in triplicate according to the manu

in triplicate according to the manufacturer’s instructions.
DNA G+C content determination was carried out according
to Mesbah et al. (1989). Sequences of the 16S rRNA
genes of the isolates were determined using primers 27F (59-
GAGTTTGATCCTGGCTCAG-39; Escherichia coli positions
8–27) and 1525R (59-AGAAAGGAGGTGATCCAGCC-39;
positions 1525–1545) (Lane et al., 1985). The rpoA and pheS
gene sequences for strain Mizu2-1T were amplified by PCR
with primers rpoA-21F (59-ATGATYGARTTTGAAAAACC-
39) and rpoA-23R (59-ACHGTRTTRATDCCDGCRCG-
39) and pheS-21F (59-CAYCCNGCHCGYGAYATGC-39)
and pheS-23-R (59-GGRTGRACCATVCCNGCHCC-39),
respectively (Naser et al., 2005; Chao et al., 2010).
The closest relatives of the isolates were determined by
performing a database search and the sequences of the
most closely related strains were retrieved from the NCBI
database. Multiple alignments of the sequences were
carried out using the program CLUSTAL_X, version 2.0
(Thompson et al., 1997). Distance matrices for the aligned
sequences were calculated using the two-parameter
method of Kimura (1980). The neighbour-joining
method (Saitou & Nei, 1987) was used to construct a
phylogenetic tree. The robustness of individual branches
was estimated by bootstrapping with 1000 replicates
(Felsenstein, 1985). Phylogenetic trees were also constructed
using the maximum-likelihood (Cavalli-Sforza &
Edwards, 1967) and maximum-parsimony (Kluge &
Farris, 1969) methods by using PHYLIP version 3.65
(Felsenstein, 2005). The 16S rRNA gene sequences of
the isolates were compared, and the sequence of Mizu2-
1T was used to search for sequence similarities within the

