Identification of mitogenomes using

Identification of mitogenomes using bait sequences

The PCR-based baits comprised 261 sequences (109 cox1, 8 cox2, 54 cytB and 90 rrnL).

The complete dataset of assembled contigs from each library was used as a query in a BLAST search against each bait gene reference library. The total number of
matching baits to the query was 131 of which 107 assemblies showed a match with a single bait and 24 with multiple baits.

All matches were to the species in the expected library. One contig matched two baits (cytB and rrnL) of two different species.

Inspection of the sequences showed that the chromatogram of the cytB region was of poor quality. The contig was removed because we could not exclude a chimeric contig with certainty.

Only one other contig matched two different species for regions cytB and cox1, due
to a curious match of the cox1 bait to a secondary genome region indicating a gene rearrangement in the assembly.

This complete contig was also removed. In total, 74% of all bait sequences of
cox1 regions resulted in a match to a contig, 62% of cox2, 65% of cytB, while rrnL produced an unequivocal match in only 39% of cases, as incomplete contigs were missing these genes predominantly.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รหัสของ mitogenomes ที่ใช้ลำดับเหยื่อเหยื่อที่ใช้ PCR ประกอบด้วยลำดับ 261 (109 cox1, 8 cox2, 54 cytB และ 90 rrnL) ในชุดข้อมูลที่สมบูรณ์ของ contigs ประกอบจากไลบรารีแต่ละถูกใช้เป็นแบบสอบถามในการค้นหาระเบิดกับเหยื่อแต่ละยีนสมุด จำนวนทั้งหมดจับคู่การสอบถามเหยื่อเป็น 131 ที่ 107 ประกอบแสดงให้เห็นว่าการแข่งขันกับเหยื่อตัวเดียวและ 24 กับเหยื่อหลายการแข่งขันทั้งหมดมีการในไลบรารีที่คาดไว้ หนึ่ง contig ตรงสองเหยื่อ (cytB และ rrnL) สองต่างชนิดกันตรวจสอบลำดับแสดงให้เห็นว่า chromatogram ของภูมิภาค cytB คุณภาพต่ำ Contig ถูกลบเนื่องจากเราไม่สามารถแยกการ contig chimeric ด้วยความเชื่อมั่น Contig อื่น ๆ เดียวตรงสายพันธุ์สองภูมิภาค cytB และ cox1 เนื่องจากเพื่อการแข่งขันที่อยากรู้อยากเห็นของเหยื่อ cox1 ภูมิภาคกลุ่มรองที่ระบุการปรับปรุงใหม่ยีนในแอสเซมบลี Contig สมบูรณ์นี้ถูกเอาออก รวม 74% ของลำดับเหยื่อทั้งหมดของcox1 ภูมิภาคผลการแข่งขัน contig, 62% ของ cox2, cytB, 65% ในขณะที่ rrnL ผลิตการแข่งขันบัญญัติและในกรณี เพียง 39% เป็น contigs ไม่สมบูรณ์ถูกขาดยีนเหล่านี้ส่วนใหญ่

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บัตรประจำตัวของ mitogenomes ใช้ลำดับเหยื่อ

เหยื่อ PCR-based ประกอบด้วย 261 ลำดับ (109 cox1, 8 COX2 54 cytB และ 90 rrnL).

ชุดข้อมูลที่สมบูรณ์ของ contigs ประกอบจากแต่ละห้องสมุดถูกใช้เป็นแบบสอบถามในการค้นหาระเบิดกับแต่ละยีนเหยื่อ ห้องสมุดอ้างอิง จำนวนรวมของ
การจับคู่เหยื่อแบบสอบถามทั้งสิ้น 131 แห่งซึ่งประกอบ 107 แสดงให้เห็นว่าการแข่งขันกับเหยื่อเดียวและ 24 มีเหยื่อหลาย.

ทั้งหมดที่ตรงกันจะสายพันธุ์ในห้องสมุดที่คาดหวัง หนึ่ง contig จับคู่สองเหยื่อ (cytB และ rrnL) ของทั้งสองสายพันธุ์ที่แตกต่างกัน.

ตรวจสอบลำดับแสดงให้เห็นว่า chromatogram ของภูมิภาค cytB เป็นของที่มีคุณภาพดี contig จะถูกลบออกเนื่องจากเราไม่สามารถยกเว้น contig ลูกผสมด้วยความมั่นใจ.

เพียงคนเดียว contig อื่น ๆ จับคู่สองสายพันธุ์ที่แตกต่างกันสำหรับภูมิภาค cytB และ cox1 เนื่องจาก
ไปสู่การแข่งขันอยากรู้อยากเห็นของเหยื่อ cox1 ไปยังพื้นที่ของจีโนมรองระบุสายใยยีนในการชุมนุม .

นี้ contig สมบูรณ์นอกจากนี้ยังจะถูกลบออก โดยรวมแล้ว 74% ของทุกลำดับเหยื่อของ
ภูมิภาค cox1 ส่งผลในการแข่งขันกับ contig, 62% ของ COX2, 65% ของ cytB ขณะ rrnL ผลิตการแข่งขันที่ชัดเจนในการเพียง 39% ของกรณีเช่น contigs สมบูรณ์หายไปยีนเหล่านี้ อย่างเด่น