Population genomic identification o

Population genomic identification of drug-resistance elements/Information on in vitro SbV-resistance was available for 50/191 Core 191 isolates, from which 25 were sensitive and 25 resistant (Supplementary file 1). Links between genetic diversity (SNP, indel, CNV and somy) and in vitro SbV-resistance were assessed using the Fisher Exact test (FET), Mann Whitney U-tests (MWU) and odds ratios (ORs), implemented on 103 CNVs and 17 indels (in 14 genes) as well as 2,392 phased SNPs genotypes. SNPs were assigned to the 5’ and 3’ UTR if they were within 1 kb of the start or end of the gene (respectively). To counter bias associated with the small sample size, FET and MWU were used initially. For the FET, variants were defined as discrete variables: SNPs as 0, 1 or 2 non-reference alleles, and small indels as the diploid number of inserted or deleted basepairs. For the MWU, mutations were considered as a continuous variable such that the somy state was the haploid chromosome state, and CNVs were the haploid copy number times the somy state. The null hypothesis was that there were no significant genetic differences between SbV-R and SbV-S strains (subject to p < 0.01). The FETs and MWU were limited by the partial association of different mutations with the phenotypes, so we examined ORs of the derived alleles segregating in multiple ISC populations with 6+ non-reference alleles for which the absolute difference in SbV-R and SbV-S allele frequencies > 0.1 using the log-scaled EC50 values. We compared the log-scaled EC50 values of each allele pair using t-tests.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การจำแนกจีโนมของประชากรขององค์ประกอบการดื้อยา / ข้อมูลเกี่ยวกับการต้านทาน SbV ในหลอดทดลอง มีให้สำหรับ 50/191 Core 191 ที่แยกได้ โดยที่ 25 ตัวมีความไวและ 25 ตัวต้านทาน (ไฟล์เสริม 1) การเชื่อมโยงระหว่างความหลากหลายทางพันธุกรรม (SNP, อินเดล, CNV และโซมี) และการต้านทาน SbV ในหลอดทดลอง ได้รับการประเมินโดยใช้การทดสอบ Fisher Exact (FET), การทดสอบ Mann Whitney U-tests (MWU) และอัตราส่วนอัตราต่อรอง (OR) นำไปใช้กับ 103 CNV และ 17 อินเดล (ใน 14 ยีน) รวมถึงจีโนไทป์ SNP แบบแบ่งเฟส 2,392 SNP ถูกกำหนดให้กับ UTR 5 'และ 3' หากอยู่ภายใน 1 kb ของจุดเริ่มต้นหรือจุดสิ้นสุดของยีน (ตามลำดับ) เพื่อตอบโต้อคติที่เกี่ยวข้องกับขนาดตัวอย่างที่เล็ก จึงมีการใช้ FET และ MWU ในขั้นต้น สำหรับ FET ตัวแปรถูกกำหนดให้เป็นตัวแปรแยก: SNP เป็นอัลลีลที่ไม่อ้างอิง 0, 1 หรือ 2 ตัว และ indels ขนาดเล็กเป็นจำนวนซ้ำของคู่เบสที่แทรกหรือลบออก สำหรับ MWU การกลายพันธุ์ถือเป็นตัวแปรต่อเนื่อง เช่น สถานะโซมีคือสถานะโครโมโซมเดี่ยว และ CNV เป็นจำนวนสำเนาเดี่ยวคูณสถานะโซมี สมมติฐานว่างคือไม่มีความแตกต่างทางพันธุกรรมที่มีนัยสำคัญระหว่างสายพันธุ์ SbV-R และ SbV-S (ขึ้นอยู่กับ p <0.01) FET และ MWU ถูกจำกัดโดยความสัมพันธ์บางส่วนของการกลายพันธุ์ที่แตกต่างกันกับฟีโนไทป์ ดังนั้นเราจึงตรวจสอบ OR ของอัลลีลที่ได้รับซึ่งแยกจากประชากร ISC หลายกลุ่มด้วยอัลลีลที่ไม่ใช่การอ้างอิง 6+ อัน ซึ่งความแตกต่างสัมบูรณ์ใน SbV-R และ SbV-S ความถี่อัลลีล > 0.1 โดยใช้ค่า EC50 ที่ปรับขนาดตามบันทึก เราเปรียบเทียบค่า EC50 ตามระดับบันทึกของคู่อัลลีลแต่ละคู่โดยใช้การทดสอบที

