2.2.1. DNA amplification and sequen

2.2.1. DNA amplification and sequencing
The identification of endophytic and pathogenic fungi was performed by means of nucleotide sequence of the ITS1-5.8S rRNAITS2 region that varies depending on fungal species. DNA was
extracted from small mycelial fragments scraped from the surface
of culture plates using a commercial kit (RedExtract-N-Amp Plant
PCR, Sigma Aldrich) as recommended by the manufacturer. The
ITS1-5.8S rRNA-ITS2 region was amplified using PCR in a system
including 2 ll of DNA extract and primers ITS4 and ITS5. Amplification conditions were: 95 C for 2 min, followed by 35 cycles of
94 C for 1 min, 54 C for 1 min, and 72 C for 1 min after which
the reaction was kept at 72 C for 10 min. PCR amplicons were
purified by filtration (Montage PCR, Millipore), and sequenced in
a 3100 Genetic Analyzer (Applied Biosciences). Only one strand
of the PCR amplicon was sequenced. The sequencing reaction
was started at the 50end of the ITS1-5.8S rRNA-ITS2 region, using
primer ITS4. The quality of the sequences obtained was analyzed
by means of sequencing reaction chromatograms, visualized with
Chromas 1.45 softw

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.2.1. ดีเอ็นเอขยายและลำดับรหัสของเชื้อ endophytic และเชื้อทำ โดยลำดับนิวคลีโอไทด์ ITS1-5.8S rRNAITS2 ภูมิภาคที่แตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับสายพันธุ์เชื้อรา เป็นดีเอ็นเอสกัดจากเศษ mycelial เล็กขูดจากพื้นผิววัฒนธรรมแผ่นใช้ชุดเชิงพาณิชย์ (โรงงาน RedExtract-N-แอมป์PCR, Sigma Aldrich) แนะนำ โดยผู้ผลิต การITS1-5.8S rRNA ITS2 ภูมิภาคได้ขยายการใช้ PCR ในระบบรวมทั้ง 2 จะแยกดีเอ็นเอและไพรเมอร์ ITS4 และ ITS5 ได้ขยายเงื่อนไข: C 95 สำหรับ 2 นาที ตาม ด้วยรอบ 35C 94 สำหรับ 1 นาที 54 C เป็นเวลา 1 นาที และ 72 C 1 นาทีหลังจากนั้นปฏิกิริยาที่ถูกเก็บไว้ที่ 72 C สำหรับ amplicons PCR 10 นาทีได้บริสุทธิ์ โดยการกรอง (ตัด PCR มิลลิพอร์), และเรียงลำดับในที่ 3100 พันธุกรรมวิเคราะห์ (วิทยาศาสตร์ชีวภาพในระดับประยุกต์) สาระเดียวของ PCR amplicon ที่ถูกเรียงลำดับ ปฏิกิริยาลำดับเริ่มต้นที่ 50end ของการ ITS1-5.8S ภูมิภาค rRNA ITS2 ใช้รองพื้น ITS4 คุณภาพของลำดับได้ถูกวิเคราะห์โดยใช้วิธีจัดลำดับปฏิกิริยา chromatograms มองเห็นด้วยChromas 1.45 softw

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.2.1 ดีเอ็นเอลำดับและ
บัตรประจำตัวของเชื้อราที่ทำให้เกิดโรคเอนโดไฟท์และได้ดำเนินการโดยวิธีการของลำดับเบสของภูมิภาค ITS1-5.8S rRNAITS2 ที่แตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับชนิดของเชื้อรา ดีเอ็นเอ
ที่สกัดจากเศษเส้นใยเล็ก ๆ ที่คัดลอกมาจากพื้นผิว
ของแผ่นวัฒนธรรมโดยใช้ชุดพาณิชย์ (RedExtract-N-Amp พืช
PCR ซิกดิช) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต
ภูมิภาค ITS1-5.8S rRNA-ITS2 ถูกขยายโดยใช้วิธี PCR ในระบบ
รวมทั้ง 2 LL ของสารสกัดจาก DNA และไพรเมอร์และ ITS4 ITS5 เงื่อนไขการขยายเป็น 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 2 นาทีตามด้วย 35 รอบ?
94 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาที 54 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาทีและ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาทีหลังจากที่?
เกิดปฏิกิริยาถูกเก็บไว้ที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 10 นาที? . amplicons PCR ถูก
ทำให้บริสุทธิ์โดยการกรอง (Montage PCR, อร์ค) และลำดับขั้นตอนใน
พันธุกรรมวิเคราะห์ (ประยุกต์ชีววิทยาศาสตร์) 3100 เพียงเส้นหนึ่ง
ของ amplicon PCR ถูกติดใจ ปฏิกิริยาลำดับ
เริ่มต้นที่ 50end ของภูมิภาค ITS1-5.8S rRNA-ITS2 ใช้
ITS4 ไพรเมอร์ คุณภาพของลำดับที่ได้มาวิเคราะห์
โดยวิธีโครมาโตลำดับปฏิกิริยามองเห็นด้วย
chromas 1.45 SOFTW

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.2.1 . การเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอและลำดับตัวของราเอนโดไฟต์เชื้อโรคเชื้อราและการใช้วิธีการลำดับนิวคลีโอไทด์ของ its1-5.8s rrnaits2 ภูมิภาคที่แตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับชนิดของเชื้อรา . ดีเอ็นเอคือสารสกัดจากชิ้นส่วนขนาดเล็กของขูดพื้นผิววัฒนธรรมการใช้ชุดของแผ่น redextract-n-amp พาณิชย์ ( พืชPCR , ซิกม่า Aldrich ) ซึ่งแนะนำโดยผู้ผลิต ที่its1-5.8s rrna-its2 ภูมิภาคมีการขยายการใช้ PCR ในระบบรวมทั้ง 2 จะสกัดดีเอ็นเอและดีเอ็นเอและ its4 its5 . สภาพ : 95 ( C 2 นาที ตามด้วย 3 รอบ94 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาที , 54 องศาเซลเซียสนาน 1 นาที และ 72 องศาเซลเซียสนาน 1 นาทีหลังจากนั้นปฏิกิริยาที่ถูกเก็บไว้ที่ 72 C 10 นาทีโดย amplicons คือบริสุทธิ์โดยการกรอง ( ตัดต่อ PCR , มิลลิ ) และลำดับเบสในเป็นเครื่องวิเคราะห์ทางพันธุกรรมถูกประยุกต์ ( ชีววิทยา ) เพียงหนึ่งเส้นของดีเอ็นเอ และยังนี้ การติดตามปฏิกิริยาเริ่มต้นที่ 50end ของภูมิภาค its1-5.8s rrna-its2 โดยใช้รองพื้น its4 . คุณภาพของที่ได้มาวิเคราะห์ลำดับโดยปฏิกิริยาการรับกลิ่น , กับดาวน์โหลดโปรแกรม Chromas 1.45