โรงเรียนพีระยานาวินคลองหินวิทยา หรือ ปอเนาะบาโงจืองา เดิมชื่อว่า โรงเรียนคลองหินอิสลามวิทยา เป็นโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลาม ตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ.2512 มีชาวบ้านร่วมกันสร้าง โดยมีโต๊ะครูหะยี ดอเลาะ อาบูบากา เป็นผู้บริหาร โรงเรียนมีเนื้อที่ 12 ไร่ 3 งาน 32 ตารางวา ตั้งอยู่หมู่ที่ 2 ต.ปากล่อ
อ.โคกโพธิ์ จ.ปัตตานี ได้จดทะเบียนถูกต้องตามกฎหมาย เป็นโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลาม สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน ใบอนุญาตเลขที่ 124 / 2513 โดยได้จัดการเรียนการสอนวิชาศาสนาอิสลาม วิชาอัล-กุรอาน และกีตาบ หลังละหมาด มีนักเรียนขณะนั้น 20 คน มีครู 2 คน
ปี 2523 เปิดหลักสูตรการศึกษาสามัญระดับ 3 และ 4 ควบคู่วิชาศาสนา
ปี 2525 หยุดทำการสอนหลักสูตรการศึกษาสามัญระดับ 3 และ 4 ชั่วคราว
ปี 2526 รับผู้สูงอายุหรือคนชราเข้าเรียนศาสนา
ปี 2539 ศูนย์บริการการศึกษานอกโรงเรียนอำเภอโคกโพธิ์ สนับสนุนการศึกษาสายสามัญ การศึกษาตามอัธยาศัย และการศึกษาสายอาชีพให้กับโรงเรียน .
ปี 2543 โรงเรียนได้รับการคัดเลือกจากสำนักราชวังเข้าเป็นโรงเรียนในโครงการตามพระราชดำริ ในสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี
ปี 2544 (วันที่ 21 พฤศจิกายน 2544) สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินทรงเยี่ยมโรงเรียน
ปี 2545 ทางโรงเรียนได้รับอนุญาตเปิดหลักสูตรสายสามัญระดับมัธยมศึกษาตอนต้น
ปี 2547 ได้รับความอนุเคราะห์จาก ศาสตราจารย์ ดร.อุกฤษ มงคลนาวิน ประธานกรรมการบริหารพีระยานุเคราะห์มูลนิธิ ในพระบรมราชูปถัมภ์ สมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี สนับสนุนค่าตอบแทนครู
ปี 2548 ได้รับอนุญาตเปิดสอนหลักสูตรสามัญระดับช่วงชั้นที่ 4 (ม.4-6) , หลักสูตรอิสลามศึกษาช่วงชั้นที่ 3-4 (มูตาวาซิต-ซานาวี), และ เปิดสอนระดับปฐมวัย รับนักเรียนอายุ 2-4 ขวบ โดยพีระยานุเคราะห์มูลนิธิ สนับสนุนค่าใช้จ่ายและเปลี่ยนชื่อโรงเรียนเป็น “พีระยานาวิน คลองหินวิทยา”
ปี 2549
- ได้โอนโรงเรียนให้อยู่ในความดูแลของมูลนิธิเพื่อการศึกษาคลองหินวิทยา มีนายมูฮัมมาดอัสมี อาบูบากา เป็นผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาต และผู้จัดการ
- กระทรวงศึกษาธิการ สนับสนุน อาคารเรียน 3 ชั้น 8 ห้องเรียนสำหรับนักเรียนมัธยม จำนวน 1 หลัง ,อาคารหอพัก 1 ชั้น 1 หลัง และอาคารเรียน 1 ชั้น 3 ห้องเรียน จำนวน 1 หลัง สำหรับเด็กปฐมวัย
ปี 2550 ทางโรงเรียนได้แต่งตั้งนายมูฮัมมาดอัสมี อาบูบากา เป็นผู้อำนวยการโรงเรียนตาม พรบ.โรงเรียนเอกชน 2550
ได้รับอนุญาตจากกระทรวงศึกษาธิการ เปิดสอนในระดับปฐมวัย และระดับประถมศึกษา
ปี 2551 โรงเรียนได้ปรับปรุงหลักสูตรสถานศึกษาโดยใช้หลักสูตรสถานศึกษาแบบบูรณาการระหว่างหลักสูตรสายสามัญกับหลักสูตรศาสนาเป็นปีแรก
ปี 2552
- โรงเรียนได้รับการคัดเลือกจากกระทรวงศึกษาธิการ เป็นโรงเรียนดีเด่นขนาดเล็ก รับรางวัล โรงเรียนรางวัลพระราชทาน ประจำปีการศึกษา 2552
- โรงเรียนผ่านการประเมินภายนอกรอบที่สอง ระดับ การศึกษาปฐมวัย จากสำนักงานรับรองมาตรฐานการศึกษา
- โรงเรียนได้รับรางวัล โรงเรียนรางวัลผู้นำแห่งการเปลี่ยนแปลงจากสำนักบริหารยุทธ์ศาสตร์และบูรณาการการศึกษาที่ 12 ยะลา