2. Sequencing InformaticsThe Instit

2. Sequencing Informatics
The Institutional Informatics group maintains and extends the software systems required to support activities of proposal management and project specification by the project management office, lab work by production sequencing, post sequencing automated primary data processing and analysis, and publication of data to portals and GenBank. The Institutional Informatics group is organized into six key sub groups:

Project Management Office Services (PMOS): This group is responsible for supporting the software systems used by the Project Management Office (PMO), and a single sign on system for users to access web resources at the JGI. These systems include the Proposal Management System, Project Navigator, and Single Sign On.

Production Process Support (PPS): This team maintains and extends the software systems used by the Sequencing Technology group. This includes Sample Management, Libraries, and Sequencing Operations. In the past two years, a new Integrated Tracking System (ITS) has been released by the JGI and the LIMS supported by this group is one part of this larger system.

Sequence Data Management (SDM): This team manages all data produced from our DNA sequencing platforms. Vender-provided pipelines are wrapped with in-house software to allow for integration within the JGI’s larger infrastructure. All analyzed and raw data are stored within our in-house built hierarchical file system called JAMO. All users access the JAMO tool chain to retrieve data for downstream processing.

Data Warehouse: Since various teams maintain their own data stores it is not possible to query across the systems without having a higher-level schema map. To facilitate this, a data warehouse is built on a nightly basis that performs the necessary mapping across schemas and denormalizes the data for fast read queries. Preconfigured reports are built, using open source version of Jaspersoft, and available for users to run on demand. Ad hoc queries can be made against the data warehouse using SQL as a tool of choice.

Software Quality Assurance (SQA): The SQA team is responsible for testing ITS releases and ensuring that requirements are met before their release. They perform end-to-end integration tests, and when problems are found they are raised with the developers and users. This team also responds to user support requests that arise in the production environment.

Genome Portal: The JGI Genome Portal provides unified access to all JGI genomic datasets. A user can search, download and explore multiple data sets available for all DOE JGI sequencing projects including their status, assemblies and annotations of sequenced genomes. This framework has access control to restrict the visibility of a portal to the PI and associates while work is in progress, allowing them to track progress. However, once the project is completed and released to public the access restriction is lifted. Certain functionality of these systems is highly dependent on each other. To avoid unnecessary tight coupling yet support the dependencies, we have implemented, where performance permitted, RESTful web services. This has allowed each team the necessary flexibility to address the evolving business needs of their customer base while allowing other parts of the organization to access the required data through formal, supported interfaces

