movement of residue 290 out of the

movement of residue 290 out of the hydrophobic pocket and toward the active site that is always accompanied by Ser288 in a down conformation and has therefore been designated as out/down. When the conformational change to out/down is modeled into the poliovirus 3Dpol EC structure [8], there is a clear steric clash between the loop and the backbone of the RNA template strand (Fig. 5A). This suggests that the out conformation cannot coexist with RNA in a catalytically competent register and that the observed structural transitions within the loop may be involved in facilitating the movement of RNA through the active site.
Kinetic studies of 3Dpol have shown that, like in other polymerases, the catalytic cycle can be broadly divided into five separate steps [22]. Within these steps, there are typically two conformational changes that flank phosphoryl transfer: the first positions the NTP over the active site, and the second translocates the nucleic acid following catalysis. The viral RNAdependent RNA polymerases have fingers domains that reach across the active site and are tethered to their thumb domains, precluding large-scale fingers domain movements that could act to reposition NTPs for catalysis. These enzymes instead use more subtle conformational changes to close their active sites via a novel structural rearrangement of Motifs A and D that are part of the palm domain [8,23]. The viral RdRPs lack a structural analog of Tyr639 and the fingers domain O-helix motif, making it likely that the molecular details of the translocation mechanism differ considerably from that of DNA-templated polymerases.
Based on our data, we present a model for the structural changes during the poliovirus 3Dpol catalytic cycle wherein the alternate conformations of the 288–292 loop are important for NTP positioning and translocation (Fig. 5B). These conformations also represent plausible intermediates along the six-state catalytic cycle observed in the poliovirus EC structures [8]. The catalytic cycle starts with a loop in the in/up conformation that is found in the original poliovirus 3Dpol apo structure [10], those of all the 3Dpol–NTP complexes [13], and the EC state 1 structures of the ECs [8,21]. Next, Ser288 flips down toward the active site, resulting in the in/down conformation seen in our C290I and C290V single mutants. The Ser288 flip from up to down results in the formation of a hydrogen bond between Ser288 and Asp238 that competes with and weakens the existing hydrogen bond between Asp238 and Asn297, which must be broken to accommodate the NTP in the active site of the EC structure. The transition from in/up to in/down can be interpreted as an intermediate step between the initial NTP-binding event (EC state 2) and the NTP dropping into the catalytically competent closed active site (EC state 3) where the newly formed Ser288–Asp238 hydrogen bond plays a key role in rearranging Motif A for catalysis. The Ser288 flip to down is accompanied by the loss of four hydrogen bonds between the base of the ring finger and the loop itself, as well as the disruption of the salt bridge between Asp177 and Lys61 (Fig. 3A and B). The release of these energetic constraints reflects key changes in the active-site hydrogen bonding geometry that set the stage of catalysis in the EC state 3 structure [8]. After catalysis, the RNA must be translocated in order to reset the active site for the next round of nucleotide addition. We propose that the transition from the in to the out loop conformation is required for this step and that this transition requires the backbone flexibility of the Gly289 residue that is absolutely conserved in RdRPs. The G289A mutation limits backbone flexibility and structurally locks the loop in the in conformation, resulting in translocation-deficient polymerases. Following translocation, the loop must then move from the out/down conformation back to the in/up to reset the enzyme active site for the next round of catalysis.
The data reported herein support this model in that each class of mutants differentially compromises the rate at separate molecular events, leading to the observed effects on single nucleotide incorporation and overall activity. Class I mutants have native-like properties in that they incorporate all three nucleotides in the single nucleotide incorporation assay, yet they display a wide range of activities in the poly(A)-templated elongation assay. Class II mutants are translocation deficient because Gly289 is replaced with alanine, limiting backbone flexibility within the loop and resulting in unambiguous electron density showing loops structurally locked in the in/up conformation. This locking of the loop is a dominant effect in that the hyperactive C290I and C290V mutants lose processive elongation activity when combined with G289A. Class III mutants replace Cys290 with negatively charged amino acids that cannot be buried in the hydrophobic pocket and are characterized by their inability to undergo even a single round of nucleotide addition.
