Transmissionโดยช่องทางหลักของการแพร่เชื้อไวรัสซิกาที่มีการยืนยันและยอมรับกันในทางการสาธารณสุขคือการนำพาเชื้อโดยมียุงลายเป็นพาหะนำโรค โดยยุงลายที่มีเชื้อแล้วไปกัดคน ส่วนช่องทางการแพร่เชื้ออื่น เช่น ส่งผ่านจากหญิงตั้งครรภ์ที่ติดเชื้อไวรัสซิกาไปยังทารกในครรภ์ หรือผ่านทางการให้นมบุตร ผ่านทางการถ่ายเลือด การมีเพศสัมพันธ์ และทางสารคัดหลั่งต่าง ๆ เช่น น้ำมูก น้ำลาย ปัสสาวะ ฯลฯ ก็ยังถือว่า ข้อมูลมีจำกัด เป็นไปในลักษณะของการคาดการณ์ แม้ว่าจะทยอยพบหลักฐานเชื่อมโยงมากขึ้นเรื่อย ๆตามที่ระบุไว้ในรายงานของประเทศที่มีการระบาด แต่ทั้งองค์การอนามัยแห่งทวีปอเมริกา (PAHO) และองค์การอนามัยโลก (WHO) ต่างก็ประสานเสียงว่า ยังอยู่ในขั้นตอนศึกษาความเชื่อมโยงของหลักฐานที่พบ และทั้งหมดทั้งมวลต้องอยู่บนพื้นฐานทางวิทยาศาสตร์ ซึ่งนอกจากต้องได้ตามเกณฑ์มาตรฐานในการยืนยันผลทางระบาดวิทยา ไวรัสวิทยาแล้ว ก็ยังต้องเป็นไปตามหลักทางสถิติอีกด้วย ซึ่งส่วนที่ยากที่สุดในการวินิจฉัยก็น่าจะเป็นการชี้ขาดว่า ต้นเหตุเกิดจากเชื้อไวรัสซิกาโดยตรง หรือมีภาวะแทรกซ้อน หรือปัจจัยอื่นร่วมด้วย
ทางเว็บไซต์ของศูนย์ควบคุมและป้องกันโรค (CDC) ของสหรัฐฯ (อัพเดต 5 ก.พ.2559) ก็ได้ระบุถึงข้อมูลเหล่านี้ด้วยเช่นกัน เป็นต้นว่า หญิงตั้งครรภ์ที่ติดเชื้อไวรัสซิกาในช่วงใกล้คลอดสามารถส่งผ่านเชื้อไวรัสนี้ไปยังทารกแรกเกิดในห้วงเวลาที่เกิดได้ (แต่ไม่ค่อยปรากฏ) และมีความเป็นไปได้ที่เชื้อไวรัสซิกาจะส่งผ่านจากแม่ไปสู่ทารกได้ในช่วงของการตั้งครรภ์ แต่กำลังอยู่ในช่วงของการศึกษา ว่าแม่บางรายสามารถส่งผ่านเชื้อไวรัสนี้ไปยังทารกในครรภ์ได้อย่างไร จวบจนปัจจุบัน ก็ยังไม่มีรายงานของเด็กทารกได้รับเชื้อไวรัสซิกาจากการให้นมแม่ และแม้จะอยู่ในพื้นที่เสี่ยงก็ยังไม่มีการห้ามให้นมลูกแต่อย่างใด แต่ CDC ยอมรับว่ามีรายงานการแพร่กระจายของเชื้อไวรัสซิกาผ่านทางการถ่ายเลือดและการมีเพศสัมพันธ์ โดยมีหลักฐานใน 2 กรณีตัวอย่าง ว่าเชื้อไวรัสซิกาสามารถแพร่เชื้อผ่านชายผู้ติดเชื้อไปยังคู่รักหญิงจากการมีเพศสัมพันธ์ หนึ่งในนั้นพบการแพร่เชื้อเกิดขึ้นเพียงไม่กี่วันก่อนที่ผู้ชายจะเริ่มแสดงอาการป่วยชัดเจนขึ้นเสียอีก ในรายงานหนึ่งระบุว่าพบเชื้อไวรัสนี้อยู่ในน้ำอสุจิเป็นเวลาอย่างน้อย 2 อาทิตย์ภายหลังจากที่ผู้ป่วยเริ่มแสดงอาการติดเชื้อ จึงทำให้ทราบในตอนนี้ว่าเชื้อไวรัสซิกาอยู่ในน้ำอสุจิได้นานกว่าในเลือด แต่สิ่งที่ยังไม่รู้ คือ เชื้อไวรัสนี้มีชีวิตอยู่ในน้ำอสุจิได้นานเท่าไร ถ้าชายที่ติดเชื้อแต่อาการไม่แสดงชัดเจนนักจะยังคงมีเชื้อไวรัสนี้อยู่ในน้ำอสุจิหรือไม่และสามารถส่งผ่านไปยังคู่รักหญิงได้หรือไม่ และก็เกิดคำถามว่า ในทางกลับกัน หญิงที่ติดเชื้อไวรัสนี้จะสามารถส่งผ่านไปยังคู่รักชายผ่านการมีเพศสัมพันธ์ได้หรือไม่