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2. จัดลำดับสารสนเทศกลุ่มสารสนเทศสถาบันรักษา และขยายระบบซอฟต์แวร์ที่จำเป็นในการสนับสนุนกิจกรรมของข้อเสนอโครงการและจัดการข้อกำหนดโดยสำนักงานจัดการโครงการ งานห้องปฏิบัติการ โดยจัดลำดับการผลิต ประกาศลำดับอัตโนมัติหลักการประมวลผลข้อมูล และวิเคราะห์ และการเผยแพร่ข้อมูลไปยังพอร์ทัลและ GenBank กลุ่มสารสนเทศสถาบันแบ่งออกเป็น 6 กลุ่มคีย์ย่อย:โครงการสำนักงานบริการจัดการ (PMOS): กลุ่มนี้จะสนับสนุนระบบซอฟต์แวร์สำนักงานการจัดการโครงการ (PMO), และเครื่องหมายเดียวในระบบสำหรับผู้ใช้เข้าถึงทรัพยากรบนเว็บที่ JGI รับผิดชอบ ระบบเหล่านี้รวมถึงข้อเสนอจัดการระบบ โครงการนาวิเกเตอร์ และเดี่ยวเครื่องหมายบนผลิตกระบวนการสนับสนุน (PPS): ทีมนี้รักษา และขยายระบบซอฟต์แวร์ที่ใช้กลุ่มลำดับเบสเทคโนโลยี ซึ่งรวมถึงการ จัดการตัวอย่าง ไลบรารี และการดำเนิน งานลำดับเบส ในสองปีที่ผ่านมา รวมติดตามระบบใหม่ (ของ) ออก โดย JGI LIMS โดยกลุ่มนี้เป็น ส่วนหนึ่งของระบบใหญ่นี้การจัดการข้อมูลในลำดับ (SDM): ทีมงานนี้จัดการข้อมูลทั้งหมดที่ผลิตจากแพลตฟอร์มลำดับดีเอ็นเอของเรา ท่อเวนเดอร์ให้เป็นห่อกับซอฟแวร์ภายในให้รวมอยู่ภายในโครงสร้างพื้นฐานขนาดใหญ่ของ JGI ทั้งหมดวิเคราะห์ และข้อมูลดิบเก็บไว้ภายในในบ้านของเราสร้างระบบแฟ้มลำดับชั้นที่เรียกว่าอักษรจาโมที่ ผู้ใช้ทุกคนเข้าถึงโซ่มือลจาโมเพื่อดึงข้อมูลสำหรับการประมวลผลขั้นปลายน้ำคลังข้อมูล: เนื่องจากทีมต่าง ๆ รักษาเก็บข้อมูลของตนเอง ก็ไม่ได้สอบถามผ่านระบบโดยไม่มีแผนที่เค้าร่างสูงกว่า เพื่อความสะดวก คลังสินค้าข้อมูลถูกสร้างขึ้นในคืน ที่ทำการแม็ปที่จำเป็นในแผน denormalizes ข้อมูลสำหรับแบบสอบถามการอ่านอย่างรวดเร็ว รายงานที่กำหนดไว้ล่วงหน้าจะ สร้าง ใช้รุ่น Jaspersoft เปิดแหล่งที่มา และผู้ทำงานตามความต้องการใช้ สามารถทำการสอบถามเฉพาะกิจกับคลังข้อมูลโดยใช้ SQL เป็นเครื่องมือที่เลือกซอฟต์แวร์การประกันคุณภาพ (SQA): SQA ทีมรับผิดชอบในการทดสอบของรุ่น และมั่นใจว่า มีการตอบสนองความต้องก่อนปล่อยตัว พวกเขาทำการทดสอบสุดท้ายรวม และเมื่อพบปัญหา ก็จะยกกับนักพัฒนาและผู้ใช้ ทีมนี้ยังตอบสนองการร้องขอการสนับสนุนผู้ใช้ที่เกิดขึ้นในสภาพแวดล้อมการผลิตกลุ่มเว็บไซต์: เว็บไซต์กลุ่ม JGI ให้ถึง datasets genomic JGI ทั้งหมดรวม ผู้ใช้สามารถค้นหา ดาวน์โหลด และสำรวจข้อมูลหลาย ๆ สำหรับโครงการลำดับ JGI ป้องกันทั้งหมดรวมถึงสถานะของพวกเขา ประกอบ และคำอธิบายของ genomes ตามลำดับ กรอบนี้ควบคุมการเข้าถึงเพื่อจำกัดการแสดงผลของเว็บไซต์เป็นปี่มี และร่วมขณะทำงานในระหว่างดำเนินการ ทำให้ติดตามความคืบหน้า อย่างไรก็ตาม เมื่อโครงการเสร็จสมบูรณ์ และออกจะประกาศจำกัดการเข้าถึงที่ ถูกยก บางฟังก์ชันของระบบเหล่านี้จะสูงขึ้นอยู่กับแต่ละอื่น ๆ หลีกเลี่ยงคลัปแน่นไม่ มีสนับสนุนการขึ้นต่อกัน เราใช้ ซึ่งประสิทธิภาพการทำงานได้รับอนุญาต บริการท่องเว็บ นี้ได้อนุญาตให้แต่ละทีมมีความยืดหยุ่นที่จำเป็นเพื่อพัฒนาธุรกิจของลูกค้าฐานในขณะที่ส่วนอื่น ๆ ขององค์กรให้เข้าถึงข้อมูลจำเป็นผ่านทาง สนับสนุนอินเทอร์เฟซ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.