There is also evidence for dynamics of the poliovirus polymerase loop from NMR studies of 3Dpol–RNA complexes in the presence and absence of added NTPs. In a 13C study of methionines, Yang et al. observed that the chemical shift of the Met187 methyl resonance changes significantly upon RNA binding and then more subtly upon nucleotide addition to form a non-productive catalytic complex [24]. Met187 forms one side of the binding pocket for Cys290, and in light of our structural data, the major change in chemical shift upon RNA binding probably reflects a burial of the loop into the pocket. The more subtle change upon NTP addition may be due to closure of the active site in which Ser288 flips from up to down with only minor changes in the positioning of Cys290. It is also noteworthy that Met286, which is diagonally opposite of the pocket from Met187, does not produce an

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เคลื่อนที่ของตกค้าง 290 จากกระเป๋า hydrophobic และไป ยังไซต์ใช้งานที่จะตามมา ด้วย Ser288 ใน conformation ลง และจึงถูกกำหนดเป็นเช็ค/ลง เมื่อเปลี่ยนแปลง conformational เคลื่อนออกจะจำลองเป็น poliovirus 3Dpol EC โครงสร้าง [8], มีปะทะ steric ชัดเจนระหว่างลูปและแกนหลักของเดอะสแตรนด์แม่อาร์เอ็นเอ (ของ 5A Fig.) แนะนำว่า conformation ออกไม่สามารถอยู่ร่วมกับอาร์เอ็นเอในการลงทะเบียน catalytically อำนาจ และที่โครงสร้างจะพบความเปลี่ยนแปลงภายในลูปอาจเกี่ยวข้องกับการอำนวยความสะดวกในการเคลื่อนที่ของอาร์เอ็นเอ โดยใช้ การศึกษาเดิม ๆ ของ 3Dpol ได้แสดงว่า เช่นในอื่น ๆ polymerases รอบตัวเร่งปฏิกิริยาสามารถทั่วไปแบ่งออกเป็นห้าขั้นตอนแยกต่างหาก [22] ขั้นตอนเหล่านี้ มีอยู่ทั่วแปลง conformational สองที่อยู่ขนาบข้าง phosphoryl โอน: แรกตำแหน่ง NTP ผ่านใช้ และสอง translocates กรดนิวคลีอิกต่อเร่งปฏิกิริยา Polymerases RNAdependent อาร์เอ็นเอไวรัสมีโดเมนมือที่เข้าถึงเว็บไซต์ใช้งานอยู่ และมีคุณของโดเมนนิ้วหัวแม่มือ นิ้วมือขนาดใหญ่ย้ายโดเมนที่สามารถทำการจัดตำแหน่ง NTPs สำหรับเร่งปฏิกิริยา precluding เอนไซม์เหล่านี้เปลี่ยนแปลง conformational ละเอียดที่ใช้แทนการปิดเว็บไซต์การใช้งานผ่าน rearrangement โครงสร้างเป็นนวนิยายของลงและ D ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของโดเมนปาล์ม [8,23] RdRPs ไวรัสขาดแบบแอนะล็อกโครงสร้าง Tyr639 และแปลน O เกลียวนิ้วโดเมน ทำให้มีแนวโน้มว่า รายละเอียดของกลไกการสับเปลี่ยนโมเลกุลแตกต่างมากจากดีเอ็นเอ templated polymerases เราตามข้อมูล นำเสนอรูปแบบการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างระหว่าง poliovirus 3Dpol ตัวเร่งปฏิกิริยารอบ conformations อื่นของลูป 288-292 นั้นมีความสำคัญสำหรับ NTP ตำแหน่งและการสับเปลี่ยน (Fig. 5B) Conformations เหล่านี้ยังแสดงถึงตัวกลางที่เป็นไปได้ตามรอบตัวเร่งปฏิกิริยาหกรัฐในโครงสร้าง EC poliovirus [8] วงจรตัวเร่งปฏิกิริยาเริ่มคล้องใน conformation/ขึ้น ที่พบใน poliovirus 3Dpol อาโปโครงสร้างเดิม [10], ของทั้งหมด 3Dpol – NTP คอมเพล็กซ์ [13], และ EC รัฐ 1 โครงสร้างของ ECs [8,21] ถัดไป Ser288 พลิกลงไปยังไซต์ใช้งานอยู่ ใน conformation/ลง ในของ C290I และ C290V เดียวสายพันธุ์ Ser288 พลิกจากการคอนก่อพันธะไฮโดรเจนระหว่าง Ser288 และ Asp238 ที่แข่งขันด้วย และอ่อนพันธะไฮโดรเจนอยู่ระหว่าง Asp238 และ Asn297 ที่ต้องเสียเพื่อสนับสนุน NTP ในไซต์การใช้งานของโครงสร้าง EC เปลี่ยนแปลงจาก/ขึ้น/ลงสามารถตีความเป็นการขั้นกลางระหว่าง NTP ผูกเหตุการณ์เริ่มต้น (EC สภาพ 2) และ NTP ที่ปล่อยเป็นอำนาจ catalytically ปิดใช้งานเว็บไซต์ (EC สภาพ 3) ซึ่งพันธะไฮโดรเจน Ser288 – Asp238 รูปแบบใหม่มีบทบาทสำคัญในการจัดเรียงใหม่แปลน A สำหรับเร่งปฏิกิริยา พลิก Ser288 ลงตามมา ด้วยการสูญเสียของพันธบัตรไฮโดรเจนสี่ระหว่างฐานนิ้วและห่วงตัวเอง ตลอดจนทรัพยสะพานเกลือระหว่าง Asp177 และ Lys61 (Fig. 3A และ B) ของข้อจำกัดเหล่านี้มีพลังสะท้อนให้เห็นถึงการเปลี่ยนแปลงสำคัญในไฮโดรเจนใช้งานไซต์ที่ยึดรูปทรงเรขาคณิตที่กำหนดระยะของการเร่งปฏิกิริยาในโครงสร้างรัฐ 3 EC [8] อาร์เอ็นเอต้อง translocated การตั้งค่าไซต์ใช้งานอยู่ในรอบถัดไปของนิวคลีโอไทด์นอกจากนี้หลังการเร่งปฏิกิริยา เราเสนอที่เปลี่ยนจากการในการออกแบบ conformation วนจำเป็นสำหรับขั้นตอนนี้ และช่วงนี้ต้องการความคล่องตัวแกนหลักของสารตกค้าง Gly289 ที่แน่นอนอาศัยใน RdRPs การกลายพันธุ์ G289A จำกัดแกนหลักความยืดหยุ่น และ structurally ล็อคลูปใน conformation ใน ในการสับเปลี่ยนไม่ polymerases ต่อการสับเปลี่ยน ลูปต้องแล้ว ออก/ลง conformation กลับไปใน/สูง สุดใหม่ไซต์งานเอนไซม์สำหรับถัดไปรอบเร่งปฏิกิริยา ข้อมูลรายงานนี้สนับสนุนรูปแบบนี้ในที่แต่ละระดับของสายพันธุ์ differentially