A total of 376 distinct protein spo

A total of 376 distinct protein spots were visualised and 89 were identified by mass spectrometry. They were used to build a 2DE database which is available as Porcine Database in the University College Dublin 2D PAGE database. Most of the proteins fell into one of three groups representing structural proteins, stress response proteins or metabolic enzymes and many were found in several spots, showing that isoforms must be present.

Some interesting proteins were detected within this large group. For instance, breakdown products of myofibril structural proteins that have previously been linked to meat tenderness were detected, so they might be useful as biomarkers of pork tenderness. Peroxiredoxin, a second protein associated with tenderness, was also identified.

Within these proteins, the abundances of 20 were found to vary significantly between the three phenotypes. The changes were visualised by principal components analysis which showed clear clustering of the phenotypes using two principal components.

When the high and low drip loss phenotypes were compared, triosephosphate isomerase, creatinine kinase M-type, serum albumin and transferrin were less abundant in the high group, while β-tropomyosin was more abundant.

Three stress-related proteins were also found to be differentially expressed. One of them, stress-induced phosphoprotein, was less abundant in the high and low drip loss samples than in the intermediate one, the first time that an association with WHC has been reported.

Some myofibrillar proteins also varied in abundance between phenotypes, including titin, tropomyosin α-1 chain and β-tropomyosin. Their changes indicate rapid degradation of the cell structure following animal death.

Although this is a preliminary investigation into the WHC of pork, the results will help to decipher the molecular mechanisms involved while the new protein database will be useful for other researchers in this area. In the long-term, it may be possible to control drip loss and maintain the yields of pork meat during storage.

The samples were run again by 2D PAGE but this time on preparative gels and the protein spots were cut out for analysis by mass spectrometry. MALDI MS and MS/MS were carried out in the first instance and the peptide masses were searched against a porcine database. When spots could not be identified this way, the proteins were reanalysed by LC-tandem-MS.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผลรวมของโปรตีนทั้งหมด 376 ถูก visualised และ 89 ได้ระบุสเปกโตรเมท พวกเขาใช้ในการสร้างฐานข้อมูล 2DE ซึ่งมีช่วงฐานข้อมูลในฐานข้อมูลมหาวิทยาลัยวิทยาลัยดับลิน 2D หน้า ที่สุดของโปรตีนที่ตกเป็นกลุ่มที่ 3 แสดงโครงสร้างโปรตีน โปรตีนตอบสนองต่อความเครียด หรือเอนไซม์เผาผลาญและจำนวนมากพบในหลายจุด แสดงว่า isoforms ต้องแสดงพบโปรตีนบางอย่างที่น่าสนใจภายในกลุ่มนี้มีขนาดใหญ่ ตัวอย่าง ผลิตภัณฑ์แบ่ง myofibril โปรตีนโครงสร้างที่ได้ก่อนหน้านี้ถูกลิงค์ไปเนื้อเจ็บตรวจพบ ดังนั้นพวกเขาอาจเป็นประโยชน์เป็น biomarkers ของหมูเจ็บ นอกจากนี้ยังมีระบุ Peroxiredoxin โปรตีนสองที่เกี่ยวข้องกับเจ็บภายในเหล่านี้โปรตีน abundances 20 พบจะแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญระหว่างฟีสาม การเปลี่ยนแปลงถูก visualised โดยการวิเคราะห์ส่วนประกอบหลักซึ่งแสดงให้เห็นชัดเจนคลัสเตอร์ของฟีที่ใช้คอมโพเนนต์หลักที่สองเมื่อมีการเปรียบเทียบฟีร่วงหยดน้ำสูง และต่ำ triosephosphate ไอโซเมอเรส creatinine kinase ประเภท M, serum albumin และ transferrin ได้น้อยมากในกลุ่มสูง ขณะβ tropomyosin มีชุกชุมมากนอกจากนี้ยังพบโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับความเครียด 3 การแสดง differentially หนึ่งของพวกเขา ทำให้ เกิดความเครียด phosphoprotein ได้น้อยมากในตัวอย่างสูญเสียการหยดน้ำสูง และต่ำกว่าในระดับกลาง ครั้งแรกที่มีการรายงานการเชื่อมโยงกับ WHCโปรตีนบาง myofibrillar ยังแตกต่างกันในความอุดมสมบูรณ์ระหว่างฟี titin, tropomyosin โซ่α 1 และβ-tropomyosin เปลี่ยนแปลงระบุสลายตัวอย่างรวดเร็วของโครงสร้างของเซลล์ที่ต่อชีวิตสัตว์แม้ว่าจะตรวจสอบเบื้องต้นเป็น WHC หมู ผลลัพธ์จะช่วยให้การถอดรหัสกลไกระดับโมเลกุลที่เกี่ยวข้องในขณะที่ฐานข้อมูลใหม่ของโปรตีนจะเป็นประโยชน์สำหรับนักวิจัยอื่น ๆ ในบริเวณนี้ ในการ มันอาจสามารถควบคุมหยดขาดทุน และรักษาอัตราผลตอบแทนเนื้อหมูระหว่างการเก็บรักษาตัวอย่างถูกเรียกใช้อีก โดย 2D หน้า แต่ขณะนี้บน preparative และโปรตีนที่จุดถูกตัดออกสำหรับการวิเคราะห์ โดยรเมท MALDI MS และ MS/MS ได้ดำเนินการอินสแตนซ์แรก และฝูงเพปไทด์ถูกค้นหาจากฐานข้อมูลเป็นช่วง เมื่อจุดไม่สามารถระบุวิธีนี้ โปรตีนที่ถูก reanalysed โดย MS LC ตัวตามกันไป