ลำดับสารสนเทศกลุ่มสถาบันสารสนเทศรักษาและขยายระบบซอฟต์แวร์ที่จำเป็นในการสนับสนุนกิจกรรมของการจัดการข้อเสนอและข้อกำหนดโครงการโดยสำนักงานการจัดการโครงการที่ทำงานในห้องทดลองโดยลำดับการผลิตโพสต์ลำดับการประมวลผลข้อมูลหลักโดยอัตโนมัติและการวิเคราะห์และการพิมพ์ของข้อมูลไปยังพอร์ทัลและ GenBank กลุ่มสารสนเทศสถาบันจัดเป็นกลุ่มหกคีย์ย่อย: บริการการบริหารจัดการโครงการสำนักงาน (PMOS) กลุ่มนี้มีหน้าที่ในการสนับสนุนระบบซอฟแวร์ที่ใช้โดยการบริหารจัดการโครงการสำนักงาน (PMO) และเข้าสู่ระบบเดียวในระบบให้ผู้ใช้สามารถเข้าถึงเว็บ ทรัพยากรที่ JGI ระบบเหล่านี้รวมถึงระบบการจัดการข้อเสนอโครงการนาวิเกเตอร์และเครื่องหมายเดียวบน. สนับสนุนกระบวนการผลิต (PPS): ทีมนี้ยังคงรักษาและขยายระบบซอฟแวร์ที่ใช้โดยกลุ่มเทคโนโลยีลำดับ ซึ่งรวมถึงการบริหารจัดการตัวอย่าง, ห้องสมุด, และการดำเนินงานลำดับ ในอดีตสองปีที่ผ่านมาระบบการติดตามแบบบูรณาการใหม่ (ITS) ได้รับการปล่อยตัวจาก JGI และ LIMS ที่สนับสนุนโดยกลุ่มนี้เป็นส่วนหนึ่งของระบบนี้มีขนาดใหญ่. ลำดับการจัดการข้อมูล (SDM): ทีมนี้จัดการข้อมูลทั้งหมดที่ผลิตจากเรา แพลตฟอร์มลำดับดีเอ็นเอ ท่อ Vender ที่ให้มีการห่อด้วยซอฟแวร์ในบ้านเพื่อให้สามารถบูรณาการภายในโครงสร้างพื้นฐานขนาดใหญ่ของ JGI ข้อมูลทั้งหมดวิเคราะห์และวัตถุดิบจะถูกเก็บไว้ภายในในบ้านของเราสร้างระบบแฟ้มลำดับชั้นที่เรียกว่า JAMO ผู้ใช้ทุกคนเข้าถึงโซ่เครื่องมือ JAMO เพื่อดึงข้อมูลสำหรับการประมวลผลต่อเนื่อง. คลังข้อมูล: เนื่องจากทีมต่างๆรักษาเก็บข้อมูลของตัวเองก็ไม่ได้เป็นไปได้ที่จะสอบถามในระบบโดยไม่ต้องมีแผนที่สคีระดับสูง เพื่ออำนวยความสะดวกนี้คลังข้อมูลถูกสร้างขึ้นบนพื้นฐานยามค่ำคืนที่มีประสิทธิภาพการทำแผนที่ที่จำเป็นทั่วแบบแผนและ denormalizes ข้อมูลสำหรับคำสั่งอ่านได้อย่างรวดเร็ว รายงานที่กำหนดไว้ล่วงหน้าที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้รุ่นเปิดแหล่งที่มาของ Jaspersoft และบริการสำหรับผู้ใช้เพื่อให้ทำงานได้ตามความต้องการ โฆษณาคำสั่งคณะกรรมการสามารถทำกับคลังข้อมูลโดยใช้ SQL เป็นเครื่องมือของทางเลือก. ซอฟแวร์การประกันคุณภาพ (SQA): ทีม SQA เป็นผู้รับผิดชอบสำหรับการทดสอบการเผยแพร่และสร้างความมั่นใจว่าจะได้พบกับความต้องการก่อนที่จะปล่อยของพวกเขา พวกเขาดำเนินการทดสอบการรวมแบบ end-to-end และเมื่อมีปัญหาจะพบว่าพวกเขาจะขึ้นกับนักพัฒนาและผู้ใช้ ทีมนี้ยังตอบสนองการร้องขอการสนับสนุนผู้ใช้ที่เกิดขึ้นในสภาพแวดล้อมการผลิต. จีโนมพอร์ทัลการ JGI จีโนมพอร์ทัลให้การเข้าถึงแบบครบวงจรเพื่อชุดข้อมูลจีโนมทั้งหมด JGI ผู้ใช้สามารถค้นหาดาวน์โหลดและสำรวจข้อมูลหลายชุดสามารถใช้ได้สำหรับทุก DOE JGI โครงการลำดับรวมทั้งสถานะของพวกเขาประกอบและคำอธิบายประกอบของจีโนมลำดับ กรอบนี้มีการควบคุมการเข้าถึงเพื่อ จำกัด การแสดงผลของพอร์ทัลเพื่อ PI และผู้ร่วมงานในขณะที่ทำงานอยู่ในความคืบหน้าช่วยให้พวกเขาติดตามความคืบหน้า แต่เมื่อโครงการเสร็จสมบูรณ์และเปิดตัวต่อสาธารณชนข้อ จำกัด การเข้าถึงจะถูกยกขึ้น ฟังก์ชั่นบางอย่างของระบบเหล่านี้จะขึ้นอยู่กับแต่ละอื่น ๆ การมีเพศสัมพันธ์เพื่อหลีกเลี่ยงการที่ไม่จำเป็นแน่นยังสนับสนุนการอ้างอิงที่เราได้ดำเนินการที่ผลการดำเนินงานที่ได้รับอนุญาตให้บริการเว็บสงบ นี้ได้รับอนุญาตแต่ละทีมมีความยืดหยุ่นที่จำเป็นเพื่อตอบสนองความต้องการทางธุรกิจของการพัฒนาฐานลูกค้าในขณะที่ให้ส่วนอื่น ๆ ขององค์กรในการเข้าถึงข้อมูลที่ต้องการผ่านอย่างเป็นทางการได้รับการสนับสนุนการเชื่อมต่อ