Of the 405 transcripts that were si

Of the 405 transcripts that were significantly differential in response to the low effect concentration of phenanthrene (24.95 mg kg-1 soil), 260 transcripts were upregulated and 145 transcripts were downregulated compared to the reference. All differentially expressed transcripts that responded to the low concentration of phenanthrene are available in Additional file 2: Table S1. Their putative function is based on sequence homology (e.g., BLAST, interPro). Seven transcripts encoding cytochrome P450s were upregulated. Cytochrome P450 enzymes are most commonly involved in monooxygenase reactions [4]. In addition to this, we also identified other monooxygenases being up- and downregulated in response to the low concentration of phenanthrene. The upregulated cytochrome P450s and other monooxygenases are most likely involved in phase I of the biotransformation and detoxification of phenanthrene. Furthermore, we found upregulation of aldehyde oxidases, carboxylesterases, and short-chain dehydrogenases, which are probably also involved in phase I reactions with phenanthrene [5, 21, 22]. Many transferase enzymes are involved in phase II of the biotransformation of xenobiotics. In this phase the reactive metabolites created in phase I are being conjugated with polar groups like glutathione or sugar groups [5]. We identified 7 transcripts encoding glutathione S-transferases upregulated in response to the low concentration of phenanthrene, and one was downregulated. Also many transcripts encoding proteins that contain a UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase domain were upregulated. Stroomberg et al. showed that the phase II biotransformation of the PAH pyrene in F. candida produced the metabolite pyrene-1-glucoside, but not pyrene-1-glucuronide [23]. Therefore we assume that these induced transcripts actually encode UDP-glucosyltransferases, and not UDP-glucuronosyltransferases. Membrane transporters which are involved in phase III were also significantly upregulated; we identified 3 ABC-transporters.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ของบันทึก 405 ที่แตกต่างอย่างมีนัยสำคัญที่ความเข้มข้นต่ำผลของฟีแนนทรีน (ดิน 1 กิโลกรัม 24.95 mg), 260 ใบ upregulated และ 145 ใบมี downregulated เมื่อเทียบกับการอ้างอิง ใบแสดงผลการแสดง differentially ทั้งหมดที่ตอบรับความเข้มข้นต่ำของฟีแนนทรีนมีอยู่ในแฟ้มเพิ่มเติม 2: S1 ตาราง การทำงานอ้างว่าฝาตามลำดับ homology (เช่น ระเบิด interPro) ใบที่เจ็ดรหัสเจาะจง P450s ได้ upregulated เอนไซม์ P450 เจาะจงมากที่สุดเกี่ยวข้องกับปฏิกิริยา monooxygenase [4] นอกจากนี้ เราระบุอื่น ๆ monooxygenases สูงและ downregulated ที่ความเข้มข้นต่ำของฟีแนนทรีน การเจาะจง upregulated P450s และ monooxygenases อื่น ๆ มักเกี่ยวข้องในขั้นตอนแห่งการ biotransformation และการล้างพิษของฟีแนนทรีน นอกจากนี้ เราพบ upregulation ดีไฮด์ oxidases, carboxylesterases และ dehydrogenases โซ่สั้น ซึ่งอาจจะยัง เกี่ยวข้องในเฟสผมปฏิกิริยากับฟีแนนทรีน [5, 21, 22] เอนไซม์ transferase จำนวนมากเกี่ยวข้องในระยะที่สองของ biotransformation ของ xenobiotics ในขั้นตอนนี้ สารปฏิกิริยาที่สร้างในขั้นตอนที่ผมจะได้รวมกันกับกลุ่มขั้วโลกเช่นกลุ่มกลูตาไธโอนหรือน้ำตาล [5] เราระบุ 7 ใบรหัส upregulated S transferases กลูตาไธโอนในการตอบสนองความเข้มข้นต่ำของฟีแนนทรีน และหนึ่งก็ downregulated Upregulated หลายใบที่เข้ารหัสโปรตีนที่ประกอบด้วยโดเมน UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase ยัง ได้ Stroomberg ร้อยเอ็ดพบว่า biotransformation II ระยะของไพรีนผาใน F. แคนผลิตที่ metabolite ไพรีน-1-glucoside แต่ไม่ไพรีน-1-glucuronide [23] ดังนั้น เราคิดว่าหนังสือเหล่านี้เกิดจริงเข้ารหัส UDP glucosyltransferases และ glucuronosyltransferases