An important milestone in Vigna gen

An important milestone in Vigna genomic research was
reached in 2014 with the completion of de novo sequencing
of VC1973A, its polyploid relative V. reflexo-pilosa var. glabra
(accession V1160), and its wild relative V. radiata var. sublobata
(accession TC1966), as well as the de novo assembly of RNAseq
data from of 22 accessions of 18 Vigna species, facilitating
advances in genomic research into the subgenus Ceratotropis
and providing insights into the evolution within Vigna species.
Kang et al. (2014) sequenced the mungbean genome using
Illumina HiSeq 2000 and GS FLX+, generating 2,748 scaffolds
with an N50 length of 1.62 Mb on a 431 Mb map (∼80% of
the 579 Mb estimated genome size). Sequence analysis revealed
22,427 high-confidence protein-coding genes and 160 Vigna
gene clusters. Furthermore, a high-density SNP linkage map was
constructed using 1,321 genotyping-by-sequencing (GBS) SNP
markers covering all 11 linkage groups from an F6 population of
190 recombinant inbred lines (RILs) based on a cross between
VC1973A and the Korean landrace V2985. Previously, only
low-resolution linkage maps were produced due to the limited
number of available markers; however, the high-density genetic
map produced in this study has an N50 length of 35.4 Mb,
covering a physical length of 314 Mb, which corresponds to 73%
of the total mungbean genome. The domestication history of
mungbean was traced by comparing sequence variants, such as
SNPs and insertions/deletions (INDELs), in wild and cultivated
mungbean, especially non-synonymous SNPs in exonic regions
related to domestication-related traits. Kang et al. (2014)
compared wild and cultivated mungbean genomes, revealing
2,922,833 SNPs at a frequency of 6.78 per kb. A total of
63,294 SNPs were detected in coding sequence (CDS) regions,
30,405 of which were non-synonymous, while 55,689 out of
342,853 INDELS were inserted/deleted bases located within genic
boundaries caused by frameshifts in 1,057 genes. A large set
of SSR markers (200,808 SSRs) will enhance future studies
aimed at identifying the interaction between markers and
QTLs, including those involved in biotic and abiotic stress
responses.mungbean genome (Gupta et al., 2014). Using 12,596 EST
sequences from mungbean genotype ‘Jangannokdu’ generated by
Moe et al. (2011), SSRs were retrieved through data mining,
including 1,848 EST sequences carrying 2,299 SSR motifs. Of
these ESTs, 1,738 (94%) were simple SSRs (perfect and imperfect)
and 110 (6%) were compound SSRs. Among the repeat motifs
detected, tri-nucleotide motifs (48%) were the most abundant,
followed by di-nucleotide motifs (25%), tetra-nucleotide motifs
(15%), hexa-nucleotide motifs (7%), and penta-nucleotide motifs
(5%). A total of 97 PCR primers were designed based on these
EST-SSRs and were successfully amplified in two mungbean
cultivars, TM96-2 and TARM-18, revealing that ∼45 and 55%
of the SSR motifs were located in CDS and untranslated regions
(UTRs), respectively. In addition, 27 randomly selected genic
SSR markers were used to analyze the genetic diversity among
20 mungbean accessions. Polymorphism was observed in 21
(78%) genic SSR markers, with a PIC value of 0.34. Chavan and
Gacche (2014) also identified EST-SSR markers based on available
sequences from the NCBI database for mungbean, including 829
ESTs, 83 GSS (genomic survey sequences), and 2,903 nucleotides.
