย PCR จริงใน microplate 384 ดีในเครื่องมือแบบ Real Time PCR LC480 (LC 480, Roche).
การวิเคราะห์เส้นโค้งของการบริหารทรัพยากรมนุษย์ที่จะแยกแยะ CSFV จีโนไทป์ของ
กลุ่มตัวอย่างที่ถูกยัดเยียดให้ทดสอบการบริหารทรัพยากรมนุษย์ ทดสอบประกอบด้วย 1 ของความอิ่มตัวสูงสีย้อมเรืองแสง (EvaGreen) 12.5111 ของส่วนประสมการบริหารทรัพยากรมนุษย์ต้นแบบ (Sensimix Bioline) 2u1 ของ 25mm MgCl2 "1111 ของคู่ไพรเมอร์ (5111 4), 20 ของแม่แบบและน้ำเกรด PCR. คู่ไพรเมอร์เดียวกัน (SEQ ID NO: 8 และ SE (ID ลิตร NO: 9) ที่ใช้สำหรับรีเวิร์ส trancriptase ขั้นตอนที่ถูกนำมาใช้สำหรับการทดสอบการบริหารทรัพยากรมนุษย์เป็นเอกลักษณ์ของคู่ไพรเมอร์ก็คือว่ามันจะสร้าง.
แอมพลิ ขนาดของคอน 367 bp สำหรับป่าชนิดสายพันธุ์และ 379 bp สำหรับวัคซีนชนิดสายพันธุ์ทำให้มันมากอย่างเห็นได้ชัดที่จะต้องแยกแยะระหว่างป่าชนิดและวัคซีนชนิดสายพันธุ์. ตัวอย่างที่ถูกโหลดเข้า 384 แผ่นเดียว microwell และอยู่ภายใต้การขยาย PCR ในเวลาที่เครื่อง PCR จริง (LightCycler 480, Roche). ปฏิกิริยาความร้อนประกอบด้วยเริ่มต้นการทำให้เสียสภาพ (3s ที่ 95 ° C). ขยายประกอบด้วยการทำให้เสียสภาพ (1 นาทีที่ 95 ° C) การหลอม (1 นาทีที่ 55 ° C) และการขยาย (1 มิลลิที่ 72 ° C). PCR ตามมาทันทีโดยสูงอีกครั้งสารละลายวิเคราะห์โค้งละลาย ความแตกต่างของยีนก็ประสบความสำเร็จโดยใช้การควบคุมในเชิงบวกที่รู้จักกันและเปรียบเทียบรูปแบบการละลายของพวกเขา. นิวคลีโอไทด์การวิเคราะห์ลำดับประกอบและลำดับนิวคลีโอไทด์การวิเคราะห์ลำดับถูกทำโดยใช้ต่างๆซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศศาสตร์เช่น ClustalX / W สำหรับ หลายการเทียบเรียงลำดับและ Bioedit 7.0 (การเทียบเรียงบรรณาธิการรุ่นลำดับ 7.0.5.2 ทอมฮอลล์สหรัฐ) ลำดับทั้งหมดถูกยัดเยียดให้การวิเคราะห์ระเบิด (blastn) กับฐานข้อมูล Genbank (NCBI). ลำดับ LBK (SEQ ID NO: 10) และผลการระเบิดจะแสดงในรูป 10. PCR สร้าง 367bp ผลิตภัณฑ์ PCR ลำดับของ LBK ระเบิดและผลยืนยันว่า LBK เป็นมรกตป่าชนิดสายพันธุ์. ลำดับ VRI (SEQ ID NO: 11) และผลการระเบิดจะแสดงในรูปที่ 11 PCR สร้าง 367bp ผลิตภัณฑ์ PCR ลำดับของ VRI ระเบิดและผลยืนยันว่า VRI เป็นป่าทีอีมรกตสายพันธุ์ลำดับ Pestiffa (SEQ ID NO: 12) และผลการระเบิดจะแสดงในรูปที่ 12 PCR สร้าง 379bp ผลิตภัณฑ์ PCR ลำดับของ Pestiffa ระเบิดและผลยืนยันว่ามันเป็นวัคซีนสายพันธุ์ "จีน" สายพันธุ์ (C สายพันธุ์). ลำดับ MVP (SE (ลิตรรหัส NO: 13) และผลการระเบิดจะแสดงในรูปที่ 13 PCR สร้าง 379bp ผลิตภัณฑ์ PCR ลำดับของ MVP ระเบิดและผลยืนยันว่ามันเป็นวัคซีนสายพันธุ์ GPE, สายพันธุ์ญี่ปุ่น.. ลำดับ QYHC (SEQ ID NO: 14) และผลการระเบิดจะแสดงในรูปที่ 14 PCR สร้าง 3 7 9bp ผลิตภัณฑ์ PCR ลำดับของ QYHC ระเบิดและผลยืนยันว่ามันเป็นวัคซีนสายพันธุ์ C / HVRI จากประเทศจีน genotype 1.1.. ลำดับ ZBC (SEQ ID NO: 15) และผลการระเบิดจะแสดงใน รูป 15. PCR สร้าง 379bp ผลิตภัณฑ์ PCR ลำดับของ ZBC