คณะกรรมาธิการร่วมว่าด้วยความร่วมมือทวิภาคีระหว่างไทยกับบรูไน (Joint Commission for Bilateral Cooperation Between Thailand and Brunei Darussalam) จัดตั้งขึ้นเมื่อเมื่อวันที่ 27 กันยายน 2542 เพื่อเป็นเวทีสำหรับการหารือถึงลู่ทางความเป็นไปได้ในการขยายความร่วมมือ รวมถึงการแก้ไขปัญหาอุปสรรค ข้อขัดแย้งซึ่งอาจเกิดขึ้น คณะกรรมาธิการร่วมว่าด้วยความร่วมมือทวิภาคีฯ ได้จัดประชุมครั้งที่ 1 ระหว่างวันที่ 30 - 31 มีนาคม 2546 โดยมีดร. สุรเกียรติ์ เสถียรไทย รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศเป็นหัวหน้าคณะผู้แทนไทย และเจ้าชาย Mohamed Bolkiah รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศบรูไน ทรงเป็นหัวหน้าคณะผู้แทนบรูไนดารุสซาลาม ที่ประชุมเห็นพ้องให้มีการส่งเสริมความร่วมมือระหว่างกันในสาขาต่างๆ เช่น การส่งเสริมการค้าการลงทุน ความร่วมมือด้านแรงงาน วิชาการ ท่องเที่ยว วัฒนธรรมและข้อมูลข่าวสาร นอกจากนี้ ทั้งสองฝ่ายยังได้หารือเกี่ยวกับสินค้าอาหารฮาลาล อุตสาหกรรม เหล็ก การประมง และการจัดตั้งธนาคารอิสลามแห่งประเทศไทย โดยบรูไนจะจัดส่งคณะทำงานมายังประเทศไทย เพื่อสำรวจความเป็นไปได้ในการลงทุนร่วมในอุตสาหกรรมอาหารฮาลาล และแลกเปลี่ยนประสบการณ์และความเชี่ยวชาญของบรูไนที่เป็นประโยชน์ต่อการจัดตั้งธนาคารอิสลามในประเทศไทย ความร่วมมือด้านการลงทุน ไทยและบรูไนได้มีการลงนามในบันทึกความเข้าใจ 3 ฉบับ ในวันที่ 27 สิงหาคม 2545 ระหว่างการเสด็จเยือนไทยอย่างเป็นทางการในฐานะพระราชอาคันตุกะของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวและสมเด็จพระนางเจ้าพระบรมราชินีนาถ ระหว่างวันที่ 26 – 28 สิงหาคม 2545 ได้แก่