The elucidation of the key residues

The elucidation of the key residues at the prime and non-prime sites for the polypeptide substrate of DV2 NS2B/NS3pro was studied by the classical MD simulations. The results of NS2B/NS3pro in complex with six peptide substrates (capsid, intNS3, 2A/2B, 4B/5, 3/4A and 2B/3) revealed that the basic residues at P1 and P2 subsites of the substrate play a major role in the binding with NS2B/NS3pro, whereas the P3, P1′, P2′ and P4′ subsites have a minor contribution. In addition, the preferred substrate residues in each subsite for interacting with NS2B/NS3pro were: R > K, R > K > Q, R/Q/T > K/G, A > S/G, W > L > R > A/T/G and M/L > N/G for P1, P2, P3, P1′, P2′ and P4′, respectively. The substrate binding affinity may result to the different cleavage ability by NS2B/NS3pro. The interaction of the substrate with the S1 pocket involves only those residues from the NS3 domain. On the other hand, both residues from the C-terminal domain of NS2B as well as NS3D75 and NS3N152 are important for maintaining the interaction with the P2 residue of the substrate at the S2 pocket. At the S3 pocket, the main interactions were observed between the backbone of the P3 residue and NS3G153 as well as NS3Y161. The interaction of the substrate at the S1′, S2′and S4′ pocket of NS3 is maintained only by hydrophobic interaction. In short, the detailed interaction analysis from all six decapeptidic substrates complexed with NS2B/NS3pro provided significant and useful information for the structure-based design and identification of potent inhibitors.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Elucidation ตกค้างสำคัญที่นายกไม่ใช่นายกไซต์สำหรับพื้นผิว polypeptide ของ DV2 NS2B/NS3pro เป็นศึกษา โดยจำลอง MD คลาสสิก ผลลัพธ์ของ NS2B/NS3pro ในด้วยพื้นผิวเปปไทด์หก (capsid, intNS3, 2A/2B, 4B/5, 3/4A และ 2B 3) เปิดเผยว่า ตกพื้นฐานที่ P1 และ P2 ย่อยของพื้นผิวมีบทบาทสำคัญในการรวมกับ NS2B/NS3pro ขณะย่อย P3, P1′, P2′ และ P4′ มีส่วนช่วยน้อย ได้ตกพื้นผิวที่ต้องการในแต่ละไซต์ย่อยสำหรับการโต้ตอบกับ NS2B/NS3pro: R > K, R > K > Q, Q/R/T > K/G, A > S/G, W > L > R > A/T/G และ M/L > N/G สำหรับ P1, P2, P3, P1′, P2′ และ P4′ ตามลำดับ ความสัมพันธ์รวมพื้นผิวอาจส่งผลให้ความสามารถในการความแตกต่างโดย NS2B/NS3pro การโต้ตอบของพื้นผิวกับกระเป๋า S1 เกี่ยวข้องเท่านั้นที่ตกค้างจากโดเมน NS3 บนมืออื่น ๆ ทั้งสองตกจากโดเมน C-เทอร์มินัล NS2B เป็น NS3D75 และ NS3N152 สำคัญสำหรับการรักษาการโต้ตอบ มีกาก P2 ของพื้นผิวที่กระเป๋า S2 ที่กระเป๋า S3 การโต้ตอบหลักถูกสังเกตระหว่างกระดูกสันหลังของกาก P3 และ NS3G153 ตลอดจน NS3Y161 การโต้ตอบของพื้นผิวที่ S1′, S2′and S4′ กระเป๋าของ NS3 ไว้ โดยแบบโต้ตอบเท่านั้น ในระยะสั้น การวิเคราะห์รายละเอียดโต้ตอบจากทั้งหมดหก decapeptidic พื้นผิว complexed กับ NS2B/NS3pro ให้ข้อมูลที่สำคัญ และมีประโยชน์สำหรับการออกแบบโครงสร้างและรหัสของสารยับยั้งที่มีศักยภาพ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ชี้แจงของสารตกค้างที่สำคัญในเว็บไซต์ที่สำคัญและไม่สำคัญสำหรับพื้นผิวของ polypeptide DV2 NS2B / NS3pro ได้ศึกษาโดยการจำลอง MD คลาสสิก ผลการ NS2B / NS3pro ในที่ซับซ้อนที่มีหกพื้นผิวเปปไทด์ (capsid, intNS3, 2A / 2B, 4B / 5, 3 / 4A และ 2B / 3) พบว่าสารตกค้างพื้นฐานที่ P1 และ P2 ไซต์ย่อยของพื้นผิวมีบทบาทสำคัญ ในผลผูกพันกับ NS2B / NS3pro ขณะที่ P3, P1, P2 และ P4 'ไซต์ย่อยมีผลงานเล็ก ๆ น้อย ๆ นอกจากนี้ยังมีสารตกค้างสารตั้งต้นที่ต้องการในแต่ละไซต์ย่อยสำหรับการโต้ตอบกับ NS2B / NS3pro อยู่: R> K, R> K> Q, R / Q / T> K / G, A> S / G, W> L> R> A / T / G และ M / L> N / G สำหรับ P1, P2, P3, P1, P2 และ P4 'ตามลำดับ สารตั้งต้นที่ความใกล้ชิดผูกพันอาจส่งผลให้ความสามารถที่แตกต่างกันโดยความแตกแยก NS2B / NS3pro การทำงานร่วมกันของพื้นผิวที่มีกระเป๋า S1 เกี่ยวข้องกับเฉพาะผู้ที่ตกค้างจากโดเมน NS3 บนมืออื่น ๆ ทั้งสารตกค้างจากโดเมน C-ขั้ว NS2B เช่นเดียวกับ NS3D75 และ NS3N152 มีความสำคัญในการรักษามีปฏิสัมพันธ์กับสารตกค้าง P2 ของพื้นผิวที่กระเป๋า S2 ในกระเป๋า S3, ปฏิสัมพันธ์หลักถูกตั้งข้อสังเกตระหว่างกระดูกสันหลังของสารตกค้าง P3 และ NS3G153 เช่นเดียวกับ NS3Y161 การทำงานร่วมกันของพื้นผิวที่ S1 ว่า ', S2'and S4' กระเป๋า NS3 จะยังคงอยู่โดยเฉพาะการทำงานร่วมกันไม่ชอบน้ำ ในระยะสั้นการวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ละเอียดจากทั้งหกพื้นผิว decapeptidic complexed กับ NS2B / NS3pro ให้ข้อมูลที่สำคัญและมีประโยชน์สำหรับการออกแบบโครงสร้างพื้นฐานและการจำแนกสารยับยั้งที่มีศักยภาพ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ส่วนคำชี้แจงของนายกรัฐมนตรี และไม่ตกค้าง คีย์ที่เว็บไซต์เฉพาะสำหรับพื้นผิวของพอลิเพปไทด์ dv2 โปรตีเอส / ns3pro ศึกษาโดยจำลอง MD คลาสสิก ผลของโปรตีเอส / ns3pro ในซับซ้อนกับพื้นผิวหกเปปไทด์ ( ความหมาย : เปลือก intns3 , 2A / 2B 4B / 5 , 3 / 4 และ 2b / 3 ) เปิดเผยว่า พื้นฐานที่ตกค้างที่ P1 P2 และลักษณะของพื้นผิวมีบทบาทสำคัญในการจับกับโปรตีเอส / ns3pro ส่วน P3 P1 นั้น , P2 และ P4 ลักษณะนั้นนั้นมีสัดส่วนเล็กน้อย นอกจากนี้ ต้องการสารอาหารที่ตกค้างในแต่ละไซต์ย่อยสำหรับการโต้ตอบกับโปรตีเอส / ns3pro ดังนี้ r > r > K > K , Q , R / Q / t > K / g . s / g , w > L > r > a / t / G และ M / L > N / G สำหรับ P1 , P2 , P3 และ P4 P1 P2 ’’ , ’ ตามลำดับ พื้นผิวผูกความสัมพันธ์อาจส่งผลที่แตกต่างกันความสามารถในการโปรตีเอส / ns3pro . ปฏิสัมพันธ์ของสารอาหารกับกระเป๋า S1 เกี่ยวข้องกับสารตกค้างเหล่านั้นเท่านั้นจากการสร้างโดเมน บนมืออื่น ๆ , ทั้งตกค้างจากโดเมนของโปรตีเอสซึ่งเป็น ns3d75 ns3n152 และสำคัญสำหรับการปฏิสัมพันธ์กับ P2 สารตกค้างของพื้นผิวที่กระเป๋า S2 . ที่ S3 ในกระเป๋าหลัก พบว่ามีปฏิสัมพันธ์ระหว่างกระดูกสันหลังของ P3 กาก และ ns3g153 รวมทั้ง ns3y161 . ปฏิสัมพันธ์ของสารอาหารที่ S1 และ S2 S4 ’’ , ’ กระเป๋า รักษาโดยการตัด ) . ในสั้น รายละเอียดการวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์จากทั้งหมดหก decapeptidic พื้นผิวที่ซับซ้อนด้วยโปรตีเอส / ns3pro ให้ความสำคัญ และข้อมูลที่เป็นประโยชน์สำหรับการออกแบบโครงสร้างและการระบุที่มีศักยภาพ การใช้