ลดระดับในเรื่องอัตราที่แยกเหตุการณ์ระดับโมเลกุล นำไปสู่ผลพบในนิวคลีโอไทด์ที่เดียวกันและกิจกรรมโดยรวม เรียนผมสายพันธุ์มีคุณสมบัติเหมือนเจ้าที่พวกเขารวมทั้งหมดนิวคลีโอไทด์สามในวิเคราะห์ประสานนิวคลีโอไทด์หนึ่ง แต่พวกเขาแสดงความหลากหลายของกิจกรรมในโพลี (A) -templated elongation วิเคราะห์ คลาส II สายพันธุ์มีการสับเปลี่ยนขาดสาร เพราะ Gly289 ถูกแทนที่ ด้วยอะลานีน จำกัดความยืดหยุ่นแกนหลักภายในลูป และเกิดความหนาแน่นอิเล็กตรอนชัดเจนแสดงวนรอบ structurally ล็อกใน conformation/ขึ้น นี้ล็อกลูปเป็นผลหลักที่สายพันธุ์ C290I และ C290V ซุกซนผิดปกติสูญเสียกิจกรรม processive elongation เมื่อรวมกับ G289A สายพันธุ์ระดับ III แทน Cys290 ด้วยคิดค่าธรรมเนียมส่งกรดอะมิโนที่ไม่ฝังอยู่ในกระเป๋า hydrophobic และลักษณะ โดยไม่สามารถรับได้รอบเดียวของนิวคลีโอไทด์เพิ่ม นอกจากนี้ยังมีหลักฐานการของวงการพอลิเมอเรส poliovirus การศึกษา NMR ของ 3Dpol-อาร์เอ็นเอคอมเพล็กซ์ในสถานะและการขาดงานของ NTPs เพิ่ม ในการศึกษา 13C ของ methionines, al. และยางสังเกตว่า กะเคมีของการสั่นพ้อง methyl Met187 เปลี่ยนแปลงอย่างมีนัยสำคัญเนื่องจากอาร์เอ็นเอรวม แล้วเพิ่มเติมรายละเอียดตามนี้นิวคลีโอไทด์เพื่อผลิตผลตัวเร่งปฏิกิริยาที่ซับซ้อน [24] Met187 ฟอร์มด้านหนึ่งของกระเป๋าผูก Cys290 และ เมื่อโครงสร้างข้อมูล การเปลี่ยนแปลงที่สำคัญในกะเคมีเมื่ออาร์เอ็นเอรวมอาจสะท้อนถึงการฝังศพของลูปในกระเป๋า การเปลี่ยนแปลงที่ลึกซึ้งยิ่งขึ้นตาม NTP นี้อาจเป็น เพราะปิดของไซต์ใช้งานอยู่ที่ Ser288 พลิกจากการลงรองแปลงในตำแหน่งของ Cys290 มันยังเป็นที่น่าสังเกตว่า Met286 ซึ่งเป็นแนวทแยงมุมตรงข้ามของกระเป๋าจาก Met187 ไม่ผลิตเป็น

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การเคลื่อนไหวของสารตกค้าง 290 ออกจากกระเป๋าไม่ชอบน้ำและต่อใช้งานเว็บไซต์ที่พร้อมเสมอโดย Ser288 ในโครงสร้างลงและได้รับการกำหนดให้เป็นจึงออก / ลง เมื่อมีการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างที่จะออก / ลงเป็นแบบจำลองเป็นโปลิโอ 3Dpol โครงสร้าง EC [8] มีการปะทะกัน steric ชัดเจนระหว่างห่วงและกระดูกสันหลังของสาระแม่แบบอาร์เอ็นเอ (รูป. 5A) นี้แสดงให้เห็นว่าโครงสร้างการไม่สามารถอยู่ร่วมกับอาร์เอ็นเอในการลงทะเบียนมีอำนาจตัวเร่งปฏิกิริยาและที่สังเกตเห็นการเปลี่ยนโครงสร้างภายในห่วงอาจจะมีส่วนร่วมในการอำนวยความสะดวกในการเคลื่อนไหวของอาร์เอ็นเอที่ผ่านการใช้งานเว็บไซต์.