In 2015, to enhance the efficiency of SSR isolation, SSR-enriched
libraries were constructed using six genotypes of mungbean
(ACC41, VC1973A, V2709, C01478, C01558, and C01579), and
a total of 308,509 SSRs (56.9% simple and 43.1% compound)
were discovered (Wang et al., 2015). In both studies, the most
frequently detected motifs were AC/GT and AAC/GTT.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

มีความสำคัญในการวิจัยเพาะเลี้ยงออกเป็นมาถึงในปี 2557 ของ de novo ลำดับของ VC1973A ญาติของ polyploid V. reflexo pilosa บา(ทะเบียน V1160), และญาติของป่า V. radiata var. sublobata(ทะเบียน TC1966), เช่นเดียวกับแอสเซมบลี de novo ของ RNAseqข้อมูลจากของ accessions 22 พันธุ์ 18 Vigna อำนวยความสะดวกความก้าวหน้าในการวิจัยออกเป็นอยู่ Ceratotropisและการให้ข้อมูลเชิงลึกในการวิวัฒนาการภายในสายพันธุ์ที่เพาะเลี้ยงKang et al. (2014) เรียงลำดับใช้กลุ่มถั่วเขียวIllumina HiSeq 2000 และ GS FLX + สร้าง 2,748 scaffoldsด้วยความยาว N50 ของ 1.62 Mb บนแผนที่ 431 Mb (∼80%ขนาดจีโนมที่ 579 Mb โดยประมาณ) เปิดเผยการวิเคราะห์ความเชื่อมั่นสูง 22,427 รหัสโปรตีนยีนและ 160 Vignaกลุ่มยีน นอกจากนี้ SNP เชื่อมโยงแผนที่ความหนาแน่นสูงได้ใช้ SNP 1,321 genotyping โดยลำดับ (GBS)เครื่องหมายครอบคลุม 11 เชื่อมโยงจากประชากรเป็น F6190 recombinant เสถียรบรรทัด (RILs) ผสมระหว่างVC1973A และพันธุ์พื้นเมืองเกาหลี V2985 ก่อนหน้านี้ เท่านั้นแผนที่เชื่อมโยงความละเอียดต่ำเนื่องจากการจำกัดผลิตจำนวนมีเครื่องหมาย อย่างไรก็ตาม ความหนาแน่นสูงพันธุกรรมแผนที่ในการศึกษานี้มีความยาว N50 ของ 35.4 Mbครอบคลุมระยะทางกายภาพ 314 Mb ซึ่งตรงกับ 73%ของจีโนถั่วเขียวรวมกัน ประวัติ domestication ของติดตาม โดยการเปรียบเทียบตัวแปรลำดับ เช่นถั่วเขียวSNPs และการแทรก/ลบ (INDELs), ในป่า และปลูกถั่วเขียว โดยเฉพาะอย่างยิ่งไม่ใช่พ้อง SNPs ในภูมิภาค exonicที่เกี่ยวข้องกับลักษณะที่เกี่ยวข้องกับ domestication Kang et al. (2014)เมื่อเทียบกับป่า และปลูกถั่วเขียว genomes เปิดเผยSNPs 2,922,833 ที่ความถี่ของ 6.78 ต่อ kb ทั้งหมดพบ 63,294 SNPs ในการเข้ารหัสภูมิภาคลำดับ (ซีดี)30,405 ซึ่งก็ไม่ใช่พ้อง ในขณะที่ 55,689 จาก342,853 INDELS ถูกแทรก/ลบฐานอยู่ genicขอบเขตที่เกิดจาก frameshifts ในยีน 1,057 