A 16S rRNA amplicon sequencing appr

A 16S rRNA amplicon sequencing approach was used to assess the impacts of cadmium (Cd) and zinc (Zn) contamination on populations of rhizobacteria on Siam weed (Chromolaena odorata (L.)). Bacterial communities were characterized using the Illumina MiSeq platform and the V6 hypervariable region of the 16S rRNA gene. Among the 54,026 unique operational taxonomic units (OTUs) identified, 99.7% were classified as bacteria and the rest were classified as archaea. Several dominant bacterial phyla were observed in all samples—Proteobacteria, Actinobacteria, Acidobacteria, Firmicutes and Bacteroidetes. These five phyla accounted for 89.2% of all OTUs identified among all sites, and only two OTUs could not be classified to a phylum. Comparison among samples containing low and high levels of Cd contamination using nonparametric Shannon and Shannon diversity indices showed that soils with low levels of diversity had a higher level of Cd (p < 0.05). These results indicated that levels of Cd may significantly alter bacterial species selection. The Cd- and Zn-resistant bacteria from each sample were subjected to heavy-metal minimum inhibitory concentration (MIC) analyses. The MIC values obtained from 1152 isolates were used to individually analyze the pattern of gene function using the BioNumerics software. The results of this analysis showed that 26.7% of the bacteria were resistant to Cd concentrations up to 320 mg/L and only 2.3% of bacteria were resistant to Zn at concentrations up to 3200 mg/L. The MIC analyses indicated that the number of resistant bacteria decreased with increasing metal concentrations and those bacteria resistant to Cd and Zn may contain more than one group of metal-resistance genes.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

16S rRNA วิธี amplicon ลำดับถูกใช้ในการประเมินผลกระทบของแคดเมียม (Cd) และสังกะสี (Zn) การปนเปื้อนในประชากร rhizobacteria สยามวัชพืช (สาบเสือ ( L. )) ชุมชนแบคทีเรียมีลักษณะการใช้แพลตฟอร์ม Illumina MiSeq และ V6 ภูมิภาค hypervariable ของยีน 16S rRNA ท่ามกลาง 54,026 หน่วยที่ไม่ซ้ำกันในการดำเนินงานการจัดหมวดหมู่ (Otus) ระบุ 99.7% ถูกจัดให้เป็นเชื้อแบคทีเรียและส่วนที่เหลือถูกจัดให้เป็นเคีย หลายคนที่โดดเด่น phyla แบคทีเรียพบในกลุ่มตัวอย่าง Proteobacteria ทั้งหมด actinobacteria, Acidobacteria, Firmicutes และ Bacteroidetes เหล่านี้ห้า phyla คิดเป็น 89.2% ของทุก Otus ระบุในเว็บไซต์ทั้งหมดและมีเพียงสอง Otus ไม่สามารถจำแนกประเภท เปรียบเทียบระหว่างกลุ่มตัวอย่างที่มีระดับต่ำและระดับสูงของการปนเปื้อนแคดเมียมโดยใช้อิง Shannon และแชนนอนดัชนีความหลากหลายพบว่าดินที่มีระดับต่ำของความหลากหลายมีระดับที่สูงขึ้นของ CD (p <0.05) ผลการศึกษานี้ชี้ให้เห็นระดับของแผ่นซีดีที่อาจเปลี่ยนแปลงอย่างมีนัยสำคัญการเลือกสายพันธุ์ของเชื้อแบคทีเรีย แผ่น CD-และ Zn ทนแบคทีเรียจากแต่ละตัวอย่างถูกยัดเยียดให้น้อยที่สุดโลหะหนักเข้มข้น (MIC) การวิเคราะห์ ค่า MIC ได้รับจาก 1,152 สายพันธุ์ถูกนำมาใช้เป็นรายบุคคลวิเคราะห์รูปแบบของฟังก์ชั่นของยีนโดยใช้ซอฟแวร์ BioNumerics ผลการวิเคราะห์พบว่า 26.7% ของเชื้อแบคทีเรียที่ดื้อต่อความเข้มข้น Cd ถึง 320 มิลลิกรัม / ลิตรและมีเพียง 2.3% ของเชื้อแบคทีเรียที่ดื้อต่อ Zn ที่ความเข้มข้นถึง 3200 มิลลิกรัม / ลิตร การวิเคราะห์ MIC ชี้ให้เห็นว่าจำนวนแบคทีเรียทนลดลงด้วยการเพิ่มความเข้มข้นของโลหะและแบคทีเรียเหล่านั้นทนต่อซีดีและ Zn อาจมีมากกว่าหนึ่งกลุ่มของยีนต้านทานโลหะ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การเรียงลำดับไอคอน 16S rRNA มีการใช้ในการประเมินผลกระทบของแคดเมียม (ซีดี) และสังกะสี (Zn) การปนเปื้อนในประชากรของเหง้าในบริษัทสยามวัชพืช (โครโมโซม)) ชุมชนแบคทีเรียที่โดดเด่นด้วยการใช้แพลตฟอร์ม Illumina MiSeq และ V6 hypervariable ภูมิภาคของยีน 16S rRNA. ใน๕๔,๐๒๖การดำเนินงานที่ไม่ซ้ำกันจำแนกหน่วย (OTUs) ระบุ๙๙.๗% ถูกจัดเป็นเชื้อแบคทีเรียและส่วนที่เหลือถูกจัดเป็น archaea หลายแบคทีเรียที่โดดเด่นได้รับการปฏิบัติในตัวอย่างทั้งหมด— Proteobacteria, Actinobacteria, แบคทีเรีย, Firmicutes และเชื้อแบคทีเรีย. เหล่านี้ห้า phyla บัญชีสำหรับ๘๙.๒% ของ OTUs ทั้งหมดที่ระบุในเว็บไซต์ทั้งหมด, และเพียงสอง OTUs ไม่สามารถจัดประเภทให้ phylum. การเปรียบเทียบระหว่างตัวอย่างที่ประกอบด้วยระดับต่ำและสูงของการปนเปื้อนของ Cd โดยใช้ดัชนีความหลากหลายที่ไม่ใช่ของแชนนอนและ Shannon แสดงให้เห็นว่าดินที่มีระดับต่ำของความหลากหลายมีระดับที่สูงขึ้นของแผ่นซีดี (p < ๐.๐๕) ผลลัพธ์เหล่านี้ระบุว่าระดับของซีดีอาจเปลี่ยนแปลงการเลือกสายพันธุ์แบคทีเรียอย่างมีนัยสำคัญ. แบคทีเรียที่ทนต่อซีดีและ Zn จากแต่ละตัวอย่างได้รับการวิเคราะห์ความเข้มข้นขั้นต่ำของโลหะหนัก (ไมค์) ค่า MIC ที่ได้จาก๑๑๕๒แยกใช้ในการวิเคราะห์รูปแบบของการทำงานของยีนโดยใช้ซอฟต์แวร์ BioNumerics เป็นรายบุคคล ผลของการวิเคราะห์นี้แสดงให้เห็นว่า๒๖.๗% ของแบคทีเรียที่มีความทนทานต่อความเข้มข้นของซีดีถึง๓๒๐ mg/L และเท่านั้น๒.๓% ของแบคทีเรียที่มีความทนทานต่อ Zn ความเข้มข้นถึง๓๒๐๐ mg/L. การวิเคราะห์ไมค์ระบุว่าจำนวนของแบคทีเรียที่ทนต่อการลดลงด้วยความเข้มข้นของโลหะที่เพิ่มขึ้นและแบคทีเรียที่ทนต่อซีดีและ Zn อาจมีมากกว่าหนึ่งกลุ่มของยีนต้านทานโลหะ.

