Pyrosequencing and data analysisTot

Pyrosequencing and data analysis
Total DNA was isolated from the samples using a DNASorb
kit (Interlabservice, Russia). Briefly, 60 μl of lysozyme (1
mg/ml, Sigma-Aldrich, USA) was added to a pellet of biofilm
sample followed by incubation for 1 h at 37°C. The remainder
of the DNA extraction was continued according
to the manufacturer’s instructions. Genomic DNA was amplified
using primers targeting the V1–V3 hypervariable
regions of the bacterial 16S rRNA gene. DNA pyrosequencing
was performed by ChunLab Incorporation (Seoul, Korea)
using the 454 GS Junior Sequencing System (Roche, Switzerland).
The Mothur Programme v.1.22.0 (http://www.mothur.org)
was used for primary analysis of pyrosequencing data, removal
of short and chimeric sequences, and calculation of
the ACE and Chao 1 estimators. The maximum length of
the sequences obtained was 558 nucleotides. Sequences that
were shorter than 300 nucleotides were excluded from the
analysis. Available tools from the RDP pyrosequencing pipeline
(Cole et al., 2009) were used to determine the taxonomic
composition at the 75% confidence threshold and
build rarefaction curves. For determination of operational
taxonomic units (OTUs), we defined the species (phylotypes),
genus, family, order, and phylum level at 3, 5, 10, 15, and
25% sequence divergence, respectively, according to Schloss
and Handelsman (2005).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิเคราะห์ข้อมูลและ Pyrosequencingดีเอ็นเอทั้งหมดถูกแยกต่างหากจากตัวอย่างที่ใช้เป็น DNASorbชุด (Interlabservice รัสเซีย) สั้น ๆ 60 μl ของ lysozyme (1mg/ml ซิก Aldrich สหรัฐอเมริกา) ถูกเพิ่มเข้าไปเม็ดของ biofilmตัวอย่างตามคณะทันตแพทยศาสตร์สำหรับ h 1 ที่ 37 องศาเซลเซียส ส่วนเหลือของดีเอ็นเอสกัดได้อย่างต่อเนื่องตามให้คำแนะนำของผู้ผลิต Genomic DNA ถูกขยายใช้ไพรเมอร์ที่กำหนดเป้าหมาย hypervariable V1 – V3แคว้นแบคทีเรีย 16S rRNA ยีน Pyrosequencing ดีเอ็นเอมีดำเนินการ โดยประสาน ChunLab (โซล เกาหลี)ใช้ 454 GS จูเนียร์ลำดับระบบ (Roche สวิตเซอร์แลนด์)โปรแกรม Mothur v.1.22.0 (http://www.mothur.org)ใช้สำหรับวิเคราะห์ข้อมูล pyrosequencing เอาหลักสั้น และ chimeric ลำดับ และคำนวณestimators ACE และเจ้า 1 ความยาวสูงสุดของลำดับที่ได้รับมีนิวคลีโอไทด์ที่ 558 ลำดับที่ได้สั้นกว่า 300 นิวคลีโอไทด์ถูกแยกออกจากการวิเคราะห์ เครื่องมือที่พร้อมใช้งานจาก pyrosequencing RDP(โคล et al., 2009) ใช้ในการกำหนดการอนุกรมวิธานองค์ประกอบที่ขีดจำกัดความเชื่อมั่น 75% และสร้างเส้นโค้ง rarefaction สำหรับกำหนดการดำเนินงานหน่วยอนุกรมวิธาน (OTUs), เรากำหนดสายพันธุ์ (phylotypes),สกุล ครอบครัว ใบสั่ง และไฟลัมระดับที่ 3, 5, 10, 15 และ25% ลำดับ divergence ตามลำดับ ตามลอทท์และ Handelsman (2005)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

pyrosequencing และการวิเคราะห์ข้อมูล
รวมดีเอ็นเอที่แยกได้จากตัวอย่างการใช้ DNASorb
ชุด (Interlabservice, รัสเซีย) สั้น ๆ 60 ไมโครลิตรของไลโซไซม์ (1
mg / ml, Sigma-Aldrich สหรัฐอเมริกา) ถูกบันทึกอยู่ในเม็ดของไบโอฟิล์ม
ตัวอย่างตามด้วยการบ่มเป็นเวลา 1 ชั่วโมงที่อุณหภูมิ 37 ° C ที่เหลือ
จากการสกัดดีเอ็นเอได้อย่างต่อเนื่องตาม
คำแนะนำของผู้ผลิต ดีเอ็นเอถูกขยาย
โดยใช้ไพรเมอร์ที่กำหนดเป้าหมายใน hypervariable V1-V3
ภูมิภาคของแบคทีเรีย 16S rRNA ยีน pyrosequencing ดีเอ็นเอ
ได้ดำเนินการโดย ChunLab อินคอร์ปอเรชั่น (กรุงโซลประเทศเกาหลี)
โดยใช้ 454 GS Junior ระบบลำดับ (โรชวิตเซอร์แลนด์).