การศึกษาเกี่ยวกับการเคลื่อนไหวของ 3Dpol ได้แสดงให้เห็นว่าเหมือนใน polymerases อื่น ๆ วงจรการเร่งปฏิกิริยาสามารถแบ่งออกเป็นห้าขั้นตอนที่แยกจากกัน [22] ภายในขั้นตอนเหล่านี้มักจะมีสองการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างที่ด้านข้างโอน phosphoryl: ตำแหน่งแรก NTP ผ่านเว็บไซต์ที่ใช้งานอยู่และที่สอง translocates กรดนิวคลีอิกปฏิกิริยาต่อไปนี้ ไวรัส RNA polymerases RNAdependent มีโดเมนนิ้วมือที่เข้าถึงผ่านเว็บไซต์ที่ใช้งานและมีความผูกติดอยู่กับโดเมนนิ้วหัวแม่มือของพวกเขา precluding นิ้วขนาดใหญ่เคลื่อนไหวโดเมนที่จะทำหน้าที่ในการเปลี่ยนตำแหน่ง NTPs สำหรับตัวเร่งปฏิกิริยา เอนไซม์เหล่านี้แทนการใช้โครงสร้างการเปลี่ยนแปลงที่ลึกซึ้งยิ่งขึ้นที่จะปิดการใช้งานเว็บไซต์ของพวกเขาผ่านการปรับปรุงใหม่โครงสร้างนวนิยายของลวดลายและ D ที่เป็นส่วนหนึ่งของโดเมนปาล์ม [8,23] RdRPs ไวรัสขาดอนาล็อกโครงสร้างของ Tyr639 และโดเมนบรรทัดฐาน O-เกลียวนิ้วทำให้มันเป็นไปได้ว่ารายละเอียดโมเลกุลของกลไกการโยกย้ายแตกต่างอย่างมากจากที่ของดีเอ็นเอ templated polymerases.
ขึ้นอยู่กับข้อมูลของเราที่เรานำเสนอรูปแบบการ การเปลี่ยนแปลงโครงสร้างในช่วงโปลิโอ 3Dpol รอบตัวเร่งปฏิกิริยาขัดแย้ง conformations สลับห่วง 288-292 มีความสำคัญสำหรับการวางตำแหน่งและโยกย้าย NTP (รูป. 5B) conformations เหล่านี้ยังเป็นตัวแทนของตัวกลางที่น่าเชื่อถือพร้อมหกรัฐรอบตัวเร่งปฏิกิริยาที่สังเกตในโปลิโอโครงสร้าง EC [8] วงจรเริ่มต้นด้วยตัวเร่งปฏิกิริยาในวงใน / ขึ้นโครงสร้างที่พบในโปลิโอเดิม 3Dpol โครงสร้าง APO [10] ผู้ทุกคอมเพล็กซ์ 3Dpol-NTP [13] และรัฐ EC 1 โครงสร้างของ ECs [8 , 21] ถัดไป Ser288 พลิกลงไปใช้งานเว็บไซต์ที่มีผลในใน / ลงโครงสร้างที่เห็นใน C290I และ C290V กลายพันธุ์เดียวของเรา พลิก Ser288 ได้ถึงผลการลงในการก่อตัวของพันธะไฮโดรเจนระหว่าง Ser288 และ Asp238 ที่แข่งขันกับและอ่อนตัวพันธะไฮโดรเจนที่มีอยู่ระหว่าง Asp238 และ Asn297 ซึ่งจะต้องเสียเพื่อรองรับ NTP ในการใช้งานเว็บไซต์ของโครงสร้าง EC การเปลี่ยนแปลงจากใน / ถึงใน / ลงสามารถตีความได้ว่าขั้นตอนกลางระหว่างเริ่มต้นเหตุการณ์ NTP-binding (EC รัฐ 2) และ NTP ลดลงเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาที่มีอำนาจปิดเว็บไซต์ที่ใช้งาน (EC รัฐ 3) ที่เพิ่งตั้งขึ้นใหม่ Ser288 -Asp238 พันธะไฮโดรเจนมีบทบาทสำคัญในการจัดเรียง Motif สำหรับตัวเร่งปฏิกิริยา พลิก Ser288 ลงจะมาพร้อมกับการสูญเสียของพันธบัตรสี่ไฮโดรเจนระหว่างฐานของนิ้วนางและห่วงตัวเองเช่นเดียวกับการหยุดชะงักของสะพานเกลือระหว่าง Asp177 และ Lys61 (รูป. 3A และ B) การเปิดตัวของข้อ จำกัด เหล่านี้สะท้อนให้เห็นถึงพลังการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญในการใช้งานเว็บไซต์เรขาคณิตพันธะไฮโดรเจนที่กำหนดขั้นตอนของปฏิกิริยาทางเคมีในรัฐอีซี 3 โครงสร้าง [8] หลังจากที่เร่งปฏิกิริยา, RNA จะต้อง translocated เพื่อตั้งค่าการใช้งานเว็บไซต์สำหรับรอบต่อไปของนอกจากนี้เบื่อหน่าย เราเสนอว่าการเปลี่ยนแปลงจากในโครงสร้างห่วงออกมาเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับขั้นตอนนี้และว่าการเปลี่ยนแปลงนี้ต้องใช้ความยืดหยุ่นกระดูกสันหลังของสารตกค้าง Gly289 ที่เป็นป่าสงวนอย่างใน RdRPs ข้อ จำกัด ของการกลายพันธุ์ G289A ความยืดหยุ่นกระดูกสันหลังและล็อกโครงสร้างวงในในรูปแบบที่เกิดใน polymerases โยกย้ายขาด ต่อไปนี้การโยกย้ายห่วงแล้วจะต้องย้ายออกจาก / ลงโครงสร้างกลับไปใน / ถึงการตั้งค่าใช้งานเว็บไซต์เอนไซม์สำหรับรอบต่อไปของปฏิกิริยา.
ข้อมูลที่รายงานในที่นี้รองรับรูปแบบนี้ในการที่ระดับของการกลายพันธุ์ที่แตกต่างกันในแต่ละ compromises อัตรา เหตุการณ์ที่เกิดขึ้นในระดับโมเลกุลที่แยกต่างหากที่นำไปสู่ผลกระทบที่พบในการรวมตัวกันเบื่อหน่ายเดียวและกิจกรรมโดยรวม ชั้นกลายพันธุ์ฉันมีคุณสมบัติพื้นเมืองเหมือนกันในการที่พวกเขารวมทั้งสามนิวคลีโอในการทดสอบการรวมตัวเดี่ยวเบื่อหน่ายพวกเขาก็ยังแสดงความหลากหลายของกิจกรรมในโพลี (A) การทดสอบการยืดตัว -templated ชั้นที่สองสายพันธุ์ที่มีการโยกย้ายขาดเพราะ Gly289 จะถูกแทนที่ด้วยอะลานีน จำกัด มีความยืดหยุ่นกระดูกสันหลังภายในวงและผลในความหนาแน่นของอิเล็กตรอนโปร่งใสแสดงล็อกลูปในการก่อสร้างใน / ขึ้นโครงสร้าง ล็อคของวงนี้เป็นผลที่โดดเด่นในการที่ C290I สมาธิและการกลายพันธุ์ C290V สูญเสียกิจกรรมการยืดตัว processive เมื่อรวมกับ G289A Class III กลายพันธุ์แทนที่ Cys290 ที่มีประจุลบกรดอะมิโนที่ไม่สามารถฝังอยู่ในกระเป๋าไม่ชอบน้ำและมีความโดดเด่นโดยไม่สามารถที่จะได้รับแม้กระทั่งรอบเดียวนอกจากนี้เบื่อหน่าย.