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

รวมของ 376 จุดโปรตีนที่แตกต่างกันได้รับการมองเห็นและ 89 ถูกระบุมวลสาร พวกเขาถูกนำมาใช้ในการสร้างฐานข้อมูล 2DE ซึ่งสามารถใช้ได้เป็นฐานข้อมูลในสุกร University College Dublin 2D ฐานข้อมูลหน้า ส่วนใหญ่ของโปรตีนลดลงเป็นหนึ่งในสามกลุ่มที่เป็นตัวแทนของโปรตีนโครงสร้างโปรตีนตอบสนองต่อความเครียดหรือเอนไซม์การเผาผลาญอาหารและอีกหลาย ๆ ที่พบในหลายจุดแสดงให้เห็นว่าไอโซฟอร์มจะต้องนำเสนอ. บางโปรตีนที่น่าสนใจที่ตรวจพบในกลุ่มนี้มีขนาดใหญ่ ยกตัวอย่างเช่นผลิตภัณฑ์สลายของโปรตีนโครงสร้าง myofibril ที่ได้รับก่อนหน้านี้เชื่อมโยงกับเนื้อนุ่มตรวจพบดังนั้นพวกเขาอาจจะมีประโยชน์เป็น biomarkers ของความอ่อนโยนหมู peroxiredoxin ซึ่งเป็นโปรตีนที่สองที่เกี่ยวข้องกับความอ่อนโยนก็ยังระบุ. ภายในโปรตีนเหล่านี้ปริมาณ 20 พบว่ามีความแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญในการระหว่างสาม phenotypes การเปลี่ยนแปลงที่มองเห็นโดยการวิเคราะห์องค์ประกอบหลักซึ่งแสดงให้เห็นชัดเจนของการจัดกลุ่ม phenotypes ใช้สององค์ประกอบหลัก. เมื่อ phenotypes สูญเสียหยดสูงและต่ำได้รับการเปรียบเทียบ isomerase triosephosphate, รีไคเนส M-ชนิดซีรั่มอัลบูมิและ transferrin มีน้อยมากในที่สูง กลุ่มในขณะที่β-tropomyosin เป็นอีกมากมาย. สามโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับความเครียดนอกจากนี้ยังพบว่ามีการแสดงออกแตกต่างกัน หนึ่งของพวกเขา phosphoprotein ความเครียดที่เกิดขึ้นเป็นน้อยมากในหยดน้ำสูงและต่ำตัวอย่างการสูญเสียกว่าในหนึ่งกลางครั้งแรกที่สมาคมกับ WHC ได้รับรายงาน. บางโปรตีนกล้ามเนื้อแตกต่างกันนอกจากนี้ยังมีความอุดมสมบูรณ์ในระหว่าง phenotypes รวมทั้ง titin , tropomyosin α-1 โซ่และβ-tropomyosin การเปลี่ยนแปลงของพวกเขาแสดงให้เห็นการย่อยสลายอย่างรวดเร็วของโครงสร้างเซลล์ต่อไปนี้การตายของสัตว์. แม้ว่าจะเข้าสู่การตรวจสอบเบื้องต้น WHC เนื้อหมูผลที่จะช่วยในการถอดรหัสกลไกระดับโมเลกุลที่เกี่ยวข้องกับฐานข้อมูลในขณะที่โปรตีนใหม่จะเป็นประโยชน์สำหรับนักวิจัยอื่น ๆ ในพื้นที่นี้ ในระยะยาวก็อาจจะเป็นไปได้ที่จะควบคุมการสูญเสียน้ำหยดและรักษาอัตราผลตอบแทนของเนื้อหมูระหว่างการเก็บรักษา. ตัวอย่างที่ถูกเรียกใช้อีกครั้งโดยหน้า 2D แต่เวลานี้ในการเตรียมเจลและจุดโปรตีนที่ถูกตัดออกสำหรับการวิเคราะห์โดยมวลสาร . MALDI MS และ MS / MS ได้ดำเนินการในกรณีแรกและฝูงเปปไทด์ถูกค้นกับฐานข้อมูลสุกร เมื่อจุดที่ไม่สามารถระบุวิธีนี้โปรตีนถูก reanalysed โดย LC-ควบคู่-MS