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การระบุจีโนมประชากรขององค์ประกอบความต้านทาน /
ข้อมูลเชื้อดื้อยา SbV ในหลอดทดลอง สามารถนำไปใช้กับสายพันธุ์ 50/191 Core 191 ที่แยกได้ ได้แก่ สายพันธุ์ที่อ่อนไหว 25 สายพันธุ์ และดื้อยา 25 สายพันธุ์ (เอกสารเพิ่มเติม 1) การประเมินความเชื่อมโยงระหว่างความหลากหลายทางพันธุกรรม (SNP, indel, CNV และ somy) และการดื้อยา SbV ในหลอดทดลองโดยใช้การทดสอบความแม่นยำของ Fisher (FET), การทดสอบ Mann-Whitney U (MWU) และอัตราส่วนความได้เปรียบ (OR) ถ้า SNPs (ตามลำดับ) ภายใน 1kb ที่จุดเริ่มต้นหรือสิ้นสุดของยีนจะได้รับมอบหมายให้ 5' และ 3' UTR เพื่อชดเชยอคติที่เกี่ยวข้องกับขนาดตัวอย่างขนาดเล็กเดิมใช้ FET และ MWU สำหรับ FET ตัวแปรถูกกำหนดให้เป็นตัวแปรที่ไม่ต่อเนื่อง: SNPs คือ 0, 1 หรือ 2 อัลลีลที่ไม่อ้างอิงและ INDEL ขนาดเล็กคือจำนวนตัวตายตัวแทนของคู่ฐานที่แทรกหรือขาดหายไป สำหรับ MWU การกลายพันธุ์ถือเป็นตัวแปรที่ต่อเนื่องเพื่อให้สถานะของเซลล์ร่างกายเป็นสถานะโครโมโซมโมโนโครโมโซม CNVs

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การระบุจีโนมประชากรขององค์ประกอบความต้านทานยา
มีข้อมูลความต้านทานต่อSbVในหลอดทดลองของสายพันธุ์หลัก50/191ที่แยกได้191ซึ่งมีความไวและมีความต้านทาน25 (เอกสารเสริม1 ) การเชื่อมโยงระหว่างความหลากหลายทางพันธุกรรม( SNP,indel,CNVและsomy )และความต้านทานต่อSbVในหลอดทดลองได้รับการประเมินโดยใช้การทดสอบความแม่นยําของFisher,Mann Whitney U test ( MWU )และORsใน103 CNVsและ17หัว( 14ยีน)และ2392ยีนSNPs ถ้าSNPsอยู่ในช่วง1กิโลไบต์ของจุดเริ่มต้นหรือจุดสิ้นสุดของยีน(ตามลําดับ)พวกเขาจะถูกกําหนดให้เป็น5 'และ3 'UTR เพื่อชดเชยความเบี่ยงเบนที่เกี่ยวข้องกับขนาดตัวอย่างขนาดเล็กFETและMWUถูกใช้ในตอนแรก สําหรับFETความแปรปรวนถูกกําหนดให้เป็นตัวแปรแบบไม่ต่อเนื่อง: SNPsเป็น0,1หรือ2อัลลีลที่ไม่ใช่การอ้างอิงและindelsขนาดเล็กคือจํานวนไบนารีของคู่ฐานที่แทรกหรือขาด สําหรับMWUการกลายพันธุ์ถือเป็นตัวแปรต่อเนื่องดังนั้นสถานะsomaticคือสถานะโครโมโซมaploidในขณะที่CNVเป็นจํานวนสําเนาaploidคูณด้วยสถานะsomatic สมมติฐานที่ไม่ถูกต้องคือไม่มีความแตกต่างทางพันธุกรรมอย่างมีนัยสําคัญระหว่างสายพันธุ์SbV-rและSbV-s ( p <0. 01 ) ทารกในครรภ์และMWUถูกจํากัดด้วยความสัมพันธ์บางอย่างระหว่างการกลายพันธุ์ที่แตกต่างกันและฟีโนไทป์ดังนั้นเราจึงใช้ค่าEC 50ของลอการิทึมเพื่อตรวจหาหรือการแยกalleleที่เกิดขึ้นในประชากรหลายๆคนที่มีอัลลีลที่ไม่ใช่การอ้างอิง6 +ซึ่งความแตกต่างที่แน่นอนของความถี่ของอัลลีลSbV-RและSbV-S >0.1 เราใช้การทดสอบtเพื่อเปรียบเทียบค่าลอการิทึมEC50ของแต่ละคู่allele