The use of lignocellulosic biomass

The use of lignocellulosic biomass for second generation biofuels requires optimization of enzymatic breakdown of plant cell walls. In this work, cellulolytic bacteria were isolated from a native and two cultivated forest soil samples. Amplification of glycosyl hydrolases was attempted by using a low stringency-degenerate primer PCR strategy, using total soil DNA and bulk DNA pooled from positive colonies as template. A set of primers was designed based on Acidothermus cellulolyticus genome, by search of conserved domains of glycosyl hydrolases (GH) families of interest. Using this approach, a fragment containing an open reading frame (ORF) with 98% identity to a putative GH43 beta-xylosidase coding gene from Enterobacter cloacae was amplified and cloned. The full protein was expressed in Escherichia coli as N-terminal or C-terminal His-tagged fusions and purified under native conditions. Only N-terminal fusion protein, His-Xyl43, presented beta-xylosidase activity. On pNPX, optimal activity was achieved at pH 6 and 40 °C and Km and Kcat values were 2.92 mM and 1.32 seg−1, respectively. Activity was also demonstrated on xylobiose (X2), with Km 17.8 mM and Kcat 380 s−1. These results demonstrated that Xyl43 is a functional beta-xylosidase and it is the first evidence of this activity for Enterobacter sp.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การใช้ชีวมวล lignocellulosic สำหรับเชื้อเพลิงชีวภาพรุ่นที่สองต้องเพิ่มประสิทธิภาพของเอนไซม์ในระบบการแบ่งของผนังเซลล์พืช ในงานนี้ แบคทีเรีย cellulolytic ถูกแยกต่างหากจากเจ้าของภาษาและตัวอย่างดินปลูกป่า 2 ขยายของ glycosyl hydrolases ความพยายาม โดยใช้กลยุทธ์การ PCR รองพื้น stringency degenerate ต่ำ ใช้รวมดินดีเอ็นเอ และจำนวนมากทางถูกพูจากอาณานิคมบวกเป็นแม่แบบดีเอ็นเอ ชุดไพรเมอร์ถูกออกแบบมาตาม Acidothermus cellulolyticus จีโนม โดยค้นหาโดเมนนำตระกูล hydrolases (GH) glycosyl น่าสนใจ ใช้วิธีการนี้ ประกอบด้วยการเฟรมเปิดอ่าน (ORF) มี 98% จะเป็น putative GH43 เบต้า-xylosidase รหัสยีนจาก Enterobacter cloacae ส่วนขยาย และโคลน โปรตีนทั้งหมดถูกแสดงใน Escherichia coli เป็นเทอร์มินัล N หรือเทอร์มินัลซีแท็กพระ fusions และบริสุทธิ์ภายใต้เงื่อนไขที่เจ้า โปรตีนเท่า N สถานีฟิวชั่น พระ-Xyl43 แสดงกิจกรรมเบต้า-xylosidase ใน pNPX สำเร็จกิจกรรมที่เหมาะสมที่สุดที่ pH 6 และ 40 ° C และค่า Km และ Kcat คน 2.92 มม. 1.32 seg−1 ตามลำดับ กิจกรรมที่แสดงบน xylobiose (X 2) Km 17.8 mM และ s−1 Kcat 380 ผลเหล่านี้แสดงว่า Xyl43 เป็นเบต้า-xylosidase ทำงาน และเป็นหลักฐานแรกของกิจกรรมนี้สำหรับ Enterobacter sp