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ทั้งหมด 376 จุดโปรตีนที่แตกต่างกันถูกมองเห็นและ 89 ถูกระบุโดยแมสสเปกโทรเมตรี พวกเขาถูกใช้เพื่อสร้าง 2de ฐานข้อมูลซึ่งสามารถใช้ได้เป็นจากฐานข้อมูลในวิทยาลัยมหาวิทยาลัยดับลิน 2D หน้าฐานข้อมูล ส่วนใหญ่ของโปรตีนลดลงเป็นหนึ่งในกลุ่มของโปรตีนโครงสร้างโปรตีนหรือเอนไซม์สลายความเครียดการตอบสนองและหลายพบหลายจุดแสดงว่าต้องเสนอต่อ

บางโปรตีนที่น่าสนใจที่ถูกตรวจพบในกลุ่มใหญ่นี้ ตัวอย่าง รายละเอียดผลิตภัณฑ์ของโปรตีนไมโอไฟบริลโครงสร้างที่ได้รับก่อนหน้านี้เชื่อมโยงกับเนื้อนุ่มที่ถูกตรวจพบ ดังนั้นพวกเขาอาจจะมีประโยชน์เป็นใหม่ของความอ่อนโยนหมู peroxiredoxin , สองโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับพิศวาส ยังระบุ .

ภายในโปรตีนเหล่านี้ abundances 20 พบว่าแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญระหว่างสามเกิด . การเปลี่ยนแปลงที่ถูกมองเห็นโดยส่วนประกอบหลักการวิเคราะห์ซึ่งแสดงให้เห็นชัดเจนในการจัดกลุ่มของฟีโนไทป์ที่ใช้องค์ประกอบหลักสอง

เมื่อสูงและเกิดการสูญเสียน้ำต่ำโดยเปรียบเทียบกับ triosephosphate ไอโซเมอเรสพบว่าประเภท ครี ,อัลบูมินในซีรัมและทรานสเฟอรินมีดาษดื่นน้อยกว่าในกลุ่มสูง ในขณะที่บีตา - โทรโปมัยโอซินได้มากขึ้น

สามเครียดโปรตีนพบจะแสดงออกแตกต่างกัน . หนึ่งของพวกเขา stress-induced ฟอสโฟโปรตีน , มากน้อยกว่าในสูงและตัวอย่างการสูญเสียต่ำกว่าในระดับหนึ่ง ครั้งแรกที่สมาคมกับ SPM ได้รับรายงาน

มีโปรตีน พบยังที่หลากหลายมากมายระหว่างฟีโนไทป์รวมทั้งไตตินโทรโปไมโอซิน , แอลฟา 1 โซ่ และบีตา - โทรโปมัยโอซิน . การเปลี่ยนแปลงของพวกเขาบ่งชี้การเสื่อมสภาพของโครงสร้างเซลล์อย่างรวดเร็วต่อไปนี้การตายของสัตว์

ถึงแม้ว่านี้คือการสำรวจเบื้องต้นในการอุ้มน้ำของหมูผลลัพธ์ที่ได้จะช่วยถอดรหัสของกลไกระดับโมเลกุลที่เกี่ยวข้องในขณะที่ฐานข้อมูลโปรตีนใหม่นี้จะเป็นประโยชน์สำหรับนักวิจัยอื่น ๆในพื้นที่นี้ ในระยะยาว , มันอาจเป็นไปได้เพื่อควบคุมการสูญเสียและรักษาผลผลิตหมู

ระหว่างการเก็บรักษาตัวอย่างที่เรียกใช้อีกครั้งโดย 2D หน้า แต่เวลานี้เตรียมเจลและโปรตีนจุดที่ถูกตัดออกสำหรับการวิเคราะห์โดยแมสสเปกโทรเมตรี มา ดิ MS และ MS / MS พบว่าในกรณีแรก และเปปไทด์ มวลชนถูกตรวจค้นกับฐานข้อมูลจาก . เมื่อจุดที่ไม่สามารถระบุวิธีนี้ คือ reanalysed lc-tandem-ms. โปรตีนโดย