2.2. Computational designThe calmod

2.2. Computational design
The calmodulin (CaM) mutant, whose gene construction is described
here, was computationally designed in our previous study
(Yosef et al., 2009) using the protein design program ORBIT
(Dahiyat and Mayo, 1997) to improve its affinity and specificity
for the CaM target protein, CaMKII. The binding interface residues
of CaM were redesigned simultaneously while side-chains in
CaMKII were repacked so as to produce optimal interactions across
the binding interface. The resulting CaM mutant, referred to as
(a = 2.5; b = 1.0) in our previous manuscript (Yosef et al., 2009), contains
9 mutations located throughout the CaM binding interface.
In the second example, a library of the b1 domain of the streptococcal
protein G (Gb1) mutants was constructed with eventual
intention of converting this protein into a novel ligand for Ras
(Herrmann, 2003). Briefly, we first modeled a complex between
Ras and Gb1 using the computational procedure developed by
our group (Erijman et al., unpublished results), and then selected
the residues on the Gb1 surface (Gronenborn et al., 1991) that were

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.2 การคำนวณออกแบบMutant calmodulin (CaM) ก่อสร้างยีนที่อธิบายไว้ที่นี่ computationally ออกแบบมาในการศึกษาก่อนหน้านี้ของเรา(โยเซฟอัก et al., 2009) โดยใช้โปรแกรมออกแบบโปรตีนวงโคจร(Dahiyat และ Mayo, 1997) เพื่อปรับปรุงความสัมพันธ์ความ specificityสำหรับกล้องเป้าหมายโปรตีน CaMKII ตกติดต่อผูกของกล้องถูกออกแบบใหม่พร้อมกันในขณะที่โซ่ด้านในCaMKII มี repacked เพื่อโต้ตอบเหมาะสมที่สุดในการผลิตอินเทอร์เฟซรวม Mutant CaM ได้ เรียกว่า(เป็น = 2.5; b = 1.0) ในฉบับก่อนหน้านี้ของเรา (โยเซฟอัก et al., 2009),กลายพันธุ์ 9 อยู่ทั่วอินเตอร์เฟซรวม CaMในตัวอย่างที่สอง b1 โดเมนของ streptococcal ในไลบรารีสายพันธุ์ G (Gb1) โปรตีนถูกสร้างขึ้น ด้วยในความตั้งใจของแปลงโปรตีนนี้เป็นลิแกนด์นวนิยายสำหรับรา(เฮอร์มานน์ 2003) สั้น ๆ เราต้องจำลองที่ซับซ้อนระหว่างราและ Gb1 พัฒนาโดยใช้กระบวนการคำนวณโดยกลุ่มของเรา (Erijman et al. ยกเลิกประกาศผล), และจากนั้น เลือกตกค้างบนผิว Gb1 (Gronenborn et al., 1991) ที่ได้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.2 การคำนวณออกแบบ
Calmodulin (Cam) กลายพันธุ์ของยีนที่มีการก่อสร้างที่อธิบายไว้
ที่นี่ได้รับการออกแบบคอมพิวเตอร์ในการศึกษาก่อนหน้านี้
(โยเซฟ et al., 2009) โดยใช้โปรแกรมการออกแบบ ORBIT โปรตีน
(Dahiyat และมายอ 1997) ที่จะปรับปรุงความสัมพันธ์และความจำเพาะของตน
สำหรับโปรตีนเป้าหมายบ CaMKII มีผลผูกพันตกค้างอินเตอร์เฟซ
ของลูกเบี้ยวการออกแบบไปพร้อม ๆ กันในขณะที่ด้านเครือข่ายใน
CaMKII ถูก repacked เพื่อผลิตปฏิสัมพันธ์ที่ดีที่สุดใน
อินเตอร์เฟซที่มีผลผูกพัน กลายพันธุ์ที่เกิด CaM เรียกว่า
(= 2.5 ข = 1.0) (. โยเซฟและคณะ, 2009) ในต้นฉบับเดิมของเราที่มี
การกลายพันธุ์ที่ 9 ตั้งอยู่ทั่วอินเตอร์เฟซที่มีผลผูกพัน CaM
ในตัวอย่างที่สอง, ห้องสมุดของ b1 โดเมนของ streptococcal
โปรตีน G (gB1) การกลายพันธุ์ที่ถูกสร้างขึ้นด้วยในที่สุด
ความตั้งใจของการแปลงโปรตีนนี้เข้าไปในแกนด์ใหม่สำหรับ Ras
(มานน์ 2003) สั้น ๆ ครั้งแรกที่เราจำลองที่ซับซ้อนระหว่าง
Ras และ gB1 ใช้วิธีการคำนวณการพัฒนาโดย
กลุ่มของเรา (Erijman et al., ผลไม่ได้) แล้วเลือก
ตกค้างบนพื้นผิว gB1 (Gronenborn et al., 1991) ที่ได้รับการ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.2 . การคำนวณออกแบบ
คาลโมดูลิน ( CAM ) ที่มียีนกลายพันธุ์ การอธิบาย

ที่นี่คือ computationally ออกแบบในการศึกษาก่อนหน้านี้ ( โยเซฟ et al . , 2009 ) โดยใช้โปรตีนในการออกแบบโปรแกรมโคจร
( dahiyat และ Mayo , 1997 ) เพื่อปรับปรุงความสัมพันธ์และความจำเพาะ
สำหรับแคมเป้าหมายโปรตีน camkii . อินเตอร์เฟซที่ตกค้างผูกพัน
ของกล้องถูกออกแบบพร้อมกันในขณะที่โซ่ข้างใน
camkii เป็นแพคใหม่อีกครั้งเพื่อสร้างปฏิสัมพันธ์ที่เหมาะสมทั่วประเทศ
อินเตอร์เฟซที่มีผลผูกพัน ส่งผลให้แคมกลายพันธุ์ที่เรียกว่า
( = 2.5 ; b = 1.0 ) ในบทความก่อนหน้านี้ของเรา ( โยเซฟ et al . , 2009 ) มี
9 การกลายพันธุ์ตั้งอยู่ทั่วแคมผูก interface .
ในตัวอย่างที่สอง , ห้องสมุดของ streptococcal
B1 โดเมนของโปรตีน G ( gb1 ) มนุษย์กลายพันธุ์ถูกสร้างขึ้นด้วยในที่สุด
ความตั้งใจแปลงโปรตีนนี้เป็นระบบใหม่สำหรับ Ras
( Wolfgang , 2003 ) สั้นเราแรกสร้างที่ซับซ้อนระหว่าง
ราส gb1 โดยใช้คอมพิวเตอร์และกระบวนการพัฒนาโดย
กลุ่มของเรา ( erijman et al . , ประกาศผล ) , และจากนั้น เลือก
ตกค้างบนพื้นผิว gb1 ( gronenborn et al . , 1991 ) นั่นคือ