ระเบิดและผลยืนยันว่ามันเป็นวัคซีนสายพันธุ์ C / HVRI จากประเทศจีน genotype 1.1.. ลำดับ YSC (SEQ ID NO: 16) และผลการระเบิด จะแสดงในรูปที่ 16 PCR สร้าง 379bp ผลิตภัณฑ์ PCR. ลำดับของ YSC ระเบิดและผลยืนยันว่ามันเป็นวัคซีนสายพันธุ์ Riems จีนสายพันธุ์ผลของการวิเคราะห์โค้ง HRIvI ของ CSFV ทดสอบการบริหารทรัพยากรมนุษย์ก็สามารถที่จะแยกความแตกต่างและกลุ่ม วัคซีนชนิด (Pestiffa) และ wild- ชนิดสายพันธุ์ (LBK / VRI) (รูปที่ 17) ส่วนหนึ่งของนิวคลีโอไทด์การเทียบเรียงลำดับแสดงให้เห็นถึงการแทรก T-อุดมไปด้วยวัคซีนชนิดและลบอยู่ในป่าชนิดที่ช่วยให้ความแตกต่างของป่าชนิด (LBK) และวัคซีนชนิด ( Pestiffa) สายพันธุ์ตามลำดับ (รูปที่ 17) ทดสอบการบริหารทรัพยากรมนุษย์ก็สามารถที่จะแยกความแตกต่างและกลุ่มที่วัคซีนชนิดที่แตกต่างกัน (รูปที่ 18) ส่วนหนึ่งของนิวคลีโอไทด์การเทียบเรียงลำดับของป่าชนิด (LBK) และ vaccine- ชนิด (Pestiffa, ZBC, YSC, QYHC และ MVP) แสดงให้เห็นขนาดที่แตกต่างกันของการแทรก T-ที่อุดมไปด้วย วัคซีนชนิดและลบอยู่ในป่าชนิดที่ช่วยให้ความแตกต่างของ wild- ประเภท (LBK / VRI) และวัคซีนชนิด (Pestiffa) สายพันธุ์ (รูป 19). การตรวจสอบ - ความไวและความจำเพาะความไวของการทดสอบคือ ที่ดำเนินการโดยเจือจางอนุกรมกับไวรัสเริ่มต้นความเข้มข้นของยาว / ul ขึ้นอยู่กับเกณฑ์ที่ได้มามันเป็นที่คาดว่าการทดสอบมีความไวและสามารถตรวจจับเป้าหมายที่ระดับความเข้มข้นที่ต่ำเป็น 100ag ความจำเพาะของการทดสอบได้รับการทดสอบกับไวรัสหมูอื่น ๆ เช่น PCV2, PRRs, Parvovirus, SIV การวิเคราะห์ของเราแสดงให้เห็นว่าคู่ไพรเมอร์ไม่ได้ขยายไวรัสอื่น ๆ เหล่านี้และถูกพบที่เฉพาะเจาะจงสำหรับการตรวจสอบของ CSFV. การศึกษาแสดงให้เห็นว่าการทดสอบจะไม่ซ้ำกันเป็นคู่ไพรเมอร์จะสามารถที่แตกต่างกันในการสร้างแอมพลิคอนขนาดสำหรับชนิดป่า ( 367 bp) และวัคซีนชนิด (379 bp) การวิเคราะห์โดยวีวี ing รวมกับกรดนิวคลีอิกลำดับยืนยันว่าการทดสอบความสามารถในการตรวจสอบอย่างรวดเร็วและความแตกต่างป่าชนิดและวัคซีนชนิดสายพันธุ์. ตัวอย่างที่ 3 HRIVI วิเคราะห์ V ตัวอย่างอวัยวะที่ประกอบด้วยหลอดลม, สมอง, กระดูกปอด ไตม้ามลำไส้ต่อมน้ำเหลืองต่อมทอนซิล caecal, หอพัก, proventriculus, ตับ, หัวใจไธมัสและอวัยวะถูกเก็บรวบรวมจาก 14 ฟาร์มสัตว์ปีกในประเทศมาเลเซียจากสัตว์แสดงอาการทางคลินิก NDV คลาสสิก ตัวอย่างอวัยวะที่ถูกยัดเยียดให้กรดนิวคลีอิกสกัดโดยใช้น้ำยา Trizol LS ดังต่อไปนี้โปรโตคอลมาตรฐานของผู้ผลิต time PCR ที่แท้จริงได้รับการจัดตั้งขึ้นโดยมีการปรับเปลี่ยนจากวิธีอธิบายไว้ก่อนหน้า เวลาจริง PCR ของผสม s ประกอบด้วยยู 10 ของ SYBR ผสมต้นแบบสีเขียวชุดไพรเมอร์ที่เกี่ยวข้องและน้ำเกรด PCR เพื่อให้ได้ปริมาณสุดท้ายของยู 20 ต่อปฏิกิริยา PCR ของผสม s ถูกยัดเยียดให้ time PCR ที่แท้จริงในการขยาย microplate 384 ดีในเครื่องมือแบบ Real Time PCR LC480 (LC 480, Roche) ยอดเขาละลายและเส้นโค้งละลายถูกตั้งข้อสังเกตโดยใช้แอ็บโซลูควอนท์ซอฟแวร์ให้กับเครื่องดนตรี

