Identification of short conserved s

Identification of short conserved sequence motifs common to a protein family or superfamily can be more useful than overall sequence similarity in suggesting the function of novel gene products. Locating motifs still requires expert knowledge, as automated methods using stringent criteria may not differentiate subtle similarities from statistical noise.
RESULTS:
We have developed a novel automatic method, based on patterns of conservation of 237 physical-chemical properties of amino acids in aligned protein sequences, to find related motifs in proteins with little or no overall sequence similarity. As an application, our web-server MASIA identified 12 property-based motifs in the apurinic/apyrimidinic endonuclease (APE) family of DNA-repair enzymes of the DNase-I superfamily. Searching with these motifs located distantly related representatives of the DNase-I superfamily, such as Inositol 5'-polyphosphate phosphatases in the ASTRAL40 database, using a Bayesian scoring function. Other proteins containing APE motifs had no overall sequence or structural similarity. However, all were phosphatases and/or had a metal ion binding active site. Thus our automated method can identify discrete elements in distantly related proteins that define local structure and aspects of function. We anticipate that our method will complement existing ones to functionally annotate novel protein sequences from genomic projects.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รหัสของลำดับนำสั้น ๆ ลงไปครอบครัวโปรตีนหรือ superfamily สามารถมีประโยชน์กว่าโดยรวมคล้ายลำดับในการแนะนำการทำงานของยีนนวนิยาย ยังคงค้นหาความต้องความรู้ เป็นวิธีการแบบอัตโนมัติโดยใช้เกณฑ์ที่เข้มงวดอาจแตกละเอียดความเหมือนจากเสียงทางสถิติผลลัพธ์:เราได้พัฒนาวิธีอัตโนมัตินวนิยาย ขึ้นอยู่กับรูปแบบการอนุรักษ์ 237 คุณสมบัติทางกายภาพเคมีของกรดอะมิโนในโปรตีนวางลำดับ เพื่อค้นหาความเกี่ยวข้องในโปรตีนมีน้อย หรือไม่มีโดยรวมลำดับความคล้ายคลึงกัน เป็นโปรแกรมประยุกต์ เราเซิร์ฟเวอร์เซียระบุ 12 ตามคุณสมบัติโดดเด่นในครอบครัว endonuclease apurinic/apyrimidinic (ลิง) ของเอนไซม์ที่ซ่อมแซมดีเอ็นเอของ DNase-ฉัน superfamily ค้นหา ด้วยความเหล่านี้อยู่ตัวแทน distantly ที่เกี่ยวข้องของ DNase-ฉัน superfamily เช่น phosphatases 5'-polyphosphate Inositol ในฐานข้อมูล ASTRAL40 ใช้ทฤษฎีคะแนนทำ โปรตีนอื่น ๆ ที่ประกอบด้วยลิงความไม่คล้ายลำดับหรือโครงสร้างโดยรวมได้ อย่างไรก็ตาม ทั้งหมดมี phosphatases หรือมีไอออนโลหะรวมใช้งานไซต์ ดังนั้น วิธีของเราสามารถระบุองค์ประกอบที่แยกกันในโปรตีนที่เกี่ยวข้อง distantly ที่กำหนดโครงสร้างภายในและรูปแบบของฟังก์ชัน เราคาดหวังว่า วิธีการของเราจะเติมเต็มอยู่เพื่ออธิบายประกอบลำดับโปรตีนนวนิยายจาก genomic ฟังก์ชัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บัตรประจำตัวของลำดับอนุรักษ์สั้น motifs ร่วมกันในครอบครัวหรือโปรตีน superfamily จะมีประโยชน์มากกว่าความเหมือนลำดับโดยรวมในการแนะนำการทำงานของผลิตภัณฑ์ยีนนวนิยาย ที่ตั้งสำคัญยังคงต้องมีความรู้ความเชี่ยวชาญเป็นวิธีการแบบอัตโนมัติโดยใช้เกณฑ์ที่เข้มงวดอาจจะไม่แตกต่างคล้ายคลึงกันลึกซึ้งจากเสียงทางสถิติ.
