AbstractIn conventional small rumin

Abstract

In conventional small ruminant breeding programs, only pedigree and phenotype records are used to make selection decisions but prospects of including genomic information are now under consideration. The objective of this study was to assess the potential benefits of genomic selection on the genetic gain in French sheep and goat breeding designs of today. Traditional and genomic scenarios were modeled with deterministic methods for 3 breeding programs. The models included decisional variables related to male selection candidates, progeny testing capacity, and economic weights that were optimized to maximize annual genetic gain (AGG) of i) a meat sheep breeding program that improved a meat trait of heritability (h2) = 0.30 and a maternal trait of h2 = 0.09 and ii) dairy sheep and goat breeding programs that improved a milk trait of h2 = 0.30. Values of ±0.20 of genetic correlation between meat and maternal traits were considered to study their effects on AGG. The Bulmer effect was accounted for and the results presented here are the averages of AGG after 10 generations of selection. Results showed that current traditional breeding programs provide an AGG of 0.095 genetic standard deviation (σa) for meat and 0.061 σa for maternal trait in meat breed and 0.147 σa and 0.120 σa in sheep and goat dairy breeds, respectively. By optimizing decisional variables, the AGG with traditional selection methods increased to 0.139 σa for meat and 0.096 σa for maternal traits in meat breeding programs and to 0.174 σa and 0.183 σa in dairy sheep and goat breeding programs, respectively. With a medium-sized reference population (nref) of 2,000 individuals, the best genomic scenarios gave an AGG that was 17.9% greater than with traditional selection methods with optimized values of decisional variables for combined meat and maternal traits in meat sheep, 51.7% in dairy sheep, and 26.2% in dairy goats. The superiority of genomic schemes increased with the size of the reference population and genomic selection gave the best results when nref > 1,000 individuals for dairy breeds and nref > 2,000 individuals for meat breed. Genetic correlation between meat and maternal traits had a large impact on the genetic gain of both traits. Changes in AGG due to correlation were greatest for low heritable maternal traits. As a general rule, AGG was increased both by optimizing selection designs and including genomic information.

Key words:
breeding programs deterministic simulation genetic gain genomic selection small ruminants

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

นามธรรม

ปกติเล็ก ruminant พันธุ์โปรแกรม เฉพาะระเบียนเลือดและ phenotype จะใช้ในการเลือกตัดสินใจ แต่แนวโน้มของข้อมูล genomic ขณะนี้อยู่ระหว่างการพิจารณา วัตถุประสงค์ของการศึกษานี้จะทรงเลือก genomic บนกำไรทางพันธุกรรมในฝรั่งเศสแกะและแพะพันธุ์การออกแบบของวันนี้เป็นไปได้ สถานการณ์แบบดั้งเดิม และ genomic ถูกจำลอง ด้วยวิธี deterministic 3 โปรแกรมการผสมพันธุ์ แบบจำลองรวม decisional ตัวแปรที่เกี่ยวข้องกับผู้สมัครเลือกชาย ลูกหลานที่ทดสอบกำลังการผลิต และน้ำหนักเศรษฐกิจที่ถูกปรับให้เหมาะสมเพื่อขยายพันธุกรรมประจำปีได้ (AGG) ของฉัน) โปรแกรมปรับปรุงพันธุ์แกะเนื้อที่ขึ้นติดกับเนื้อของ heritability (h2) = 030 และติดแม่ของ h2 = 0.09 และ ii) จากนมแกะและแพะพันธุ์โปรแกรมที่ปรับปรุงติดนมของ h2 = 0.30 ค่าของ ±0.20 ของความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมระหว่างเนื้อและลักษณะแม่ได้พิจารณาศึกษาผล AGG ผล Bulmer ถูกคิด และผลลัพธ์ที่แสดงเป็นค่าเฉลี่ยของ AGG หลังจากเลือกรุ่น 10 ผลพบว่า ปัจจุบันโปรแกรมปรับปรุงพันธุ์แบบดั้งเดิมให้เป็น AGG 0.095 พันธุกรรมส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐาน (σa) สำหรับเนื้อและ σa 0.061 สำหรับติดแม่ในสายพันธุ์เนื้อ และ 0.147 σa และ σa 0.120 ในแกะและแพะนมสายพันธุ์ ตามลำดับ โดยปรับตัวแปร decisional, AGG วิธีเลือกดั้งเดิมเพิ่มขึ้น σa 0.139 สำหรับเนื้อและ 0096 σa สำหรับแม่ลักษณะ ในเนื้อพันธุ์โปรแกรม และ 0.174 σa และ σa 0.183 นมแกะและแพะพันธุ์โปรแกรม ตามลำดับ มีการอ้างอิงขนาดกลางประชากร (nref) บุคคล 2000 สถานการณ์ genomic ส่วนให้ AGG ที่ 179% มากกว่าวิธีดั้งเดิมเลือกด้วยค่าของตัวแปร decisional ให้เหมาะสำหรับลักษณะแม่ในเนื้อแกะและเนื้อรวม 51.7% ในนมแกะ และ 26.2% ในนมแพะ ปมของ genomic ร่างเพิ่มขึ้น ด้วยขนาดของประชากรอ้างอิง และเลือก genomic ให้ผลดีสุดเมื่อบุคคล nref > 1000 สายพันธุ์โคนมและ nref > 2บุคคล 000 สำหรับสายพันธุ์เนื้อ ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมระหว่างเนื้อและลักษณะแม่มีกระทบต่อกำไรทางพันธุกรรมของลักษณะทั้งสอง การเปลี่ยนแปลงใน AGG ความสัมพันธ์ในลักษณะแม่ heritable ต่ำสุดได้ เป็นกฎทั่วไป AGG เพิ่มขึ้นทั้ง โดยการเพิ่มประสิทธิภาพการออกแบบการเลือก และรวมข้อมูล genomic.

