Phylogeny estimationGenbank accessi

Phylogeny estimation
Genbank accessions for five gene regions (ITS, rbcL, matK, ndhF,
trnL-F) were retrieved for the species in the feedback experiments
and individually aligned using MAFFT (v.7.205) with the l-ins-i
algorithm (Katoh & Standley, 2013). Alignments were concatenated
into a supermatrix and maximum-likelihood based estimation
of the phylogeny performed using RAxML (v.7.0.4),
optimized for each gene region under the GTR-GAMMA
substitution model (Stamatakis, 2006). We restricted our search
by using a constraint tree built from systematic treatments of the
recognized tribes, families, orders and higher-level clades of the
species in our study (Wojciechowski et al., 2006; Potter et al., 2007;
Panero & Funk, 2008; Couvreur et al., 2010; Bendiksby et al.,
2011; Soltis et al., 2011; Grass Phylogeny Working Group II,

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การประมาณค่าเชื้อชาติ
สาย Genbank สำหรับห้าภูมิภาคยีน (ITS, rbcL, MATK, ndhF,
trnL-F) ถูกดึงสายพันธุ์ในการทดลองการตอบรับ
และรายบุคคลชิดโดยใช้ MAFFT (v.7.205) กับ L-ins ฉัน
อัลกอริทึม (Katoh และ Standley, 2013) การจัดแนวที่ถูกตัดแบ่ง
เป็น supermatrix และโอกาสสูงสุดตามการประมาณค่า
ของเชื้อชาติดำเนินการโดยใช้ RAxML (v.7.0.4)
เหมาะสำหรับแต่ละภูมิภาคยีนภายใต้ GTR-แกมมา
แบบทดแทน (Stamatakis 2006) เรา จำกัด การค้นหาของเรา
โดยใช้ต้นไม้ จำกัด สร้างขึ้นจากการรักษาระบบของ
ชนเผ่าได้รับการยอมรับ, ครอบครัว, การสั่งซื้อและ clades ระดับสูงของ
สายพันธุ์ในการศึกษาของเรา (Wojciechowski et al, 2006;. พอตเตอร์และคณะ, 2007;.
Panero & ฉุน 2008; รับเหมามุงหลังคา, et al, 2010;.. Bendiksby, et al,
2011;. Soltis et al, 2011; หญ้าเชื้อชาติ Working Group ครั้งที่สอง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ตัวอย่างขนาดประมาณ
ระบบเชื้อชาติห้ายีนภูมิภาค ( rbcl matk ndhf , , , ,
trnl-f ) ถูกเรียกชนิดในการทดลองและข้อเสนอแนะจากการใช้ mafft
ชิด ( v.7.205 ) ด้วยขั้นตอนวิธี l-ins-i
( katoh & Standley 2013 ) การได้มาเป็น supermatrix

และการประเมินตามความน่าจะเป็นสูงสุดของระบบเชื้อชาติการใช้ raxml (
v.7.0.4 )เหมาะสำหรับแต่ละยีนภูมิภาคภายใต้การ gtr-gamma
แบบ ( stamatakis , 2006 ) เราจำกัดการค้นหาของเรา โดยใช้ข้อจำกัด
ต้นไม้ที่สร้างขึ้นจากระบบการรักษาของ
ยอมรับชนเผ่า , ครอบครัว , การสั่งซื้อและ clades ระดับของ
ชนิดในการศึกษาของเรา ( wojciechowski et al . , 2006 ; พอตเตอร์ et al . , 2007 ;
panero & Funk , 2008 ; ดิกซ์ คูเรอร์ et al . , 2010 ; bendiksby และ al . ,
2011 ;soltis et al . , 2011 ; หญ้าระบบเชื้อชาติกลุ่ม 2