โครงการ Mothur v.1.22.0 (http://www.mothur.org)
ถูกนำมาใช้สำหรับการวิเคราะห์หลักของ ข้อมูล pyrosequencing กำจัด
ของลำดับสั้นและลูกผสมและการคำนวณของ
เอซและเจ้าประมาณ 1 ความยาวสูงสุด
ลำดับที่ได้เป็น 558 นิวคลีโอ ลำดับที่
ได้สั้นกว่า 300 นิวคลีโอได้รับการยกเว้นจาก
การวิเคราะห์ เครื่องมือที่สามารถใช้ได้จากท่อ RDP pyrosequencing
(โคล et al., 2009) ถูกนำมาใช้ในการตรวจสอบการจัดหมวดหมู่
องค์ประกอบที่เกณฑ์ความเชื่อมั่น 75% และ
สร้างเส้นโค้งเจือ สำหรับความมุ่งมั่นในการดำเนินงานของ
หน่วยอนุกรมวิธาน (Otus) เรากำหนดสายพันธุ์ (phylotypes),
สกุล, ครอบครัว, การสั่งซื้อและระดับไฟลัมที่ 3, 5, 10, 15, และ
ความแตกต่างลำดับ 25% ตามลำดับตามกับปราสาท
และ Handelsman ( 2005)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ไพโรซีเควนซิงและการวิเคราะห์ข้อมูล
รวมดีเอ็นเอที่แยกได้จากตัวอย่างการใช้ dnasorb
Kit ( interlabservice , รัสเซีย ) สั้น ๆ , 60 μ L ของไลโซไซม์ ( 1
mg / mL ซิกม่า Aldrich , USA ) คือการเพิ่มเม็ดฟิล์ม
ตัวอย่างตามบ่มเป็นเวลา 1 ชั่วโมง ที่อุณหภูมิ 37 องศา ส่วนที่เหลือ
การสกัดดีเอ็นเอได้ต่อเนื่องตาม
คําแนะนําของผู้ผลิต จีโนมดีเอ็นเอ amplified
เล็งใช้ไพรเมอร์ ( V1 V3 ออก
ภูมิภาคของแบคทีเรีย 16S rRNA ยีน ดีเอ็นเอไพโรซีเควนซิง
โดยใช้ chunlab ประสาน ( โซล เกาหลี
ใช้ 454 GS Junior ระบบจัดลำดับ ( โรช , สวิตเซอร์แลนด์ )
mothur หลักสูตร v.1.22.0 ( http : / / www.mothur . org )
วิเคราะห์หลักของไพโรซีเควนซิงข้อมูลการกำจัด
ของลำดับสั้นที่และการคำนวณ
ACE และเจ้าพระยา 1 ตัวประมาณ ความยาวสูงสุดของลำดับนิวคลีโอไทด์
ได้รับมัน . ลําดับที่
สั้นกว่า 300 นิวคลีโอไทด์ถูกแยกออกจาก
การวิเคราะห์ ของเครื่องมือจาก RDP ไพโรซีเควนซิงท่อ
( โคล et al . , 2009 ) ถูกใช้เพื่อกำหนดองค์ประกอบทางอนุกรมวิธาน
ที่ 75% และความเชื่อมั่นของ rarefaction
สร้างเส้นโค้ง สำหรับการหางาน
หน่วยอนุกรมวิธาน ( ใน ) เรากำหนดชนิด ( phylotypes )
สกุล , ครอบครัว , การสั่งซื้อและไฟลัม ระดับที่ 3 , 5 , 10 , 15 และ 25 %
ลำดับความแตกต่างตามลำดับ ตามและ ปราสาท
handelsman ( 2005 )