นอกจากนี้ยังมีหลักฐานสำหรับการเปลี่ยนแปลงของวงโพลิเมอร์โปลิโอจากการศึกษา NMR ของ 3Dpol คอมเพล็กซ์ -RNA ในการแสดงตนและการขาดการ NTPs เพิ่ม ในการศึกษา 13C ของ methionines ยางและคณะ ตั้งข้อสังเกตว่าการเปลี่ยนแปลงทางเคมีของการเปลี่ยนแปลงเสียงสะท้อนเมทิล Met187 อย่างมีนัยสำคัญเมื่อ RNA ผูกพันแล้วอย่างละเอียดมากขึ้นนอกจากนี้เมื่อเบื่อหน่ายในรูปแบบที่ไม่ใช่การผลิตตัวเร่งปฏิกิริยาที่ซับซ้อน [24] Met187 รูปแบบหนึ่งด้านข้างของกระเป๋าผูกพันสำหรับ Cys290 และในแง่ของโครงสร้างข้อมูลของเรามีการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญในการเปลี่ยนแปลงทางเคมีเมื่อ RNA ผูกพันอาจจะสะท้อนให้เห็นถึงที่ฝังศพของวงในกระเป๋า การเปลี่ยนแปลงที่ลึกซึ้งยิ่งขึ้นนอกจากนี้เมื่อ NTP อาจจะเป็นเพราะการปิดการใช้งานเว็บไซต์ที่ Ser288 พลิกจากบนลงล่างที่มีการเปลี่ยนแปลงเพียงเล็กน้อยในการวางตำแหน่งของ Cys290 นอกจากนี้ยังเป็นที่น่าสังเกตว่า Met286 ซึ่งเป็นแนวเส้นทแยงมุมตรงข้ามของกระเป๋าจาก Met187 ไม่ได้ผลิต

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การเคลื่อนไหวของกากมันออกมาจากกระเป๋า ) และต่อการใช้งานเว็บไซต์ที่พร้อมเสมอโดย ser288 ในโครงสร้างลงได้จึงถูกกำหนดเป็น / ลง เมื่อเปลี่ยนจาก / ลงในแบบเป็นโปลิโอไวรัส 3dpol EC โครงสร้าง [ 8 ] มีชัดเจนเอขัดแย้งระหว่างห่วงและกระดูกสันหลังของ RNA แม่แบบเกลียว ( รูปที่ 43 )นี้แสดงให้เห็นว่าออกโครงสร้างไม่สามารถอยู่ร่วมกับ RNA ใน catalytically สามารถลงทะเบียนและสังเกตการเปลี่ยนโครงสร้างภายในวงอาจจะเกี่ยวข้องในการส่งเสริมการเคลื่อนไหวของ RNA ผ่านเว็บไซต์ที่ใช้งานอยู่
จลนพลศาสตร์ของ 3dpol ได้แสดงให้เห็นว่า ใน polymerases อื่น ๆ , วงจรปฏิกิริยา สามารถแบ่งออกเป็น 5 ขั้นตอน ( ซึ่งแยก 22 ]ในขั้นตอนเหล่านี้ ก็มักจะมีโครงสร้างสองการเปลี่ยนแปลงที่ขนาบข้างฟ ฟอริลโอนแรกตำแหน่ง NTP ผ่านเว็บไซต์ที่ใช้งานและสอง translocates กรดนิวคลีอิกต่อปฏิกิริยา rnadependent RNA ไวรัส polymerases มีนิ้วที่โดเมนที่เข้าถึงผ่านเว็บไซต์ที่ใช้งานอยู่ และจะโยงไปยังโดเมนง่ายๆของพวกเขาเลขนาดใหญ่นิ้วที่สามารถแสดงโดเมนของการจัดให้ ntps สำหรับปฏิกิริยา เอนไซม์เหล่านี้แทนการใช้สีสันในการปิดเว็บไซต์ที่ใช้งานของพวกเขาผ่านการปรับปรุงโครงสร้างใหม่ของลวดลายและ D ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของโดเมน 8,23 [ ปาล์ม ] การ rdrps ไวรัสขาดแบบโครงสร้างของ tyr639 และนิ้วมือโดเมน o-helix แรงจูงใจทำให้โอกาสที่รายละเอียดระดับโมเลกุลกลไกโยกย้ายแตกต่างกันมากจากที่ของ polymerases templated ดีเอ็นเอ .