ชุดใหญ่ของ SSR เครื่องหมาย (200,808 SSRs) จะเพิ่มการศึกษาในอนาคตระบุการโต้ตอบระหว่างเครื่องหมาย และQTLs รวมทั้งผู้ที่เกี่ยวข้องในไบโอติก และ abiotic ความเครียดresponses.mungbean จีโนมที่ (คุปตะ et al. 2014) ใช้ 12,596 ESTลำดับจาก 'Jangannokdu' ที่สร้างขึ้นโดยจีโนไทป์ของถั่วเขียวMoe et al. (2011) SSRs ถูกเรียกใช้ผ่านการทำเหมืองข้อมูลรวมทั้งลำดับ EST 1,848 แบกลาย SSR 2,299 ของเหล่านี้ ESTs, 1,738 (94%) ได้ง่าย SSRs (สมบูรณ์ และไม่สมบูรณ์)และ 110 (6%) สาร SSRs ระหว่างลวดลายซ้ำตรวจพบ tri-นิวคลีโอไทด์ลาย (48%) ถูกสุดมากมายตาม ด้วยลวดลาย di-นิวคลีโอไทด์ (25%), tetra-นิวคลีโอไทด์มีลวดลาย(15%), ลวดลายเฮกซ่านิวคลีโอไทด์ (7%), และแบบห้องสแตนดาร์ดนิวคลีโอไทด์(5%). ทั้งหมด 97 PCR ไพรเมอร์ออกแบบมาตามนี้EST SSRs และถูกขยายเสร็จเรียบร้อยแล้วในถั่วเขียวสองสายพันธุ์ TM96-2 และ TARM-18, ∼45 ที่เปิดเผย และ 55%ของ SSR มีลวดลายอยู่ในซีดี และยังไม่ได้แปลภูมิภาค(UTRs), ตามลำดับ นอกจากนี้ 27 สุ่มเลือก genicใช้การวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมระหว่างเครื่องหมาย SSRaccessions ถั่วเขียว 20 พบว่า ความแตกต่างใน 21(78%) genic SSR เครื่องหมาย 0.34 มูลค่า PIC Chavan และGacche (2014) ยังระบุว่าเครื่องหมาย EST SSR อิงที่พร้อมใช้งานลำดับจากฐานข้อมูล NCBI สำหรับถั่วเขียว รวม 829ESTs, 83 GSS (ออกสำรวจลำดับ), และนิวคลีโอไทด์ 2,903ใน 2015 การเพิ่มประสิทธิภาพในการแยก SSR, SSR อุดมไลบรารีที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ถั่วเขียวพันธุ์หก(ACC41, VC1973A, V2709, C01478, C01558 และ C01579), และรวม 308,509 SSRs (56.9% ง่ายและ 43.1% สารประกอบ)ได้พบ (Wang et al. 2015) ในการศึกษาทั้งสอง มากที่สุดลวดลายที่พบบ่อยได้ AC/GT และ AAC/GTT.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เป็นก้าวสำคัญในการวิจัยจีโนม Vigna ถูก
ถึงในปี 2014 ด้วยความสมบูรณ์ของเดอโนโวลำดับ
ของ VC1973A, โพลีพลอยญาติวี reflexo-pilosa var ของมัน glabra
(ภาคยานุวัติ V1160) และป่าญาติ V. radiata var ของมัน sublobata
(ภาคยานุวัติ TC1966) เช่นเดียวกับการชุมนุมของเดอโนโว RNAseq
ข้อมูลจาก 22 สาย 18 สายพันธุ์ Vigna อำนวยความสะดวกใน
ความก้าวหน้าในการวิจัยจีโนมเข้าไปใน subgenus Ceratotropis
และให้ความรู้ความเข้าใจในวิวัฒนาการของภายใน Vigna ชนิด.