คำสำคัญ:
พันธุ์โปรแกรมจำลองพันธุ deterministic เพื่อเลือก genomic ruminants เล็ก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

นามธรรม

ในระบบการผลิตสัตว์เคี้ยวเอื้องขนาดเล็กพันธุ์โปรแกรมสายเลือดเท่านั้น และบันทึกการใช้ในการตัดสินใจเลือกแต่ลูกค้ารวมทั้งข้อมูลจีโนม ขณะนี้อยู่ระหว่างการพิจารณา วัตถุประสงค์ของการศึกษานี้เพื่อประเมินศักยภาพของการสร้างในทางพันธุกรรมได้แกะเลี้ยงแพะในฝรั่งเศส และการออกแบบของวันนี้แบบดั้งเดิมและแบบสถานการณ์ที่เป็นพันธุกรรมด้วยวิธีเชิงกำหนด 3 การปรับปรุงโปรแกรม รุ่น ได้แก่ ตัวแปรการตัดสินใจเกี่ยวข้องกับผู้สมัครคัดเลือกชาย , ความจุทดสอบลูกหลาน และเศรษฐกิจ น้ำหนักที่เหมาะสมเพื่อเพิ่มได้รับพันธุกรรมประจำปี ( agg ) ของฉัน ) แกะเนื้อพันธุ์โปรแกรมที่ปรับปรุงลักษณะเนื้อของการถ่ายทอดทางพันธุกรรม ( H2 ) = 030 และคุณลักษณะของมารดา H2 = 0.09 และ 2 ) และแกะนมแพะพันธุ์นมโปรแกรมที่ปรับปรุงลักษณะของ H2 = 0.30 . ค่าสหสัมพันธ์ทางพันธุกรรมระหว่างเนื้อ± 0.20 และลักษณะของมารดาได้พิจารณาศึกษาผลกระทบ agg . ที่บัลเมอร์ผลคือคิดและผลลัพธ์ที่แสดงที่นี่เป็นค่าเฉลี่ยของ agg หลังจาก 10 รุ่นของการเลือกผลการศึกษาพบว่าโปรแกรมพันธุ์ดั้งเดิมปัจจุบันให้ agg ของ 0.095 พันธุกรรมส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐาน ( σ ) เนื้อและมีลักษณะใน 0.061 σแม่พันธุ์เนื้อและ 0.147 σและ 0.120 σในแกะและแพะนมพันธุ์ ตามลำดับ โดยการเพิ่มตัวแปรการตัดสินใจ , agg กับวิธีการคัดเลือกแบบดั้งเดิมเพิ่มขึ้น 0.139 σสำหรับเนื้อสัตว์และ 0096 σเป็นลักษณะเนื้อพันธุ์แม่ในโปรแกรมและ 0.174 σและ 0.183 σในนมแพะแกะและโปรแกรมการปรับปรุงพันธุ์ ตามลำดับ กับประชากรอ้างอิงขนาดกลาง ( nref ) 2000 บุคคลสถานิกที่ดีที่สุดให้ agg ที่ 179 % ที่มากกว่า ด้วยวิธีการเลือกแบบปรับค่าของตัวแปรการตัดสินใจเพื่อรวมลักษณะเนื้อของแกะเนื้อตนเองในนมแกะและ 26.2 % ในแพะนม ความเหนือกว่าของจีโนมโครงการเพิ่มขึ้นตามขนาดของประชากรและการเลือกอ้างอิงอย่างให้ผลดีที่สุดเมื่อ nref 1000 บุคคลสำหรับพันธุ์โคนม และ nref > 2000 คน สำหรับพันธุ์เนื้อ ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมระหว่างเนื้อและลักษณะของมารดามีผลกระทบขนาดใหญ่บนได้รับพันธุกรรมของลักษณะ . การเปลี่ยนแปลงในความสัมพันธ์มีมากที่สุดสำหรับ agg เนื่องจากมารดาต่ำสามารถคุณลักษณะ . ในฐานะที่เป็นกฎทั่วไป , agg เพิ่มขึ้นทั้งโดยการเพิ่มประสิทธิภาพการออกแบบ การเลือก และรวมถึงข้อมูลที่มีคำสำคัญ :
.

โปรแกรมจำลองทางพันธุกรรมจีโนม deterministic ได้รับการคัดเลือกพันธุ์ สัตว์เคี้ยวเอื้องขนาดเล็ก