บนพื้นฐานของข้อมูล เรานำเสนอรูปแบบเพื่อการเปลี่ยนแปลงเชิงโครงสร้างระหว่างไอโซบาร์ 3dpol เร่งรอบเพื่อโครงสร้างอื่นของ 288 ( 292 ห่วงสำคัญสำหรับตำแหน่ง NTP และโยกย้าย ( มะเดื่อ 5B )โครงสร้างเหล่านี้เป็นตัวแทนของตัวกลางจะตามหกรัฐเร่งรอบพบในโครงสร้างของ กกต. โปลิโอไวรัส [ 8 ] รอบการเริ่มต้นด้วยห่วงใน / ขึ้นรูปที่พบในต้นฉบับโปลิโอไวรัส 3dpol เกี่ยวกับโครงสร้าง [ 10 ] จากทั้งหมด 3dpol – NTP เชิงซ้อน [ 13 ] และ EC รัฐ 1 โครงสร้างของ ECS [ 8,21 ] ต่อไปser288 พลิกลงต่อไซต์งาน ส่งผลให้ / ลงโครงสร้างที่เห็นใน c290i c290v เดียวและสายพันธุ์ของเรา การ ser288 พลิกจากผลในการก่อตัวของพันธะไฮโดรเจนระหว่าง ser288 และ asp238 ที่แข่งขันกับและอ่อนตัวที่มีอยู่และพันธะไฮโดรเจนระหว่าง asp238 asn297 ซึ่งต้องถูกทำลายเพื่อรองรับ NTP ในไซต์งานของโครงสร้างของ ECการเปลี่ยนแปลงจาก / ขึ้น / ลง สามารถตีความเป็นขั้นตอนกลางระหว่างเริ่มต้น NTP ผูกเหตุการณ์ ( EC รัฐ 2 ) และลดลงใน catalytically NTP เชี่ยวชาญปิดการใช้งานเว็บไซต์ ( EC รัฐ 3 ) ที่จัดตั้งขึ้นใหม่ ser288 – asp238 พันธะไฮโดรเจนเล่นบทบาทสำคัญในการจัดเรียงรูปแบบสำหรับปฏิกิริยาการ ser288 พลิกลงมาพร้อมกับการสูญเสียสี่พันธะไฮโดรเจนระหว่างเบสของนิ้วนางและห่วงตัวเอง เช่นเดียวกับการหยุดชะงักของเกลือ และสะพานเชื่อมระหว่าง asp177 lys61 ( รูปที่ 3A และ B ) ปล่อยพลังของข้อจำกัดเหล่านี้สะท้อนให้เห็นถึงการเปลี่ยนแปลงสำคัญในการใช้งานเว็บไซต์พันธะไฮโดรเจนเรขาคณิตที่กำหนดขั้นตอนของปฏิกิริยาใน EC สภาพโครงสร้าง [ 8 ]หลังจากเร่ง , RNA ต้อง translocated เพื่อตั้งค่าเว็บไซต์ที่ใช้งานสำหรับรอบต่อไปของการเพิ่มเบส . เราขอเสนอให้เปลี่ยนจากเพื่อออกของห่วงเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับขั้นตอนนี้ และว่า การเปลี่ยนแปลงนี้ต้องใช้หลักความยืดหยุ่นของ gly289 กากที่มีมากใน rdrps .การ g289a ขีดจำกัดความยืดหยุ่นและโครงสร้างกระดูกสันหลังการกลายพันธุ์ล็อคห่วงอยู่ในโครงสร้าง เป็นผลในการโยกย้ายที่ขาด polymerases . ต่อไปนี้การโยกย้าย , ห่วงต้องย้ายจากออก / ลงข้อมูลไปใน / ขึ้นเพื่อตั้งค่าเอนไซม์แอคทีฟไซต์สำหรับรอบต่อไปของ
ปฏิกิริยาข้อมูลรายงานนี้สนับสนุนรูปแบบนี้ในแต่ละชั้นเรียนของสายพันธุ์ต่างกัน บั่นทอนคะแนนกิจกรรมที่แยกโมเลกุล นําไปสังเกตผลประสานซิงเกิลนิวคลีโอไทด์และกิจกรรมโดยรวม ผมเรียนได้เหมือนคุณสมบัติในสายพันธุ์พื้นเมืองที่พวกเขารวม 3 นิวคลีโอไทด์ในยีนเดี่ยว ( ประสาน ,