Kang et al, (2014) ติดใจจีโนมถั่วเขียวใช้
Illumina HiSeq 2000 และ GS FLX + สร้าง 2,748 โครง
มีความยาว N50 1.62 Mb บนแผนที่ 431 Mb (~80% ของ
579 Mb ขนาดจีโนมโดยประมาณ) การวิเคราะห์ลำดับเปิดเผย
22,427 สูงมั่นใจในยีนโปรตีนและการเข้ารหัส 160 Vigna
กลุ่มยีน นอกจากนี้มีความหนาแน่นสูงแผนที่ SNP การเชื่อมโยงที่ถูก
สร้างขึ้นโดยใช้ 1,321 genotyping โดยลำดับ (GBS) SNP
เครื่องหมายครอบคลุมทั้ง 11 กลุ่มเชื่อมโยงจากประชากร F6 ของ
190 สายพันธุ์แท้ recombinant (กลุ่มที่แสดง) ตามข้ามระหว่าง
VC1973A และแลนด์เรซเกาหลี V2985 ก่อนหน้านี้เพียง แต่
ความละเอียดต่ำแผนที่เชื่อมโยงการผลิตเนื่องจากการ จำกัด
จำนวนของเครื่องหมายที่สามารถใช้ได้; อย่างไรก็ตามทางพันธุกรรมที่มีความหนาแน่นสูง
แผนที่ที่ผลิตในการศึกษาครั้งนี้มีความยาว N50 35.4 ล้านบาท
ครอบคลุมความยาวทางกายภาพของ 314 ล้านบาทซึ่งสอดคล้องกับ 73%
ของจีโนมถั่วเขียวทั้งหมด ประวัติความเป็นมาของ domestication
ถั่วเขียวได้รับการตรวจสอบโดยการเปรียบเทียบสายพันธุ์ลำดับเช่น
SNPs และแทรก / ลบ (indels) ในป่าและเพาะปลูก
ถั่วเขียว SNPs โดยเฉพาะอย่างยิ่งที่ไม่ตรงกันในภูมิภาค exonic
ที่เกี่ยวข้องกับลักษณะ domestication ที่เกี่ยวข้อง Kang et al, (2014)
เมื่อเทียบกับป่าและเพาะปลูกถั่วเขียวจีโนมเผยให้เห็น
2,922,833 SNPs ที่ความถี่ต่อ KB 6.78 รวม
63,294 SNPs ถูกตรวจพบในการเข้ารหัสลำดับ (CDS) ภูมิภาค
30,405 ซึ่งก็ไม่ใช่ความหมายเหมือนกันในขณะที่ 55,689 จาก
342,853 indels เสียบ / ฐานที่ตั้งอยู่ภายในลบ Genic
ขอบเขตที่เกิดจาก frameshifts ใน 1,057 ยีน ชุดใหญ่
ของเครื่องหมาย SSR (200,808 SSRs) จะช่วยเพิ่มการศึกษาในอนาคต
มุ่งเป้าไปที่การระบุการมีปฏิสัมพันธ์ระหว่างเครื่องหมายและ
QTLs รวมทั้งผู้ที่เกี่ยวข้องในความเครียดชีวิตและ Abiotic
จีโนม responses.mungbean (Gupta et al., 2014) โดยใช้ 12,596 EST
ลำดับจากจีโนไทป์ถั่วเขียว 'Jangannokdu' สร้างโดย
Moe et al, (2011), SSRs ถูกดึงผ่านการทำเหมืองข้อมูล
รวมถึง 1,848 ลำดับ EST แบก 2,299 SSR ลวดลาย ของ
โคลนเหล่านี้ 1,738 (94%) เป็น SSRs ง่าย (ที่สมบูรณ์แบบและไม่สมบูรณ์)
และ 110 (6%) เป็นสารประกอบ SSRs ท่ามกลางลวดลายซ้ำ
ตรวจพบลวดลาย Tri-เบื่อหน่าย (48%) มีความอุดมสมบูรณ์มากที่สุด
ตามด้วยลวดลาย di-เบื่อหน่าย (25%), ลวดลาย Tetra เบื่อหน่าย
(15%), ลวดลาย Hexa เบื่อหน่าย (7%) และ Penta ลวดลาย -nucleotide
(5%) รวมเป็น 97 ไพรเมอร์ PCR ได้รับการออกแบบบนพื้นฐานเหล่านี้
EST-SSRs และถูกขยายประสบความสำเร็จในสองถั่วเขียว
พันธุ์ TM96-2 และ TARM-18 เผยให้เห็นว่า ~45 และ 55%
ของลวดลาย SSR อยู่ในแผ่นซีดีและภูมิภาคที่ไม่ได้แปล
( UTRs) ตามลำดับ นอกจากนี้ยังมีการสุ่มเลือก 27 Genic
เครื่องหมาย SSR ถูกนำมาใช้ในการวิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมในหมู่
20 สายถั่วเขียว polymorphism พบว่าใน 21
(78%) เครื่องหมาย SSR Genic มีมูลค่าของ PIC 0.34 Chavan และ
Gacche (2014) นอกจากนี้ยังระบุเครื่องหมาย EST-SSR อยู่บนพื้นฐานที่มีอยู่
ลำดับจากฐานข้อมูล NCBI สำหรับถั่วเขียวรวมทั้ง 829
ESTs 83 GSS (ลำดับการสำรวจจีโนม) และ 2,903 นิวคลีโอ.
