AbstractBACKGROUND:Domperidone trea

Abstract
BACKGROUND:
Domperidone treatment for gastroparesis is associated with variable efficacy as well as the potential for side effects. DNA microarray single nucleotide polymorphism (SNP) analysis may help to elucidate the role of genetic variability on the therapeutic effectiveness and toxicity of domperidone.
AIM:
The aim of this study was to identify SNPs that are associated with clinical efficacy and side effects of domperidone treatment for gastroparesis from DNA microarray experiments. This will help develop a strategy for rational selection of patients for domperidone therapy.
METHODS:
DNA samples extracted from the saliva of 46 patients treated with domperidone were analyzed using Affymetrix 6.0 SNP microarrays. Then least angle regression (LARS) was used to select SNPs that are related to domperidone efficacy and side effects. Decision tree based prediction models were constructed with the most correlated features selected by LARS.
RESULTS:
Using the most stable SNP selected by LARS a prediction model for side effects of domperidone achieved (95 ± 0)% true negative rate (TN) and (78 ± 11)% true positive rate (TP) in nested leave-one-out tests. For domperidone efficacy, the prediction based on five most stable SNPs achieved (85 ± 7)% TP and (61±4)% TN. Five identified SNPs are related to ubiquitin mediated proteolysis, epithelial cell signaling, leukocyte, cell adhesion, and tight junction signaling pathways. Genetic polymorphisms in three genes that are related to cancer and hedgehog signaling were found to significantly correlate with efficacy of domperidone.
CONCLUSION:
LARS was found to be a useful tool for statistical analysis of domperidone-related DNA microarray data generated from a small number of patients.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อพื้นหลัง:รักษา Domperidone gastroparesis ที่สัมพันธ์กับตัวแปรประสิทธิภาพตลอดจนศักยภาพสำหรับผลข้างเคียง วิเคราะห์ความแตกต่าง (SNP) DNA microarray เดี่ยวอาจช่วย elucidate บทบาทของความแปรปรวนทางพันธุกรรมรักษาประสิทธิผลและความเป็นพิษของ domperidoneเป้าหมาย:จุดมุ่งหมายของการศึกษานี้คือการ ระบุ SNPs ที่เกี่ยวข้องกับประสิทธิภาพและผลข้างเคียงของการรักษา domperidone gastroparesis จาก DNA microarray ทดลอง วิธีนี้จะช่วยพัฒนากลยุทธ์การคัดเลือกผู้ป่วยบำบัด domperidone มีเหตุผลวิธีการ:ตัวอย่างดีเอ็นเอที่สกัดจากน้ำลายของผู้ป่วย 46 รับ domperidone ถูกวิเคราะห์โดยใช้ Affymetrix 6.0 SNP microarrays แล้ว อย่างน้อยมุมถดถอย (LARS) ถูกใช้เพื่อเลือก SNPs ที่เกี่ยวข้องกับ domperidone ประสิทธิภาพและผลข้างเคียง ต้นไม้การตัดสินใจตามคาดการณ์ที่แบบจำลองถูกสร้างขึ้น ด้วยคุณสมบัติมีความสัมพันธ์มากที่สุดที่เลือก โดย LARSผลลัพธ์:แบบจำลองการคาดการณ์สำหรับผลข้างเคียงของ domperidone สำเร็จ (95 ± 0) แท้จริงติดลบอัตรา% (TN) และ (78 ± 11) จริงบวกอัตรา% (TP) ในการทดสอบปล่อยหนึ่งออกซ้อนกันใช้ SNP เสถียรที่สุดที่เลือก โดย LARS สำหรับประสิทธิภาพ domperidone ทำนายตามห้า SNPs ที่เสถียรที่สุดประสบความสำเร็จ (85 ± 7) (61±4) และ TP % TN. ห้าเกี่ยวข้องกับ ubiquitin SNPs ระบุสื่อ proteolysis ส่งสัญญาณของเซลล์เยื่อบุผิว เม็ดเลือดขาว เซลล์ยึดเกาะ และแน่นแยกสัญญาณทางเดิน พบความหลากหลายทางพันธุกรรมยีนที่สามเกี่ยวข้องกับมะเร็งและการส่งสัญญาณเม่นจะเชื่อมโยงอย่างมากกับประสิทธิภาพของ domperidoneสรุป:พบ LARS เป็น เครื่องมือที่มีประโยชน์สำหรับการวิเคราะห์ทางสถิติที่เกี่ยวข้องกับ domperidone DNA microarray ข้อมูลที่สร้างขึ้นจากจำนวนเล็ก ๆ ของผู้ป่วย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อ
มา:
การรักษา Domperidone สำหรับ gastroparesis มีความเกี่ยวข้องกับการรับรู้ความสามารถของตัวแปรเช่นเดียวกับที่มีศักยภาพสำหรับผลข้างเคียง DNA microarray เดี่ยวเบื่อหน่าย polymorphism (SNP) การวิเคราะห์อาจช่วยอธิบายบทบาทของความแปรปรวนทางพันธุกรรมในประสิทธิภาพการรักษาและความเป็นพิษของ Domperidone ได้.
AIM:
จุดมุ่งหมายของการศึกษาครั้งนี้คือการระบุ SNPs ที่เกี่ยวข้องกับคลินิกประสิทธิภาพและผลข้างเคียงของการรักษา Domperidone สำหรับ gastroparesis จากการทดลอง microarray ดีเอ็นเอ นี้จะช่วยให้การพัฒนากลยุทธ์สำหรับการเลือกเหตุผลของผู้ป่วยสำหรับการรักษาด้วย Domperidone ได้.
วิธีการ:
ตัวอย่างดีเอ็นเอที่สกัดจากน้ำลายของผู้ป่วย 46 รับการรักษาด้วย Domperidone ถูกวิเคราะห์โดยใช้ Affymetrix microarrays SNP 6.0 แล้วอย่างน้อยมุมถดถอย (LARS) ถูกนำมาใช้เพื่อเลือก SNPs ที่เกี่ยวข้องกับการรับรู้ความสามารถ Domperidone และผลข้างเคียง ต้นไม้ตัดสินใจตามแบบจำลองทำนายถูกสร้างขึ้นพร้อมกับคุณสมบัติที่มีความสัมพันธ์มากที่สุดที่เลือกโดย LARS.
ผลการศึกษา:
การใช้ SNP มีเสถียรภาพมากที่สุดเลือกโดย LARS แบบจำลองการคาดการณ์สำหรับผลข้างเคียงของ Domperidone ประสบความสำเร็จ (95 ± 0)% อัตราเชิงลบจริง (TN) และ (78 ± 11)% บวกอัตราที่แท้จริง (TP) ในการทดสอบการลาออกหนึ่งที่ซ้อนกัน สำหรับการรับรู้ความสามารถ Domperidone ทำนายบนพื้นฐานของห้า SNPs มีเสถียรภาพมากที่สุดที่ประสบความสำเร็จ TP (85 ± 7)% และ (61 ± 4)% TN ห้า SNPs ระบุเกี่ยวข้องกับ ubiquitin พึ่ง proteolysis ส่งสัญญาณของเซลล์เยื่อบุผิวเม็ดโลหิตขาวยึดเกาะมือถือและทางเดินแน่นแยกสัญญาณ ความหลากหลายทางพันธุกรรมในสามยีนที่เกี่ยวข้องกับโรคมะเร็งและการส่งสัญญาณเม่นถูกพบว่ามีความหมายมีความสัมพันธ์กับประสิทธิภาพของ Domperidone.
สรุป:
LARS ถูกพบว่าเป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์สำหรับการวิเคราะห์ทางสถิติของ Domperidone ข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับ microarray ดีเอ็นเอที่สร้างขึ้นจากจำนวนเล็ก ๆ ของผู้ป่วย .

