Ancestral Types of Milk ProteinTo e

Ancestral Types of Milk Protein
To examine species-specific compositional differences
in the 13 mammals, we reconstructed the ancestral proteins
of each of the milk proteins by first aligning the
orthologs of each of the 9 milk proteins using ClustalW
(Thompson et al., 1994). This was followed by a maximum
likelihood reconstruction using codeml from the
paml package (Yang, 2007). To avoid biased ancestral
sequences, we manually curated the alignments to remove
the sections of the alignments that appeared to
be a species-specific gain of a large region of protein
(an example of this would be β-CN, which has a long
insertion in rodents). Standard ancestral reconstruction
is performed in such a way that it incorporates all AA
positions, even those that are found in only one species.
To avoid this, we manually removed positions that were
only found in one species and not in the others from the
ancestral sequences.
For α-LA, we removed positions 14 and 15 (NH),
which are only found in opossum. For the same reason,
we removed position 111 (Q). We also removed positions
127 to 143 (GAPALVVPALNSETPVP) in the rat
because this region is unique to that species. For β-CN,
we removed positions 46 to 49 (LPTT) and 114 to 117
(PQQN), which are only found in platypus.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

โบราณชนิดโปรตีนนมการตรวจสอบความแตกต่าง compositional species-specificใน 13 เลี้ยงลูกด้วยนม เราเชิดโปรตีนโบราณของแต่ละโปรตีนนมโดยครั้งแรกorthologs ของแต่ละโปรตีนนม 9 ที่ใช้ ClustalW(ทอมร้อยเอ็ด al., 1994) นี้ถูกตาม ด้วยมากที่สุดฟื้นฟูความเป็นไปได้โดยใช้ codeml จากการแพคเกจ paml (ยาง 2007) เพื่อหลีกเลี่ยงภาพโบราณลำดับ เราเอง curated จัดแนวการเอาออกส่วนของการจัดแนวที่ปรากฏให้จะมีกำไร species-specific ภาคใหญ่ของโปรตีน(ตัวอย่างนี้จะเป็นβ-CN ซึ่งมีความยาวแทรกในงาน) ฟื้นฟูมาตรฐานโบราณดำเนินการในลักษณะว่า มันประกอบด้วย AA ทั้งหมดตำแหน่ง ที่อยู่ในสปีชีส์เดียวกันเพื่อหลีกเลี่ยงนี้ เราเองเอาตำแหน่งที่พบเฉพาะ ในสายพันธุ์หนึ่ง และไม่อยู่ ในผู้อื่นลำดับโบราณสำหรับα-LA นำตำแหน่ง 14 และ 15 (NH),ซึ่งจะพบเฉพาะในโอพอสซัม เหตุผลเดียวกันเราเอาตำแหน่ง 111 (Q) นอกจากนี้เรายังเอาตำแหน่ง127 กับ 143 (GAPALVVPALNSETPVP) ในหนูเนื่องจากภูมิภาคนี้เป็นเฉพาะชนิดที่ สำหรับβ-CNเราเอาตำแหน่ง 46 ถึง 49 (LPTT) และ 114-117(PQQN), ซึ่งเป็นเพียงพบในตุ่นปากเป็ด