ในปี 2015 เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของ SSR แยก SSR อุดม
ห้องสมุดที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้หกสายพันธุ์ของถั่วเขียว
(ACC41, VC1973A, V2709, C01478, C01558 และ C01579) และ
รวมเป็น 308,509 SSRs (56.9% ที่เรียบง่ายและสารประกอบ 43.1%)
ถูกค้นพบ (Wang et al., 2015 ) ในการศึกษาทั้งสองมากที่สุด
ที่พบบ่อยลวดลายเป็น AC / GT และ AAC / GTT

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ก้าวสำคัญในการวิจัยจีโนมได้ = bถึงปี 2014 มีความสมบูรณ์ของธรรมชาติอีกครั้งของ vc1973a ของญาติ reflexo pilosa var glabra ในสวี( หนังสือ v1160 ) และป่าญาติ V . radiata ) sublobata( หนังสือ tc1966 ) เช่นเดียวกับอีกครั้งประกอบ rnaseqข้อมูลจาก 22 รวม 18 ชนิดได้แก่เห็ด ,ความก้าวหน้าในการวิจัยจีโนมใน ceratotropis subgenusและการให้ข้อมูลเชิงลึกในวิวัฒนาการภายในเห็ดชนิดคัง et al . ลำดับจีโนมถั่วเขียว ( 2014 ) ที่ใช้Illumina hiseq 2000 และ GS flx + สร้าง 2748 นั่งร้านที่มีความยาวถึง 50 MB บนแผนที่∼ 431 MB ( 80% ของ579 MB โดยประมาณที่จีโนมขนาด ) การวิเคราะห์ลำดับ เปิดเผย22427 ความมั่นใจการเข้ารหัสยีนและโปรตีนสูง 160 = bกลุ่มยีน นอกจากนี้ ยังมีการเชื่อมโยงที่มี SNP แผนที่คือสร้างโดยใช้ลำดับการอ่านด้วยสิ ( GBS ) SNPเครื่องหมายครอบคลุมทั้งหมด 11 กลุ่มเชื่อมโยงจาก F6 ประชากรของ190 ~ i สายพันธุ์แท้ ( rils ) ตามข้ามระหว่างvc1973a และ v2985 พันธุ์พื้นเมืองของเกาหลี ก่อนหน้านี้เท่านั้นแผนที่ความละเอียดต่ำถูกผลิตเนื่องจากการ จำกัดจำนวนของเครื่องหมายที่มีอยู่ อย่างไรก็ตาม ความหนาแน่นสูง ทางพันธุกรรมแผนที่ที่ผลิตในการศึกษานี้มี 50 ความยาว 35.4 MB ,ครอบคลุมความยาวทางกายภาพของ 314 Mb ซึ่งสอดคล้องกับ 73 ,ของจีโนมถั่วเขียวทั้งหมด การทำให้เชื่องประวัติถั่วเขียวถูกติดตามโดยการเปรียบเทียบลำดับตัวแปร เช่นและ snps แทรก / ลบ ( indels ) ในป่าและปลูกถั่วเขียว โดยเฉพาะอย่างยิ่งไม่ตรงกัน snps ในภูมิภาค exonicที่เกี่ยวข้องกับลักษณะ domestication ที่เกี่ยวข้อง . คัง et al . ( 2014 )เมื่อเทียบกับป่า และปลูกถั่วเขียว Genomes , เปิดเผย2922833 