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ผลของแคดเมียมและสังกะสีต่อประชากรแบคทีเรียบริเวณรากสยามศึกษาโดยวิธี 16srrna ขยาย ชุมชนแบคทีเรียเป็นลักษณะโดยการใช้แพลตฟอร์ม ilumina miseq 16srrna v6 สูงและภูมิภาค 99.7 เปอร์เซ็นต์เป็นแบคทีเรียและส่วนที่เหลือเป็นแบคทีเรียโบราณใน OTU ที่ระบุไว้ บางชนิดของแบคทีเรียที่เหนือกว่าเช่นโปรตีนแอคติโนมัยซีสกรดแบคทีเรียแบคทีเรียผนังหนาและแบคทีเรียที่พบในตัวอย่างทั้งหมด ห้าประตูบัญชีสำหรับจำนวนทั้งหมดของจุดที่ตั้ง otus 89.2 เพียงสองไม่สามารถจัดเป็นหนึ่ง พบว่าดินที่มีระดับการปนเปื้อนซีดีต่ำมีปริมาณซีดีสูงกว่าดินที่มีระดับการปนเปื้อนซีดีต่ำ ผลการศึกษานี้ชี้ให้เห็นว่าระดับแคดเมียมอาจเปลี่ยนแปลงการเลือกชนิดของแบคทีเรีย การวิเคราะห์ปริมาณโลหะหนักในแบคทีเรียที่ทนต่อแคดเมียมและสังกะสีในแต่ละตัวอย่าง ค่าไมค์ที่ได้จาก 1152 แยกสายพันธุ์ที่ใช้ในการวิเคราะห์รูปแบบการทำงานของยีนโดยใช้ไบโอดิจิตอลซอฟต์แวร์ ผลการศึกษาพบว่า 26.7 เปอร์เซ็นต์ของแบคทีเรียมีความต้านทานต่อแคดเมียมสูงถึง 320-mg-l เท่านั้น 2.3 เปอร์เซ็นต์ของแบคทีเรียมีความต้านทานต่อสังกะสีถึง 3200-mg-l การวิเคราะห์ MIC แสดงให้เห็นว่าด้วยการเพิ่มขึ้นของความเข้มข้นของโลหะปริมาณแบคทีเรี อาจจะมีมากกว่าหนึ่งชุดของยีนต้านทานโลหะ