3.2. Phylogenetic Signal in Gap Cha

3.2. Phylogenetic Signal in Gap Characters Based upon Indels of Different Lengths
Above, we described two reasons why gap trees might have lower bootstrap support than the nucleotide tree. Specifically, the limited bootstrap support we observed could reflect the low rate of accumulation for gap character changes or poor model fit (alternatively, it could reflect a combination of both). Another possibility is that the gap data are sufficiently noisy that neither ML nor MP can recover an accurate estimate of the true tree. Even if noise is not positively misleading, it can have a negative impact upon the phylogenetic analyses [85]. Thus, noise reduction methods might provide a useful complement to model improvement. Short indels, especially 1-bp indels, are more common than long indels in avian non-coding regions [10,86], suggesting that gap characters based upon short indels may contain more noise than those based upon long indels. Thus, the removal of short indels has the potential to enhance phylogeny reconstruction.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3.2. phylogenetic สัญญาณในช่องว่างของอักขระตาม Indels ความยาวต่างกัน เหนือ เราอธิบายด้วยเหตุผลสองประการที่ทำไมช่องว่างของต้นไม้อาจสนับสนุนการเริ่มต้นระบบต่ำกว่าทรีนิวคลีโอไทด์ โดยเฉพาะ การสนับสนุนเริ่มต้นระบบจำกัดที่เราสังเกตอาจสะท้อนถึงอัตราต่ำสุดของสะสมเปลี่ยนแปลงอักขระช่องว่างหรือรุ่นที่ดีพอ (หรือ มันสามารถสะท้อนการใช้ทั้งสองอย่าง) อีกประการหนึ่งคือให้ข้อมูลช่องว่างคะพอว่า ML หรือ MP ไม่สามารถกู้คืนการประเมินความถูกต้องของต้นไม้จริง แม้เสียงจะไม่บวกน่ารัก มันได้ส่งผลลบเมื่อวิเคราะห์ phylogenetic [85] ดังนั้น วิธีการลดเสียงรบกวนอาจให้เสริมประโยชน์เพื่อปรับปรุงรูปแบบ Indels โดยย่อ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง 1 bp indels มีทั่วไปกว่า indels ยาวในภูมิภาคที่นกไม่ใช่โค้ด [10,86], แนะนำว่า อักขระช่องว่างตาม indels สั้นอาจประกอบด้วยเสียงรบกวนมากขึ้นกว่าตามยาว indels ดังนั้น เอาของ indels สั้นมีศักยภาพในการปรับปรุงฟื้นฟู phylogeny

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.2 วิวัฒนาการของสัญญาณในตัวละครช่องว่างขึ้นอยู่กับความยาวของ indels ที่แตกต่างกัน
ข้างต้นเราอธิบายเหตุผลสองประการที่ต้นไม้ช่องว่างอาจจะได้รับการสนับสนุนเงินทุนต่ำกว่าต้นไม้เบื่อหน่าย โดยเฉพาะการสนับสนุนบูต จำกัด เราสังเกตจะสะท้อนให้เห็นถึงอัตราที่ต่ำของการสะสมสำหรับการเปลี่ยนแปลงตัวละครช่องว่างพอดีหรือรูปแบบที่ไม่ดี (หรือก็อาจสะท้อนให้เห็นถึงการรวมกันของทั้งสอง) ความเป็นไปได้ก็คือว่าข้อมูลที่ช่องว่างที่จะมีเสียงดังมากพอที่จะไม่ ML หรือ MP สามารถกู้คืนประมาณการที่แม่นยำของต้นไม้จริง แม้ว่าเสียงจะไม่ทำให้เข้าใจผิดในทางบวกก็สามารถมีผลกระทบทางลบเมื่อวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ [85] ดังนั้นวิธีการลดเสียงรบกวนอาจให้สมบูรณ์กับรูปแบบการปรับปรุงที่มีประโยชน์ indels สั้นโดยเฉพาะอย่างยิ่ง indels 1 bp จะพบได้บ่อยกว่า indels ยาวนานในภูมิภาคนกที่ไม่ได้เข้ารหัส [10,86] บอกว่าตัวละครช่องว่างขึ้นอยู่กับ indels สั้นอาจจะมีสัญญาณรบกวนมากกว่าขึ้นอยู่กับ indels ยาว ดังนั้นการกำจัดของ indels สั้นมีศักยภาพในการเพิ่มประสิทธิภาพการฟื้นฟูเชื้อชาติ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3.2 . ซึ่งสัญญาณในอักขระช่องว่างที่แตกต่างกันขึ้นอยู่กับ indels ความยาว
ข้างบน เราอธิบายสองเหตุผลช่องว่างต้นไม้อาจได้รับการสนับสนุนน้อยกว่าต้นไม้บูทเบส . โดยเฉพาะ จำกัด สนับสนุนเราสังเกตบูทอาจสะท้อนให้เห็นถึงอัตราต่ำสำหรับการเปลี่ยนแปลงลักษณะหรือรูปแบบการสะสมช่องว่างจนพอดี ( หรือมันอาจสะท้อนให้เห็นถึงการรวมกันของทั้งสอง )ความเป็นไปได้ก็คือว่าข้อมูลมีช่องว่างเพียงพอเสียงดังนั้นหรือมิลลิลิตรหรือ MP สามารถกู้การประเมินความถูกต้องของต้นไม้จริง แม้ว่าเสียงจะไม่ถอนความเข้าใจผิด มันสามารถมีผลกระทบต่อการวิเคราะห์ phylogenetic [ 85 ] ดังนั้น วิธีการลดเสียงรบกวนที่อาจช่วยเสริมประโยชน์ในการปรับปรุงรูปแบบ indels สั้น โดยเฉพาะ 1-bp indels ,บ่อยกว่าไม่ยาว indels ในสัตว์ปีกรหัสภูมิภาค [ 10,86 ] แนะนำว่า อักขระช่องว่างตาม indels สั้นอาจจะมีเสียงดังกว่านั้นขึ้นอยู่กับยาว indels . ดังนั้น เอาสั้น indels มีศักยภาพที่จะเพิ่มระบบเชื้อชาติ ซ่อมแซม