MSA programs were chosen based on d

MSA programs were chosen based on different algorithmic approaches beyond download
availability and popularity. All programs with their versions, URL for download and main
algorithms are presented in Table 1. The programs were run using their default parameters for
protein alignment with three exceptions: 1) MAFFT run in “auto” mode where, given the size
of the dataset analyzed, the L-INS-i (iterative refinement with consistency from local
pairwise alignment) method was mostly selected among the others; 2) POA run with the
BLOSUM62 substitution matrix since there is no default matrix for this program and the
input sequence order was preserved; 3) T-Coffee initially run in single-core mode and, when
necessary, the multi-core parameter was adjusted to use all sixteen hardware processors as
specified in “Computational cost assessment” section.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

โปรแกรม MSA ได้เลือกตามวิธี algorithmic อื่นนอกเหนือจากดาวน์โหลดความพร้อมและความนิยม โปรแกรมทั้งหมดของรุ่น URL สำหรับดาวน์โหลดและหลักอัลกอริทึมจะแสดงในตารางที่ 1 โปรแกรมถูกเรียกใช้โดยใช้พารามิเตอร์การเริ่มต้นสำหรับโปรตีนสอดคล้องกับข้อยกเว้น 3: 1) MAFFT ที่ทำงานในโหมด "อัตโนมัติ" ที่ กำหนดขนาดของชุดข้อมูลวิเคราะห์ การ L-INS-i (ซ้ำรีไฟน์เมนท์ มีความสอดคล้องจากท้องถิ่นส่วนใหญ่เลือกวิธีการจัดตำแหน่งแพร์ไวส์) หมู่อื่น ๆ 2) POA รันด้วยการBLOSUM62 แทนเมทริกซ์เป็นเมทริกซ์ไม่เริ่มต้นสำหรับโปรแกรมนี้มีและเป็นรักษาลำดับการป้อนข้อมูลใบสั่ง 3) T-เครื่องเริ่มทำงานในโหมดหลักเดียว และ เมื่อจำเป็น พารามิเตอร์หลายหลักถูกปรับปรุงให้ใช้ตัวประมวลผลฮาร์ดแวร์สิบหกทั้งหมดเป็นระบุไว้ในส่วน "การประเมินต้นทุนคำนวณ"

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โปรแกรม MSA ได้รับการแต่งตั้งขึ้นอยู่กับวิธีการขั้นตอนที่แตกต่างกันเกินกว่าที่ดาวน์โหลด
ความพร้อมและความนิยม โปรแกรมทั้งหมดกับรุ่นของพวกเขา URL สำหรับการดาวน์โหลดและหลัก
อัลกอริทึมถูกแสดงไว้ในตารางที่ 1 ได้ดำเนินการใช้ค่าเริ่มต้นของพวกเขาสำหรับ
การจัดตำแหน่งของโปรตีนที่มีสามข้อยกเว้น: 1) MAFFT ทำงานในโหมด "AUTO" ที่กำหนดขนาด
ของชุดข้อมูล วิเคราะห์ L-INS-i (การปรับแต่งซ้ำมีความสอดคล้องจากท้องถิ่น
จัดตำแหน่งคู่) วิธีการได้รับการคัดเลือกส่วนใหญ่ในหมู่คนอื่น ๆ ; 2) การทำงานไม่แสดงราคากับ
เมทริกซ์ทดแทน BLOSUM62 เนื่องจากมีเมทริกซ์ไม่มีค่าเริ่มต้นสำหรับโปรแกรมนี้และ
เพื่อลำดับการป้อนข้อมูลที่ถูกเก็บรักษาไว้; 3) T-กาแฟในขั้นต้นทำงานในโหมด Single-Core และเมื่อ
จำเป็นพารามิเตอร์แบบ multi-core ได้รับการปรับเปลี่ยนให้ใช้ตัวประมวลผลของฮาร์ดแวร์ทั้งหมดสิบหกเป็น
ที่ระบุไว้ในส่วน "การประเมินค่าใช้จ่ายในการคำนวณ"

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โปรแกรม MSA ถูกเลือกขึ้นอยู่กับวิธีการขั้นตอนวิธีที่แตกต่างกันนอกเหนือจากห้องพักดาวน์โหลด
และความนิยม โปรแกรมทั้งหมดนี้กับรุ่นของพวกเขา , URL สำหรับดาวน์โหลดและขั้นตอนวิธีหลัก
แสดงในตารางที่ 1 โปรแกรมถูกเรียกใช้ค่าเริ่มต้นของพารามิเตอร์สำหรับ
โปรตีนแนวร่วมกับสามข้อยกเว้น 1 ) mafft วิ่ง " อัตโนมัติ " โหมดที่ระบุขนาด
ของข้อมูลการวิเคราะห์การ l-ins-i ( ซ้ำกับความมั่นคงจากการจัดคู่ท้องถิ่น
) วิธีส่วนใหญ่ที่เลือกในหมู่คนอื่น ๆ ; 2 ) วิ่งด้วย
blosum62 ทดแทนเนื่องจากไม่มีเริ่มต้นเมทริกซ์เมทริกซ์สำหรับโปรแกรมนี้และลำดับใส่คำสั่งไว้
3 ) t-coffee เริ่มวิ่งในโหมดหลักเดียว และเมื่อ
ที่จําเป็นการปรับใช้แบบพารามิเตอร์ทั้งหมดประมวลผลฮาร์ดแวร์สิบหกเป็น
ที่ระบุไว้ในส่วน " การประเมิน " ค่าใช้จ่ายในการคำนวณ