snps ที่ความถี่ของ 6.78 ต่อกิโลไบต์ รวม63294 snps ถูกตรวจพบในลำดับการเข้ารหัส ( CDS ) ภูมิภาค30405 ซึ่งไม่ตรงกัน ขณะที่ 55689 ออกจาก342853 indels ถูกแทรก / ลบทำให้เป็นฐานอยู่ภายในรอยที่เกิดจาก frameshifts ในหลายยีน ชุดใหญ่ของเครื่องหมาย SSR ( 200808 ssrs ) จะเพิ่มประสิทธิภาพการศึกษาในอนาคตมีอุณหภูมิและปฏิสัมพันธ์ระหว่างเครื่องหมายตำแหน่ง รวมทั้งผู้ที่เกี่ยวข้องในการมีชีวิตและไม่มีชีวิตได้อย่างเหมาะสม ความเครียดresponses.mungbean จีโนม ( Gupta et al . , 2010 ) การใช้ 12596 ���ลำดับจากพันธุกรรม " " ที่สร้างขึ้นโดย jangannokdu ถั่วเขียวโมเอะ et al . ( 2011 ) ssrs ถูกดึงผ่านการทำเหมืองข้อมูลรวมทั้ง 1848 EST ลำดับแบก 2299 SSR ลวดลาย ของฐานข้อมูลเหล่านี้ ค.ศ. 1738 ( 94 ) ssrs ง่าย ( ที่สมบูรณ์และไม่สมบูรณ์ )และ 110 ( 6 เปอร์เซ็นต์ ) มีค่า ssrs สารประกอบ ระหว่างย้ำลวดลายตรวจพบไตรนิวคลีโอไทด์ลวดลาย ( ร้อยละ 48 ) มีชุกชุมมากที่สุดตามด้วยไดนิวคลีโอไทด์ลวดลาย ( 25% ) , เตตร้านิวคลีโอไทด์ลวดลาย( 15% ) , เเบสลวดลาย ( 7% ) และ Penta นิวคลีโอไทด์ลวดลาย( 5% ) ทั้งหมด 97 PCR ไพรเมอร์ที่ออกแบบบนพื้นฐานเหล่านี้EST ssrs และเรียบร้อยแล้วขยายสองถั่วเขียวพันธุ์ และ tm96-2 tarm-18 เปิดเผยว่า ∼ 45 และ 55 เปอร์เซ็นต์ของ SSR ลายอยู่ในแผ่นซีดีและแปลภาค( utrs ) ตามลำดับ นอกจากนี้ยังทำให้เป็น 27 สุ่มเลือกเครื่องหมาย SSR วิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมของ20 สายพันธุ์ถั่วเขียว polymorphism พบว่าใน 21( 78% ) ทำให้เป็น SSR markers กับค่ารูป 0.34 . chavan และgacche ( 2014 ) ยังระบุเครื่องหมาย est-ssr บนพื้นฐานของลำดับจากฐานข้อมูล ncbi ถั่วเขียว รวม 829ฐานข้อมูลสนับสนุนงาน 83 ( จีโนมลำดับนิวคลีโอไทด์และสำรวจ ) , โฆษณาฟรี .ในปี 2558 เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของการแยก SSR SSR , อุดมสมบูรณ์ห้องสมุดถูกสร้างโดยใช้ถั่วเขียว 6 พันธุ์( acc41 vc1973a v2709 c01478 , , , , c01558 และ c01579 )รวม 308509 ssrs ( 56.9 % ง่ายและ 43.1 % ผสม )ถูกค้นพบ ( Wang et al . , 2015 ) ทั้งการศึกษา มากที่สุดมักตรวจพบลวดลายเป็นแบบ AC / AAC / gtt .