The small subunit ribosomal RNA gen

The small subunit ribosomal RNA gene is the recognized gold standard for estimating the phylogenetic diversity in microbial communities (e.g. [1], [2], [3]). This marker gene is universally present and has the advantage of containing both highly conserved fragments, facilitating the design of PCR primers targeting all members of a community, and more variable regions that allow for the discrimination of different microbial taxa. Furthermore, the identity of 16S rRNA gene sequences collected from the environment can be related to the taxonomic identity of sequences obtained from cultivated, characterized strains. With the introduction of high throughput (pyro)sequencing methods in studies of microbial diversity, large datasets are rapidly accruing that allow patterns of sequence recovery to be examined in depth across multiple habitats and samples [4]. However, the 16S rRNA gene is not without potential drawbacks, and the use of alternative markers has been proposed, including the beta subunit of DNA polymerase, rpoB

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ใบย่อยเล็ก ribosomal อาร์เอ็นเอยีนจะรู้จักทองมาตรฐานสำหรับการประเมินความหลากหลาย phylogenetic ในชุมชนจุลินทรีย์ (เช่น [1], [2], [3]) ยีนเครื่องหมายนี้มีแพร่หลาย และมีข้อดีของการที่ประกอบด้วยทั้งสูงอาศัยการกระจายตัว การอำนวยความสะดวกในการออกแบบไพรเมอร์ PCR ที่กำหนดเป้าหมายของชุมชน และภูมิภาคมากกว่าตัวแปรที่ทำให้แบ่งแยกของ taxa จุลินทรีย์แตกต่างกัน นอกจากนี้ ตัวตนของ 16S rRNA ลำดับยีนที่รวบรวมจากสิ่งแวดล้อมสามารถเกี่ยวข้องกับอนุกรมวิธานรหัสลำดับที่ได้รับจาก cultivated ลักษณะสายพันธุ์ ด้วยการแนะนำวิธีการจัดลำดับอัตราความเร็วสูง (pyro) ในการศึกษาความหลากหลายของจุลินทรีย์ datasets ขนาดใหญ่ได้อย่างรวดเร็วรับรู้ที่ทำให้รูปแบบของลำดับการกู้คืนการตรวจสอบในเชิงลึกทั้งหลายอยู่อาศัยตัวอย่าง [4] อย่างไรก็ตาม 16S rRNA ยีนไม่อยู่ไม่ มีข้อเสียที่อาจเกิดขึ้น และการใช้เครื่องหมายอื่นได้รับการเสนอ ชื่อ รวมย่อยเบต้าของดีเอ็นเอพอลิเมอเรส rpoB

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

หน่วยย่อยขนาดเล็กยีน RNA ไรโบโซมเป็นมาตรฐานทองคำได้รับการยอมรับสำหรับการประเมินความหลากหลายทางสายวิวัฒนาการในชุมชนจุลินทรีย์ (เช่น [1], [2], [3]) ยีนเครื่องหมายนี้จะนำเสนอในระดับสากลและได้ประโยชน์จากการที่มีทั้งเศษป่าสงวนอำนวยความสะดวกในการออกแบบของไพรเมอร์ PCR กำหนดเป้​​าหมายสมาชิกทุกคนในชุมชนและอื่น ๆ ภูมิภาคตัวแปรที่อนุญาตให้มีการเลือกปฏิบัติของแท็กซ่าจุลินทรีย์ที่แตกต่างกัน นอกจากนี้ตัวตนของ 16S rRNA ลำดับยีนที่เก็บรวบรวมจากสภาพแวดล้อมอาจจะเกี่ยวข้องกับตัวตนของลำดับการจัดหมวดหมู่ที่ได้รับจากการปลูกฝังลักษณะสายพันธุ์ ด้วยการแนะนำของการส่งผ่านสูง (Pyro) วิธีการจัดลำดับในการศึกษาความหลากหลายของจุลินทรีย์ชุดข้อมูลขนาดใหญ่อย่างรวดเร็วมีการเก็บที่ช่วยให้รูปแบบของการกู้คืนลำดับที่จะตรวจสอบในเชิงลึกทั่วถิ่นที่อยู่อาศัยหลายและตัวอย่าง [4] อย่างไรก็ตาม 16S rRNA ยีนไม่ได้โดยไม่มีข้อบกพร่องที่อาจเกิดขึ้นและการใช้เครื่องหมายทางเลือกได้รับการเสนอรวมทั้ง subunit เบต้าของดีเอ็นเอโพลิเมอร์, rpoB

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ซึ่งยีนไรโบโซมอล อาร์เอ็นเอขนาดเล็กได้รับการยอมรับมาตรฐานทองสำหรับการประเมินความหลากหลายในชุมชนจุลินทรีย์ ( เช่น [ 1 ] , [ 2 ] , [ 3 ] ) หมายนี้ยีนจากทุกมุมโลกปัจจุบัน และได้ประโยชน์จากที่มีทั้ง ที่มีการอนุรักษ์ ส่งเสริมการออกแบบของชิ้นส่วนดีเอ็นเอดีเอ็นเอเป้าหมายที่สมาชิกของชุมชนและตัวแปรภูมิภาคที่อนุญาตให้สำหรับการเลือกปฏิบัติที่แตกต่างกันและจุลินทรีย์ . นอกจากนี้ เอกลักษณ์ของ 16S rRNA ลำดับยีนที่รวบรวมได้จากสภาพแวดล้อมที่สามารถเกี่ยวข้องกับเอกลักษณ์ทางอนุกรมวิธานของลำดับที่ได้จากการปลูก ลักษณะสายพันธุ์ ด้วยการแนะนำของ throughput สูง ( ไฟ ) ลำดับวิธีในการศึกษาความหลากหลายของจุลินทรีย์ข้อมูลรับรู้รายได้ขนาดใหญ่อย่างรวดเร็วที่อนุญาตให้รูปแบบของการกู้คืนจะถูกตรวจสอบในลำดับความลึกในหลายพื้นที่และตัวอย่าง [ 4 ] อย่างไรก็ตาม เบส 16S rRNA ยีนไม่ได้โดยไม่มีข้อเสียที่อาจเกิดขึ้น และการใช้เครื่องหมายแทนได้รับการเสนอรวมทั้งเบต้า subunit ของดีเอ็นเอพอลิเมอเรส rpob ,