UDP ไม่ ขนเยื่อที่เกี่ยวข้องในระยะที่ III ได้มาก upregulated เราระบุ 3 ABC-ขน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ของยีนที่ 405 ที่ถูกอย่างมีนัยสำคัญแตกต่างในการตอบสนองต่อความเข้มข้นของผลกระทบต่ำของฟีแนนทรี (24.95 มิลลิกรัมต่อกิโลกรัม-1 ของดิน) 260 ยีนที่ถูก upregulated และ 145 ยีนที่ถูก downregulated เมื่อเทียบกับการอ้างอิง ทั้งหมดยีนที่แสดงความแตกต่างที่ตอบสนองต่อความเข้มข้นต่ำของฟีแนนทรีที่มีอยู่ในแฟ้มเพิ่มเติม 2: ตาราง S1 ฟังก์ชั่นสมมุติของพวกเขาจะขึ้นอยู่กับลำดับที่คล้ายคลึงกัน (เช่นระเบิด InterPro) เซเว่นยีนที่เข้ารหัส P450s cytochrome ถูก upregulated เอนไซม์ Cytochrome P450 มีส่วนร่วมมากที่สุดในปฏิกิริยา monooxygenase [4] นอกจากนี้เรายังระบุ monooxygenases อื่น ๆ ที่เป็นขึ้นและ downregulated เพื่อตอบสนองต่อความเข้มข้นต่ำของฟีแนนทรี upregulated cytochrome P450s และ monooxygenases อื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องส่วนใหญ่มีแนวโน้มอยู่ในขั้นตอนของผมเปลี่ยนรูปทางชีวภาพและการล้างพิษของฟีแนนทรี นอกจากนี้เราพบ upregulation ของ oxidases ลดีไฮด์ carboxylesterases และ dehydrogenases ห่วงโซ่สั้นซึ่งอาจจะยังมีส่วนร่วมในขั้นตอนที่ผมปฏิกิริยากับฟีแนนทรี [5, 21, 22] เอนไซม์ transferase หลายคนมีส่วนร่วมในขั้นตอนที่สองของเปลี่ยนรูปทางชีวภาพของสารแปลกปลอม ในระยะนี้สารที่มีปฏิกิริยาสร้างขึ้นในระยะที่มีการผันกับกลุ่มขั้วเช่นกลูตาไธโอนหรือน้ำตาลกลุ่ม [5] เราระบุ 7 ยีนที่เข้ารหัสกลูตาไธโอน S-ราน upregulated ในการตอบสนองต่อความเข้มข้นต่ำของฟีแนนทรีและหนึ่งถูก downregulated นอกจากนี้ยังมีการถอดเสียงหลายเข้ารหัสโปรตีนที่มีโดเมน UDP-glucuronosyl / UDP-glucosyltransferase ถูก upregulated Stroomberg et al, แสดงให้เห็นว่าเปลี่ยนรูปทางชีวภาพระยะที่สองของไพรี PAH ในเอฟ Candida ผลิตสารไพรี-1-glucoside แต่ไม่ไพ​​รี-1-glucuronide [23] ดังนั้นเราจึงคิดว่ายีนที่เหนี่ยวนำให้เกิดเหล่านี้จริงเข้ารหัส UDP-glucosyltransferases และไม่ UDP-glucuronosyltransferases ขนย้ายเมมเบรนที่มีส่วนร่วมในขั้นตอนที่สามยัง upregulated อย่างมีนัยสำคัญ เราระบุ 3 ABC-ขนส่ง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ของ 405 transcripts อย่างมีนัยสำคัญในการตอบสนองที่แตกต่างกันที่มีผลความเข้มข้นของฟีแนนทรีน ( 24.95 มิลลิกรัม kg-1 ดิน ) , 260 transcripts เป็น upregulated และ 145 ใบเป็น downregulated เทียบกับการอ้างอิง ทั้งหมดที่แสดงออกแตกต่างกันยีนที่ตอบสนองความเข้มข้นต่ำของฟีแนนทรีนมีอยู่ในแฟ้มเพิ่มเติม 2 : ตาราง S1 . ซึ่งเป็นฟังก์ชั่นของพวกเขาอยู่บนพื้นฐานของลำดับ ( เช่นระเบิด InterPro ) เจ็ดใบการเข้ารหัส p450s เป็นไซ upregulated . เอนไซม์ไซโตโครมพีมักเกี่ยวข้องกับปฏิกิริยา monooxygenase [ 4 ] นอกจากนี้ เรายังระบุ monooxygenases อื่นที่ขึ้น - และ downregulated ในการตอบสนองต่อความเข้มข้นต่ำของฟีแนนทรีน การ upregulated ไซ p450s monooxygenases อื่น ๆและส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับระยะของการ ถอนพิษของฟีแนนทรีน นอกจากนี้ เราพบระหว่าง oxidases carboxylesterases ของ aldehydes , และเอนไซม์ดีไฮโดรจีเนสโซ่สั้นๆ ที่อาจจะเกี่ยวข้องกับขั้นตอนปฏิกิริยาฟีแนนทรีน [ 5 , 21 , 22 ) เอนไซม์ทรานสเฟอเรส หลาย มีส่วนร่วมใน ระยะที่ 2 ของการเปลี่ยนแปลงทางชีวภาพของ xenobiotics . ในขั้นตอนนี้เป็นสารสร้างขึ้นในเฟสผมมี conjugated กลุ่มขั้ว เช่น กลูต้าไธโอน หรือกลุ่มน้ำตาล [ 5 ] เราระบุ 7 บันทึกการเข้ารหัส กลูต้าไธโอน s-transferases upregulated ในการตอบสนองต่อความเข้มข้นต่ำของฟีแนนทรีน และอีกหนึ่งคือ downregulated . นอกจากนี้ หลายบันทึกการเข้ารหัสโปรตีนที่ประกอบด้วย glucuronosyl / UDP UDP สเฟอเรส upregulated โดเมนเป็น . stroomberg et al . พบว่า ระยะที่ 2 การเปลี่ยนแปลงทางชีวภาพของป่าไพรีนใน F . Candida ผลิตเพียง pyrene-1-glucoside แต่ไม่ pyrene-1-glucuronide [ 23 ] ดังนั้นเราจึงถือว่าเหล่านี้เกิดใบจริงเข้ารหัสและไม่ glucuronosyltransferases glucosyltransferases UDP , UDP . โดยผู้ที่เกี่ยวข้องในขั้นตอนที่ 3 ก็มี upregulated ; เราระบุ 3 ABC transporters .