จังหวัดปัตตานีเป็นจังหวัดหนึ่งของภาคใต้ที่ประสบปัญหายาเสพติดอย่างรุนแรง เนื่องจากเป็นจังหวัดที่มีการประกอบอาชีพประมงเป็นอาชีพสำคัญอย่างหนึ่ง มีผู้ประกอบอาชีพทั้งประมงชายฝั่งเล็กและประมงขนาดใหญ่ จึงมีการใช้เส้นทางการลำเลียงยาเสพติดจากภาคเหนือและภาคตะวันออกเฉียงเหนือไปยังต่างประเทศได้ง่าย และจังหวัดปัตตานียังเป็นเส้นทางผ่านไปสู่ตัวจังหวัดนราธิวาสและอำเภอสุไหง-โกลก โดยยาเสพติดส่วนหนึ่งจะถูกลักลอกส่งออกไปยังต่างประเทศและเป็นอีกส่วนหนึ่งจะนำมาแพร่ระบาดในพื้นที่จังหวัดปัตตานี โดยเริ่มมีการแพร่ระบาดในกลุ่มลูกเรือประมงก่อน จากนั้นก็ลุกลามไปสู่เยาวชนในชุมชนใกล้เคียง กลุ่มผู้ใช้แรงงาน เยาวชนทั้งในสถานศึกษาและนอกสถานศึกษา ยาเสพติดมีการแพร่ระบาดมากที่สุด คือเฮโรอีน รองลงมาคือกัญชา แอมเฟตามีน และสารระเหย ตามลำดับ มีอัตราความชุกของผู้ติดยาเสพติด 4-6 ต่อพันประชากร พื้นที่ที่มีการแพร่ระบาดของยาเสพติดในระดับรุนแรงได้แก่ อ.ไม้แก่น อ.โคกโพธิ์ อ.เมือง อ.หนองจิก ตามลำดับ (ข้อมูลจากสำนักงาน ปปส. ภาคใต้) นอกจากนี้ การจำหน่ายยาเสพติดมีกระจายอยู่ในทุกพื้นที่ สามารถทำการซื้อขายกันได้ง่าย โดยเฉพาะแหล่งมั่วสุมและชุมชน จึงนับได้ว่าปัญหายาเสพติดในจังหวัดปัตตานีมีความรุนแรงที่ต้องมีการแก้ไขอย่างเร่งด่วน ซึ่งปัญหาดังกล่าวได้นำไปสู่การก่ออาชญากรรมในรูปแบบต่าง ๆตามมา ส่งผลกระทบต่อทั้งทางด้านเศรษฐกิจ สังคม และคุณภาพชีวิตของประชาชนโดยส่วนรวม
จังหวัดปัตตานีจึงได้ริเริ่มโครงการสร้าง “ศูนย์บำบัดยาเสพติดจังหวัดปัตตานี” ขึ้นเพื่อใช้เป็นสถานบำบัดรักษารักษาผู้ติดยาเสพติดในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ได้รับการสนับสนุนงบประมาณผ่านศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนใต้ เริ่มดำเนินการก่อสร้างเมื่อเดือนพฤษภาคม 2535 และแล้วเสร็จในเดือนกรกฎาคม 2537 เริ่มเปิดดำเนินการใช้ชื่อว่า “ศูนย์บำบัดยาเสพติดจังหวัดปัตตานี” สังกัดกรมการแพทย์กระทรวงสาธรณสุข ตั้งอยู่ที่ 249 หมู่ 1 ถนนปากน้ำ ตำบลรูสะมิแล อำเภอเมือง จังหวัดปัตตานี เป็นสถานพยาบาลที่ให้ปริการด้านการรักษาพยาบาล ขนาด 100 เตียง ตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา