AbstractConcatenated SSU (18S) and

Abstract
Concatenated SSU (18S) and partial LSU (28S) sequences (∼2 kb) from 12 ingroup taxa, comprising 2 phoronids, 2 members of each of the craniid, discinid, and lingulid inarticulate brachiopod lineages, and 4 rhynchonellate, articulate brachiopods (2 rhynchonellides, 1 terebratulide and 1 terebratellide) were aligned with homologous sequences from 6 protostome, deuterostome and sponge outgroups (3964 sites). Regions of potentially ambiguous alignment were removed, and the resulting data (3275 sites, of which 377 were parsimony-informative and 635 variable) were analysed by parsimony, and by maximum and Bayesian likelihood using objectively selected models. There was no base composition heterogeneity. Relative rate tests led to the exclusion (from most analyses) of the more distant outgroups, with retention of the closer pectinid and polyplacophoran (chiton). Parsimony and likelihood bootstrap and Bayesian clade support values were generally high, but only likelihood analyses recovered all brachiopod indicator clades designated a priori. All analyses confirmed the monophyly of (brachiopods+phoronids) and identified phoronids as the sister-group of the three inarticulate brachiopod lineages. Consequently, a revised Linnean classification is proposed in which the subphylum Linguliformea comprises three classes: Lingulata, ‘Phoronata’ (the phoronids), and ‘Craniata’ (the current subphylum Craniiformea). Divergence times of all nodes were estimated by regression from node depths in non-parametrically rate-smoothed and other chronograms, calibrated against palaeontological data, with probable errors not less than 50 My. Only three predicted brachiopod divergence times disagree with palaeontological ages by more than the probable error, and a reasonable explanation exists for at least two. Pruning long-branched ingroups made scant difference to predicted divergence time estimates. The palaeontological age calibration and the existence of Lower Cambrian fossils of both main brachiopod clades together indicate that initial genetic divergence between brachiopod and molluscan (chiton) lineages occurred well before the Lower Cambrian, suggesting that much divergence between metazoan phyla took place in the Proterozoic.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อต่อ SSU (18 ปี) และลำดับ LSU (28S) บางส่วน (∼2 kb) จากแท็กซ่า ingroup 12 ประกอบด้วย 2 phoronids สมาชิกของแต่ละ craniid, discinid และ lingulid inarticulate แบรคิโอพอดชาติ และ 4 rhynchonellate ประกบ brachiopods (rhynchonellides 2, 1 terebratulide และ 1 terebratellide) สอดคล้องกับลำดับเซทจะมีโครโมโซมจาก 6 protostome, deuterostome และฟองน้ำ outgroups (ไซต์ 3964) ภูมิภาคจัดชัดเจนอาจถูกเอา ออก และข้อมูลผลลัพธ์ (3275 ไซต์ ที่ 377 มีตัวแปร ข้อมูล parsimony และ 635) ได้วิเคราะห์ โดย parsimony และสูงสุดและทฤษฎีโอกาส ใช้บริษัทฯ เลือกรุ่น มี heterogeneity ไม่มีองค์ประกอบพื้นฐาน อัตราสัมพัทธ์ทดสอบนำไปยกเว้น (จากการวิเคราะห์ส่วนใหญ่) ไกลกว่า outgroups มีการเก็บรักษาของ pectinid และ polyplacophoran (chiton) ใกล้ Parsimony และโอกาสเริ่มต้นระบบ และทฤษฎี clade สนับสนุนค่าสูงทั่วไป แต่เพียงวิเคราะห์โอกาสกู้คืนทั้งหมดบ่งชี้แบรคิโอพอด