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ประเภทของบรรพบุรุษของโปรตีนนม
เพื่อตรวจสอบความแตกต่าง compositional สายพันธุ์เฉพาะ
ใน 13 เลี้ยงลูกด้วยนมที่เราสร้างขึ้นใหม่โปรตีนบรรพบุรุษ
ของแต่ละโปรตีนนมเป็นครั้งแรกโดยจัดให้
orthologs ของแต่ละโปรตีนนม 9 โดยใช้ ClustalW
(ธ อมป์สัน et al., 1994) . นี้ตามด้วยสูงสุด
ฟื้นฟูโอกาสใช้ codeml จาก
แพคเกจ paml (ยาง 2007) เพื่อหลีกเลี่ยงความลำเอียงของบรรพบุรุษ
ลำดับเรา curated ด้วยตนเองการจัดแนวการลบ
ในส่วนของการจัดแนวที่ดูเหมือนว่า
จะมีกำไรจากสายพันธุ์เฉพาะของภูมิภาคที่มีขนาดใหญ่ของโปรตีน
(ตัวอย่างนี้จะเป็นβ-CN ซึ่งมีความยาว
ในการแทรก หนู) มาตรฐานฟื้นฟูบรรพบุรุษ
จะดำเนินการในลักษณะที่จะรวมเอา AA ทุก
ตำแหน่งแม้ผู้ที่พบในเพียงหนึ่งสายพันธุ์.
เพื่อหลีกเลี่ยงนี้เราตำแหน่งเอาออกด้วยตนเองที่ถูก
พบเฉพาะในชนิดหนึ่งและไม่ได้อยู่ในที่คนอื่น ๆ จาก
ลำดับของบรรพบุรุษ .
สำหรับα-LA เราเอาออกตำแหน่ง 14 และ 15 (NH)
ซึ่งพบเฉพาะในหนูพันธุ์ ด้วยเหตุผลเดียวกัน,
เราเอาออกตำแหน่ง 111 (Q) นอกจากนี้เรายังเอาออกตำแหน่ง
127-143 (GAPALVVPALNSETPVP) ในหนู
เพราะภูมิภาคนี้เป็นเอกลักษณ์ของสปีชีส์ที่ สำหรับβ-CN,
เราเอาออกตำแหน่ง 46-49 (LPTT) และ 114-117
(PQQN) ซึ่งพบเฉพาะในปากเป็ด

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ประเภทของบรรพบุรุษของ
โปรตีนนมเพื่อศึกษาความแตกต่างของเผ่าพันธุ์ - เฉพาะส่วนประกอบ
ใน 13 สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม เราสร้างโปรตีนบรรพบุรุษ
ของโปรตีนนม โดยครั้งแรกจัด
orthologs ของแต่ละ 9 โปรตีนนมที่ใช้ clustalw
( Thompson et al . , 1994 ) นี้ตามด้วยการใช้ codeml โอกาสสูงสุด

paml จากแพคเกจ ( Yang , 2007 )เพื่อหลีกเลี่ยงอคติ
ลำดับบรรพบุรุษเราด้วยการเอา curated โดย
ส่วนของเพศชายที่ปรากฏ
จะได้รับเฉพาะ - ขยายพันธุ์ของพื้นที่ขนาดใหญ่ของโปรตีน
( ตัวอย่างนี้จะเป็นบีตา - CN ซึ่งมีความยาว
ในหนู ) มาตรฐานของบรรพบุรุษฟื้นฟู
จะดำเนินการในลักษณะที่ประกอบด้วยตำแหน่ง AA
ทั้งหมดแม้ผู้นั้นจะพบได้ในเพียงหนึ่งชนิด
เพื่อหลีกเลี่ยงปัญหานี้ เราเองเอาตำแหน่งที่
พบเฉพาะในชนิดหนึ่งและไม่ได้คนอื่น ๆ จากลำดับบรรพบุรุษ
.
สำหรับแอลฟาลาเราเอาตำแหน่งที่ 14 และ 15 ( NH )
ซึ่งจะพบเฉพาะในสัตว์คล้ายหนูมีกระเป๋าหน้าท้อง . ด้วยเหตุผลเดียวกัน
เราเอาตำแหน่ง 111 ( q ) เรายังเอาตำแหน่ง
127 กับ 143 ( gapalvvpalnsetpvp
) ในหนูเพราะภาคนี้คือที่ไม่ซ้ำชนิด สำหรับบีตา - cn
เราเอาตำแหน่ง 46 49 ( lptt ) และ 114 117
( pqqn ) ซึ่งพบเฉพาะในตุ่นปากเป็ด