การแปล กรุณารอสักครู่..

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:[สำเนา]

คัดลอก!

2 H ตัวอย่างการวิเคราะห์และการศึกษาต่าง ๆและชนิดของวัคซีน และสายพันธุ์มาใช้ ของสายพันธุ์รวมเก็บสะสมตัวอย่างป้ายเป็น lbk และเก็บไว้สะสมตัวอย่างป้ายเป็น vri ( มาจาก ท้าทายหมูหมูกับ lbk ไวรัส ) ประเภทของวัคซีนสายพันธุ์
รวม pestiffa ( วัคซีนชีวิต - C สายพันธุ์ )MVP ( ) วัคซีน - gpe สายพันธุ์ ive ) qyhc ( สด
วัคซีน ) , zbc ( วัคซีนชีวิต ) , YST ( วัคซีนชีวิต ) , ysc ( วัคซีนเชื้อมีชีวิต )

รีเวิร์สทรานสคริปเทสรีเวิร์สทรานสคริปเทสขั้นตอนขั้นตอนเพื่อสร้างดีเอ็นเอฟรีของ CSF คือ
ดำเนินการดังนี้( ก่อตั้งขึ้นโดยการใช้ชุดไพรเมอร์ที่ขยาย ns5b และ 3'ntr ภูมิภาคของลำดับและครอบคลุม t-rich แทรกเว็บไซต์ที่เป็นเอกลักษณ์ของการ lapinized และวัคซีนสายพันธุ์ . ไพรเมอร์ชุดมีดังนี้ : ฟอร์เวิร์ด primer 5 ' -
gtagcaagactggraayaggta-3 ' ( seq id ไม่มี : 8 ) ( Y = C หรือ T , r = หรือ G ) และไพรเมอร์รีเวิร์ส
5 ' - - 33 " ( seq id ไม่ :9 ) ( แพน et al . , 2008 ) จริงของผสม s
เวลา PCR จำนวน 10 [ 11 ของ SYBR กรีนมาสเตอร์ผสม ( bioline ) 1.61.il ของ
ชุดไพรเมอร์ที่เกี่ยวข้อง ( 10um ) 0.2u1 ของรีเวิร์สทรานสคริปเทสเอนไซม์ 0.4111 ของเลสและยับยั้ง 3.8111 น้ำเกรด PCR เพื่อทำให้ปริมาณสุดท้ายที่ 20111 ต่อปฏิกิริยา pcr
ของผสม S ถูกเวลาจริงสามารถขยายในพื้นที่ภาคเหนือของประเทศไทย lc480 384 ได้ดีในเวลาจริง ) เครื่องดนตรี ( LC 480 , โรช )
. เส้นโค้งการวิเคราะห์และแยกแยะของจีโนไทป์
จำนวนบุคคล ( HRM . ( ประกอบด้วย 1 ของไขมันอิ่มตัวสูง หลอดสี ( evagreen ) 12.5111 ของ HRM Master Mix ( sensimix bioline )2u1 25mm MgCl2 " 1111 ของไพรเมอร์คู่ ( 5111 4 ) , 20 ของแม่แบบและน้ำเกรด PCR คู่สีเดียวกัน ( seq id ไม่มี : 8 และ SE ( ผมไม่มี ID : 9 ) ที่ใช้สำหรับรีเวิร์ส trancriptase ขั้นตอนที่ใช้สำหรับการทดสอบ . . เอกลักษณ์ของไพรเมอร์คู่คือว่ามันจะสร้าง
แอมพลิคอนขนาด 367 BP สำหรับสายพันธุ์ความเหมือนกับ 379 BP สำหรับสายพันธุ์ประเภทวัคซีนทำให้