clades กำหนดนิรนัย การวิเคราะห์ทั้งหมดยืนยัน monophyly (brachiopods + phoronids) และระบุ phoronids เป็นกลุ่มน้องชาติสามของแบรคิโอพอด inarticulate ดังนั้น ประเภท Linnean ปรับปรุงเสนอไฟลัมย่อย Linguliformea ประกอบไปด้วยสามชั้นเรียน: Lingulata, 'Phoronata' (phoronids), และ 'Craniata' (ที่ปัจจุบันไฟลัมย่อย Craniiformea) เวลา divergence ของโหนทั้งหมดได้ถูกประเมิน โดยถดถอยจากโหนลึกใน chronograms ไม่ใช่ parametrically โค้งอัตรา และอื่น ๆ เทียบกับ palaeontological ข้อมูล ข้อผิดพลาดน่าจะไม่น้อยกว่า 50 ของฉัน สามเท่าคาดการณ์แบรคิโอพอด divergence ครั้งไม่เห็น ด้วย palaeontological ยุค โดยมากกว่าผิดพลาดน่าจะ และคำอธิบายที่สมเหตุสมผลอยู่อย่างน้อยสอง ตัดแต่งกิ่ง ingroups branched ยาวทำให้ความแตกต่างเพียงการ divergence คาดการณ์เวลาประมาณ เทียบอายุ palaeontological และอยู่ต่ำกว่ายุคแคมเบรียนดึกดำบรรพ์ของทั้งสองแบรคิโอพอด clades หลักร่วมกันระบุว่า divergence พันธุกรรมเริ่มต้นระหว่างแบรคิโอพอดและ molluscan (chiton) ชาติที่เกิดขึ้นก่อนที่ต่ำกว่ายุคแคมเบรียน แนะนำว่า divergence มากระหว่างอาณาจักร metazoan เอาสถานที่ในการ Proterozoic

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อ
ทักทายซุ (18S) และบางส่วน LSU (28S) ลำดับ (~2 KB) จาก 12 กลุ่มภายในแท็กซ่าประกอบด้วย 2 phoronids, 2 สมาชิกของแต่ละ craniid, discinid และ lingulid lineages brachiopod เก่งและ 4 rhynchonellate, brachiopods ปล้อง ( 2 rhynchonellides 1 terebratulide และ 1 terebratellide) มีความสอดคล้องกับลำดับความคล้ายคลึงกันตั้งแต่ 6 protostome, deuterostome และฟองน้ำ outgroups (3964 เว็บไซต์) ภูมิภาคของการจัดตำแหน่งมีความหมายกำกวมถูกถอดออกและข้อมูลที่ส่งผล (3275 เว็บไซต์ที่มีความประหยัด 377-ข้อมูลและตัวแปร 635) ได้รับการวิเคราะห์โดยประหยัดและสูงสุดและความน่าจะเป็นแบบเบย์โดยใช้แบบจำลองที่เลือกอคติ ไม่มีฐานองค์ประกอบความแตกต่างคือ การทดสอบอัตราญาติจะนำไปสู่การยกเว้น (จากการวิเคราะห์ส่วนใหญ่) ของ outgroups ที่ห่างไกลมากขึ้นด้วยการเก็บรักษาของ pectinid ใกล้ชิดและ polyplacophoran (Chiton) ประหยัดและโอกาสในการหาเงินทุนและการสนับสนุน clade คชกรรมค่าอยู่ในระดับสูงโดยทั่วไป แต่โอกาสในการวิเคราะห์ทุกคืน clades ตัวบ่งชี้ brachiopod กำหนดเบื้องต้น การวิเคราะห์ทั้งหมดได้รับการยืนยัน monophyly ของ (brachiopods + phoronids) และ phoronids ระบุว่าเป็นน้องสาวของกลุ่มสามเก่ง lineages brachiopod เพราะฉะนั้นลินเนียนจำแนกปรับปรุงมีการเสนอในที่ที่ Linguliformea ​​subphylum ประกอบด้วยสามชั้นเรียน: lingulata 'Phoronata' (หมายถึง phoronids) และ 'Craniata' (หมายถึง subphylum ปัจจุบัน Craniiformea) ครั้งความแตกต่างของโหนดทั้งหมดได้รับการประเมินโดยการถดถอยจากส่วนลึกในโหนดที่ไม่ใช่ parametrically อัตราเรียบและอื่น ๆ ที่ chronograms เทียบกับข้อมูล palaeontological มีข้อผิดพลาดน่าจะไม่น้อยกว่า 50 ของฉัน เพียงสามทำนาย brachiopod ครั้งความแตกต่างไม่เห็นด้วยกับทุกเพศทุกวัย palaeontological มากกว่าน่าจะเป็นข้อผิดพลาดและคำอธิบายที่เหมาะสมมีอยู่อย่างน้อยสอง การตัดแต่งกิ่งกลุ่มภายในยาวกิ่งสร้างความแตกต่างเพียงการคาดการณ์ประมาณการเวลาที่แตกต่าง สอบเทียบอายุ palaeontological และการดำรงอยู่ของฟอสซิลล่าง Cambrian ของทั้งสอง clades brachiopod หลักร่วมกันแสดงให้เห็นว่าความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างเริ่มต้น brachiopod และหอย (Chiton) lineages เกิดขึ้นก่อนที่จะมีตอนล่าง Cambrian บอกว่าแตกต่างกันมากระหว่าง phyla metazoan เกิดขึ้นใน Proterozoic