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

บทคัดย่อพื้นหลัง :ดอมเพอริโดนรักษา gastroparesis เกี่ยวข้องกับตัวแปรประสิทธิภาพเช่นเดียวกับที่มีศักยภาพสำหรับผลข้างเคียง ดีเอ็นเอ microarray เดียว polymorphism ( SNP ) การวิเคราะห์ลำดับเบสอาจช่วยอธิบายบทบาทของความแปรปรวนทางพันธุกรรมในประสิทธิผลการรักษาและพิษของดอมเพอริโดน .เป้าหมาย :จุดมุ่งหมายของการศึกษานี้คือ เพื่อศึกษา snps ที่เกี่ยวข้องกับประสิทธิผลทางคลินิกและผลข้างเคียงของดอมเพอริโดนรักษา gastroparesis จากการทดลอง microarray ดีเอ็นเอ นี้จะช่วยพัฒนากลยุทธ์สำหรับการเลือกที่มีเหตุผลของผู้ป่วยสำหรับดอมเพอริโดนบำบัดวิธีการ :ตัวอย่างดีเอ็นเอที่สกัดจากน้ำลายของผู้ป่วยที่ได้รับการรักษาด้วย 46 ดอมเพอริโดน วิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้ affymetrix 6.0 SNP ิ . งั้นอย่างน้อยมุมการถดถอย ( Lars ) ถูกใช้เพื่อเลือก snps ที่เกี่ยวข้องกับประสิทธิภาพดอมเพอริโดน และผลข้างเคียง การตัดสินใจแบบต้นไม้ตามแบบจำลองการคาดการณ์ถูกสร้างด้วยมากที่สุดมีคุณลักษณะที่เลือกโดยลาร์สผลลัพธ์ :ใช้ SNP ที่เสถียรที่สุดเลือกโดย Lars เป็นแบบจำลองการทำนายผล ข้าง เคียง ของดอมเพอริโดนได้ ( 95 ± 0 ) อัตราลบจริง ( TN ) และ ( 78 ± 11 ) อัตราบวกจริง ( TP ) ซ้อนกันปล่อยออกมาทดสอบ สำหรับดอมเพอริโดนความสามารถทำนายตามห้าที่เสถียรที่สุด snps บรรลุ ( 85 ± 7 ) TP และ ( 61 ± 4 ) 5 % ซึ่งระบุ snps เกี่ยวข้องกับข้างนอกโดยโปรตีโ ลซิส , เยื่อบุผิวเซลล์สัญญาณ ทำให้เซลล์ยึดเกาะแน่นและแยกสัญญาณเซลล์ . ความหลากหลายทางพันธุกรรมในยีนที่เกี่ยวข้องกับมะเร็ง 3 เม่นส่งสัญญาณ และพบว่ามีความสัมพันธ์กับประสิทธิภาพของดอมเพอริโดน .สรุป :ลาร์ส พบว่าเป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์สำหรับการวิเคราะห์ทางสถิติของข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับ DNA microarray ดอมเพอริโดนสร้างขึ้นจากจำนวนเล็ก ๆของผู้ป่วย