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ใน triplicate ตามคำแนะนำของผู้ผลิตกำหนดเนื้อหาของ G + C ดีเอ็นเอได้ดำเนินการตามการ Mesbah et al. (1989) ลำดับของ 16S rRNAยีนของแยกถูกกำหนดโดยใช้ไพรเมอร์ 27F (59-GAGTTTGATCCTGGCTCAG-39 Escherichia coli ตำแหน่ง8 – 27) และ 1525R (59-AGAAAGGAGGTGATCCAGCC-39ตำแหน่งกลึง – 1545) (เลนและ al., 1985) RpoA และ pheSลำดับยีนในต้องใช้ Mizu2-1T ถูกขยาย ด้วย PCRมีไพรเมอร์ rpoA-21F (59 - ATGATYGARTTTGAAAAACC-39) และ rpoA-23R (59 - ACHGTRTTRATDCCDGCRCG-39) และ pheS 21F (59-CAYCCNGCHCGYGAYATGC-39)และ pheS-23-R (59-GGRTGRACCATVCCNGCHCC-39),ตามลำดับ (ศิร et al., 2005 เจ้า et al., 2010)ญาติใกล้ชิดของการแยกได้ตามทำการค้นหาฐานข้อมูลและลำดับของการสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดมากที่สุดถูกเรียกใช้จาก NCBIฐานข้อมูล จัดแนวหลายลำดับได้ดำเนินการโดยใช้โปรแกรม CLUSTAL_X เวอร์ชัน 2.0(ทอมป์สันและ al., 1997) เมทริกซ์ระยะทางสำหรับการจัดตำแหน่งมีคำนวณโดยใช้พารามิเตอร์สองลำดับวิธีของคิมุระโย (1980) เพื่อนบ้านรวมวิธี (Saitou และ Nei, 1987) ถูกใช้เพื่อสร้างความphylogenetic tree เสถียรภาพของแต่ละสาขาถูกประเมิน โดย bootstrapping ด้วยเหมือนกับ 1000(Felsenstein, 1985) นอกจากนี้ยังได้สร้างต้นไม้ phylogeneticใช้โอกาสสูงสุด (Cavalli สฟอร์ซาและเอ็ดเวิร์ด 1967) และสูงสุด parsimony (Kluge &Farris, 1969) วิธี โดยการใช้ PHYLIP รุ่น 3.65(Felsenstein, 2005) ลำดับ 16S rRNA การยีนของแยกถูกเปรียบเทียบ และลำดับของ Mizu2 -ใช้ 1T เพื่อค้นหาความเหมือนของลำดับภายใน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ในเพิ่มขึ้นสามเท่าตามคำแนะนำของผู้ผลิต.
ดีเอ็นเอ G + C
การกำหนดเนื้อหาได้ดำเนินการตามที่จะMesbah et al, (1989) ลำดับของ 16S rRNA
ยีนของเชื้อที่ถูกกำหนดโดยใช้ไพรเมอร์ 27 (59-
GAGTTTGATCCTGGCTCAG-39; Escherichia coli ตำแหน่ง
27/08) และ 1525R (59 AGAAAGGAGGTGATCCAGCC-39;
ตำแหน่ง 1525-1545) (. เลน, et al, 1985) . rpoA และ pheS
ลำดับยีนสำหรับสายพันธุ์ Mizu2-1T ถูกขยายโดยวิธี PCR
ด้วยไพรเมอร์ rpoA-21F (59 ATGATYGARTTTGAAAAACC-
39) และ rpoA-23R (59 ACHGTRTTRATDCCDGCRCG-
39) และ pheS-21F (59 CAYCCNGCHCGYGAYATGC-39)
และ pheS-23-R (59 GGRTGRACCATVCCNGCHCC-39)
ตามลำดับ (เนเซอร์ et al, 2005;.. เจ้า et al, 2010). ญาติใกล้เคียงที่สุดของสายพันธุ์ที่ถูกกำหนดโดยการดำเนินการค้นหาฐานข้อมูลและลำดับของที่ใกล้ชิดที่สุดสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องกับการถูกดึงจาก NCBI ฐานข้อมูล การจัดแนวหลายลำดับที่ถูกดำเนินการโดยใช้โปรแกรม CLUSTAL_X รุ่น 2.0 (ธ อมป์สัน et al., 1997) การฝึกอบรมระยะทางสำหรับชิดลำดับจะถูกคำนวณโดยใช้พารามิเตอร์สองวิธีการของคิมูระ(1980) เพื่อนบ้านเข้าสู่วิธีการ (Saitou และ Nei, 1987) ถูกใช้ในการสร้างต้นไม้สายวิวัฒนาการ ความทนทานของสาขาบุคคลที่ได้รับการประเมินโดยร่วมมือกับ 1000 ซ้ำ (Felsenstein, 1985) ต้นไม้ที่ถูกสร้างขึ้นยังใช้โอกาสสูงสุด(Cavalli-ฟอร์ซาและเอ็ดเวิร์ดส์, 1967) และสูงสุดประหยัด (Kluge & Farris, 1969) โดยใช้วิธีรุ่น PHYLIP 3.65 (Felsenstein 2005) 16S rRNA ลำดับยีนของเชื้อถูกนำมาเปรียบเทียบและลำดับของMizu2- 1T ถูกใช้ในการค้นหาความคล้ายคลึงกันตามลำดับภายใน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ทั้งสามใบ ตามคำแนะนำของผู้ผลิต
ดีเอ็นเอ G C เนื้อหาการดําเนินตาม
เพื่อ mesbah et al . ( 1989 ) ลำดับของ 16S rRNA ยีนของเชื้อ
ซึ่งใช้ไพรเมอร์ 27f ( 59 -
gagtttgatcctggctcag-39 ; Escherichia coli ตำแหน่ง
8 27 – ) และ 1525r ( 59-agaaaggaggtgatccagcc-39 ;
ตำแหน่งเดือน ( การผลิต ) ( เลน et al . , 1985 ) การ rpoa เยื่อ
และยีน ลำดับสำหรับ mizu2-1t สายพันธุ์ถูกขยายโดยวิธี PCR กับไพรเมอร์ ( 59-atgatygartttgaaaaacc rpoa-21f
-
39 ) และ rpoa-23r ( 59-achgtrttratdccdgcrcg -
39 ) และ phes-21f ( 59-cayccngchcgygayatgc-39 )

และ phes-23-r ( 59-ggrtgraccatvccngchcc-39 ) ตามลำดับ ( Naser et al . , 2005 ; เจ้า et al . , 2010 ) .
ความใกล้เคียงของไอโซเลท ถูกกำหนดโดย
การค้นหาฐานข้อมูลและลำดับของ
อย่างใกล้ชิดมากที่สุดที่เกี่ยวข้อง ncbi
สายพันธุ์ ดึงข้อมูลจากฐานข้อมูล การจัดแนวของหลายลำดับถูก
โดยใช้โปรแกรม clustal_x รุ่น 2.0
( Thompson et al . , 1997 ) ระยะทางที่เมทริกซ์สำหรับชิด
ลำดับได้ใช้สองพารามิเตอร์
วิธี คิมูระ ( 1980 ) เพื่อนบ้านร่วม
วิธี&เน่ย ( ไซโตะ ,1987 ) ถูกใช้เพื่อสร้าง
phylogenetic ต้นไม้ . ความทนทานของแต่ละกิ่ง
ประมาณ 1000 ซ้ำ bootstrapping
( felsenstein , 1985 ) ต้นไม้ ซึ่งก็สร้าง
โดยใช้ความน่าจะเป็นสูงสุด ( Cavalli สฟอร์ซา&
Edwards , 1967 ) และความตระหนี่สูงสุด ( ครุก&
ฟาร์ริส , 1969 ) วิธีการที่ใช้ phylip รุ่น 3.65
( felsenstein , 2005 )ส่วนเบส 16S rRNA ลำดับยีนของเชื้อ
เปรียบเทียบและลำดับของ mizu2 -
1t ถูกใช้เพื่อค้นหาความเหมือนกันในลำดับ