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การใช้ชีวมวลลิกโนเซลลูโลสสำหรับเชื้อเพลิงชีวภาพรุ่นที่สองต้องมีการเพิ่มประสิทธิภาพของเอนไซม์สลายของผนังเซลล์พืช ในงานนี้แบคทีเรียเซลลูโลสที่แยกได้จากพื้นเมืองและสองตัวอย่างดินป่าปลูก การขยายของ hydrolases glycosyl พยายามโดยใช้ไพรเมอร์เข้มงวดเลวต่ำกลยุทธ์ PCR โดยใช้ดีเอ็นเอดินทั้งหมดและ DNA กลุ่มรวบรวมจากอาณานิคมบวกเป็นแม่แบบ ชุดของไพรเมอร์ได้รับการออกแบบบนพื้นฐานของจีโนม Acidothermus cellulolyticus โดยการค้นหาของโดเมนอนุรักษ์ของ hydrolases glycosyl (GH) ครอบครัวที่น่าสนใจ โดยใช้วิธีการนี​​้ส่วนที่มีกรอบการอ่านเปิด (ORF) ที่มีตัวตน 98% ที่จะสมมุติเข้ารหัสเบต้า xylosidase GH43 ยีนจากน้ำใต้ดิน Enterobacter ถูกขยายและโคลน โปรตีนเต็มแสดงในเชื้อ Escherichia coli เป็น n- ขั้วหรือ C ขั้ว fusions ของเขาที่ติดแท็กและบริสุทธิ์ภายใต้เงื่อนไขพื้นเมือง เฉพาะโปรตีนฟิวชั่น N-terminal, เขา-Xyl43 นำเสนอกิจกรรมเบต้า xylosidase ใน pNPX กิจกรรมที่ดีที่สุดก็ประสบความสำเร็จที่ pH 6 และ 40 องศาเซลเซียสและกิโลเมตรและค่า Kcat เป็น 2.92 มิลลิและ 1.32 seg-1 ตามลำดับ กิจกรรมยังได้แสดงให้เห็นใน xylobiose (X2) กับกิโลเมตรที่ 17.8 มิลลิและ Kcat 380 s-1 ผลการศึกษานี้แสดงให้เห็นว่าเป็น Xyl43 ทำงานเบต้า xylosidase และมันก็เป็นหลักฐานแรกของกิจกรรมนี้สำหรับ Enterobacter เอสพี

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การใช้ชีวมวลเชื้อเพลิงชีวภาพรุ่นที่สอง lignocellulosic เพื่อต้องการเพิ่มประสิทธิภาพของเอนไซม์สลายของผนังเซลล์พืช ในงานวิจัยนี้ได้ทดลองแบคทีเรียที่แยกได้จากเจ้าของภาษาและสองปลูกป่าดินตัวอย่าง แบบ glycosyl ไฮโดรเลสจึงใช้น้อย stringency degenerate primer และกลยุทธ์การใช้ดีเอ็นเอและดีเอ็นเอจากดินรวมเป็นกลุ่มรวมอาณานิคมบวกเป็นแม่แบบ ชุดของไพรเมอร์ที่ออกแบบตาม acidothermus cellulolyticus จีโนมโดยการค้นหาของเพื่อโดเมนของ glycosyl ไฮโดรเลส ( GH ) ครอบครัวที่สนใจ การใช้วิธีการนี้ส่วนที่ประกอบด้วย open reading frame ( ORF ) 98% ตนกับการแสดงออก gh43 เบต้าไซโลสิเดสการเข้ารหัสยีนจากเชื้อ Enterobacter คืออัตรา และโคลน โปรตีนทั้งหมดถูกแสดงใน Escherichia coli ซึ่งเป็นกรดอะมิโนหรือของเขาแท็ก fusions บริสุทธิ์ภายใต้สภาวะดั้งเดิม เฉพาะของกรดอะมิโนของโปรตีน his-xyl43 , นำเสนอกิจกรรมบีตา เบต้า pnpx บน ,กิจกรรมที่เหมาะสมคือความที่พีเอช 6 ° C และ 40 กิโลเมตร และ kcat เท่ากับ 2.92 มม. และ 1.32 ขังเดี่ยว− 1 ตามลำดับ กิจกรรมก็ แสดง ใน xylobiose ( X2 ) กับ km 17.8 มม. และ kcat 380 s − 1 ผลลัพธ์เหล่านี้แสดงให้เห็นว่า xyl43 เป็นเบต้าฟังก์ชันบีตาและมันเป็นครั้งแรกที่หลักฐานของกิจกรรมนี้ Enterobacter sp .