ผลการศึกษา:
เรามีการพัฒนาวิธีการอัตโนมัตินวนิยายขึ้นอยู่กับรูปแบบของการอนุรักษ์ 237 คุณสมบัติทางกายภาพและทางเคมีของกรดอะมิโนในโปรตีนชิดลำดับ เพื่อหาลวดลายที่เกี่ยวข้องในโปรตีนที่มีน้อยหรือไม่มีเลยเหมือนลำดับโดยรวม ในฐานะที่เป็นแอพลิเคชัน MASIA เว็บเซิร์ฟเวอร์ของเราระบุ 12 ลวดลายทรัพย์สินที่ใช้ใน apurinic / apyrimidinic endonuclease (APE) ครอบครัวของเอนไซม์ดีเอ็นเอซ่อมแซม DNase-I superfamily ค้นหาด้วยลวดลายเหล่านี้ตั้งอยู่ห่างไกลที่เกี่ยวข้องผู้แทนของ DNase-I superfamily เช่น Inositol phosphatases 5'-ฟอสเฟตในฐานข้อมูล ASTRAL40 ใช้ฟังก์ชั่นการให้คะแนนแบบเบย์ โปรตีนอื่น ๆ ที่มีลวดลาย APE ไม่มีลำดับโดยรวมหรือความคล้ายคลึงกันของโครงสร้าง แต่ทุกคน phosphatases และ / หรือมีผลผูกพันของไอออนโลหะที่ใช้งานเว็บไซต์ ดังนั้นวิธีการอัตโนมัติของเราสามารถระบุองค์ประกอบที่ไม่ต่อเนื่องในโปรตีนที่เกี่ยวข้องลิ่วที่กำหนดโครงสร้างท้องถิ่นและลักษณะของฟังก์ชั่น เราคาดหวังว่าวิธีการของเราจะเติมเต็มคนที่มีอยู่เพื่อหน้าที่อธิบายลำดับโปรตีนนวนิยายจากโครงการจีโนม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ตัวสั้นลำดับอนุรักษ์ลวดลายทั่วไปครอบครัวโปรตีนหรือซูเปอร์แฟมิลีจะมีประโยชน์มากกว่าโดยรวมคล้ายคลึงกันในลำดับการทำงานของยีนแนะนำผลิตภัณฑ์ใหม่ ค้นหาลวดลายยังใช้ความรู้ความเชี่ยวชาญเป็นวิธีการแบบอัตโนมัติโดยใช้เกณฑ์ที่เข้มงวด ไม่อาจแยกแยะสีสันคล้ายคลึงกันจากเสียงทางสถิติ ผล

:เราได้พัฒนาวิธีการใหม่โดยอัตโนมัติตามรูปแบบของการอนุรักษ์ 237 สมบัติทางกายภาพ เคมีของกรดอะมิโนในโปรตีนชิดลำดับ หาลวดลายที่เกี่ยวข้องกับโปรตีนน้อยหรือไม่มีลำดับโดยรวมคล้ายคลึงกัน เป็นโปรแกรมmasia เว็บเซิร์ฟเวอร์ของเราระบุ 12 คุณสมบัติตามลวดลายในเอนโดนิวคลีเอส apyrimidinic apurinic / ( ลิง ) ครอบครัวของการซ่อมแซมดีเอ็นเอเอนไซม์ของ dnase-i ซูเปอร์แฟมิลี . การค้นหาที่เกี่ยวข้องกับลวดลายเหล่านี้ตั้งอยู่ห่างเหิน ผู้แทนจาก dnase-i ซูเปอร์แฟมิลี เช่น อินโนซิทอล 5 ' - ลาร์ฟอสเฟตใน astral40 ฐานข้อมูลโดยใช้ระบบการให้คะแนนการทำงานโปรตีนอื่น ๆที่มีลวดลายเลียนแบบ ไม่มีลำดับโดยรวมหรือความคล้ายคลึงกันของโครงสร้าง แต่ทุกคนต่างดิ และ / หรือมีโลหะไอออนผูกพันที่ใช้งานเว็บไซต์ ดังนั้นวิธีการอัตโนมัติของเราสามารถระบุองค์ประกอบที่ไม่ต่อเนื่องในห่างเหินเกี่ยวข้องกับโปรตีนที่กำหนดภายในโครงสร้างและลักษณะของฟังก์ชันเราคาดหวังว่าวิธีนี้จะช่วยโดยการอธิบายลำดับโปรตีนที่มีอยู่ในนวนิยายจากโครงการจีโนม .