ชัดเจนถูกต้องแยกแยะระหว่างสายพันธุ์และชนิดของวัคซีน จำนวนโหลดลงเครื่องก็ microwell จาน และต้องเพิ่มปริมาณเชื้อในเวลาจริงจากเครื่อง ( lightcycler 480 , โรช )โดยจักรยานปฏิกิริยาประกอบด้วยการทำให้เสียสภาพเริ่มต้น ( 3s ที่ 95 องศา C ) โดยการเพิ่มจำนวนการทำให้เสียสภาพ ( 1 นาทีที่ 95 องศา C ) อบ ( 1 นาทีที่ 55 ° C ) และนามสกุล ( 1 มิลลิเมตร 72 ° C ) pcr ได้ทันทีตามด้วยสูง
Re สารละลายจุดหลอมเหลวการวิเคราะห์เส้นโค้งความแตกต่างของสายพันธุ์ พบว่า โดยการใช้จักบวกการควบคุมและเปรียบเทียบพวกเขาละลาย

โปรไฟล์ นิวคลีโอไทด์ลำดับการวิเคราะห์ลำดับประกอบและการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ ทำโดยใช้ซอฟต์แวร์ต่าง ๆเช่น clustalx รสน
/ W สำหรับการเทียบเรียงลำดับหลายและ bioedit 7

การแปล กรุณารอสักครู่..

ภาษาอื่น ๆ

การสนับสนุนเครื่องมือแปลภาษา: กรีก, กันนาดา, กาลิเชียน, คลิงออน, คอร์สิกา, คาซัค, คาตาลัน, คินยารวันดา, คีร์กิซ, คุชราต, จอร์เจีย, จีน, จีนดั้งเดิม, ชวา, ชิเชวา, ซามัว, ซีบัวโน, ซุนดา, ซูลู, ญี่ปุ่น, ดัตช์, ตรวจหาภาษา, ตุรกี, ทมิฬ, ทาจิก, ทาทาร์, นอร์เวย์, บอสเนีย, บัลแกเรีย, บาสก์, ปัญจาป, ฝรั่งเศส, พาชตู, ฟริเชียน, ฟินแลนด์, ฟิลิปปินส์, ภาษาอินโดนีเซี, มองโกเลีย, มัลทีส, มาซีโดเนีย, มาราฐี, มาลากาซี, มาลายาลัม, มาเลย์, ม้ง, ยิดดิช, ยูเครน, รัสเซีย, ละติน, ลักเซมเบิร์ก, ลัตเวีย, ลาว, ลิทัวเนีย, สวาฮิลี, สวีเดน, สิงหล, สินธี, สเปน, สโลวัก, สโลวีเนีย, อังกฤษ, อัมฮาริก, อาร์เซอร์ไบจัน, อาร์เมเนีย, อาหรับ, อิกโบ, อิตาลี, อุยกูร์, อุสเบกิสถาน, อูรดู, ฮังการี, ฮัวซา, ฮาวาย, ฮินดี, ฮีบรู, เกลิกสกอต, เกาหลี, เขมร, เคิร์ด, เช็ก, เซอร์เบียน, เซโซโท, เดนมาร์ก, เตลูกู, เติร์กเมน, เนปาล, เบงกอล, เบลารุส, เปอร์เซีย, เมารี, เมียนมา (พม่า), เยอรมัน, เวลส์, เวียดนาม, เอสเปอแรนโต, เอสโทเนีย, เฮติครีโอล, แอฟริกา, แอลเบเนีย, โคซา, โครเอเชีย, โชนา, โซมาลี, โปรตุเกส, โปแลนด์, โยรูบา, โรมาเนีย, โอเดีย (โอริยา), ไทย, ไอซ์แลนด์, ไอร์แลนด์, การแปลภาษา.