Plants are built from numerous diff

Plants are built from numerous different types of cells, each performing specific functions to support growth, development, survival and reproduction. Little is known how cells are programmed and different cell types specified. The phytohormone auxin plays a critical role in regulation of cell division and differentiation during plant development through transcriptional regulation of specific genes. It is of fundamental relevance to determine how transcription factor networks are set up and function to enable hormone response cascades and subsequent physiological and developmental responses. Key regulators of auxin-mediated gene expression are 22 ARF and 29 Aux/IAA proteins. The combinatorial action of these factors determines the different characteristic developmental responses. Recent investigations using microarray approaches demonstrated that not all Aux/IAA genes are regulated by auxin and that other factors (besides auxin) participate in their regulation. Moreover, auxin regulates not only Aux/IAA genes but also other transcriptional factors. Here we plan to elucidate regulatory networks by applying chemical genetics using single Arabidopsis cells. Time series analysis of the transcriptome of these cells allowed to define the topology of regulatory networks controlling hormone action. We managed to define the topology of gene networks acting in auxin signaling. 52 transcription factors, differentially regulated by auxin, were found including homeobox genes and members of other families. In this project we will, by combining expression profiling, loss-of-function experiments, chromatin-immunopreciptation (ChIP-chip) experiments, elucidate and model the regulatory network that determines auxin responses. These networks will be extended from single cells to more complex organs to model and simulate auxin induced programs in plant development.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พืชที่สร้างจากเซลล์ แต่ละที่ทำหน้าที่เฉพาะการสนับสนุนการเจริญเติบโต พัฒนา อยู่รอด และสืบพันธุ์หลายชนิดแตกต่างกัน น้อยเป็นที่รู้จักกันว่าเซลล์จะระบุชนิดเซลล์ต่าง ๆ และเตรียมโปรแกรม ออกซิน phytohormone มีบทบาทสำคัญในข้อบังคับของการแบ่งเซลล์และสร้างความแตกต่างระหว่างการพัฒนาพืชผ่านระเบียบ transcriptional ของยีนเฉพาะ มันเป็นพื้นฐานที่เกี่ยวข้องเพื่อกำหนดวิธีตั้งค่าเครือข่ายปัจจัยการ transcription และเรียงซ้อนฟังก์ชันเพื่อให้สามารถตอบสนองต่อฮอร์โมนและการตอบสนองสรีรวิทยา และพัฒนาต่อ ๆ ไป เร็คกูเลเตอร์ที่สำคัญของออกซินและ mediated ยีนเป็น ARF ที่ 22 และ 29 นุเคราะห์/IAA โปรตีน การดำเนินการปัญหาของปัจจัยเหล่านี้กำหนดว่าตอบสนองการพัฒนาลักษณะแตกต่างกัน ใช้วิธี microarray แสดงว่า ยีน นุเคราะห์/IAA ไม่ถูกควบคุม โดยออกซิน และปัจจัยอื่น ๆ (นอกจากออกซิน) มีส่วนร่วมในการควบคุมตรวจสอบล่าสุด นอกจากนี้ ออกซินกำหนดไม่เพียงแต่ยีน นุเคราะห์/IAA แต่ยังปัจจัยอื่น ๆ transcriptional ที่นี่เราจะ elucidate เครือข่ายกำกับดูแล โดยใช้เคมีพันธุศาสตร์โดยใช้เซลล์ Arabidopsis เดียว การวิเคราะห์ลำดับเวลาของ transcriptome ของเซลล์เหล่านี้สามารถกำหนดโครงสร้างของเครือข่ายกำกับดูแลควบคุมการดำเนินการของฮอร์โมน เราได้กำหนดโครงสร้างของเครือข่ายยีนที่ทำหน้าที่ในการออกซินและตามปกติ ปัจจัย transcription 52, differentially ควบคุม โดยออกซิน พบยีน homeobox และสมาชิกของครอบครัวอื่น ๆ ในโครงการนี้ เราจะ รวมนิพจน์สร้างโพรไฟล์ สูญเสียฟังก์ชันทดลอง ทดลองโครมาติน-immunopreciptation (ชิชิ) elucidate และรุ่นเครือข่ายกำกับดูแลที่กำหนดตอบสนองต่อออกซินและ เครือข่ายเหล่านี้จะถูกขยายจากเซลล์เดียวกับอวัยวะที่ซับซ้อนแบบจำลอง และจำลองการทำงานของออกซินที่เกิดจากโปรแกรมในการพัฒนาโรงงาน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

พืชที่ถูกสร้างขึ้นจากการที่แตกต่างกันจำนวนมากของเซลล์แต่ละปฏิบัติหน้าที่เฉพาะเพื่อรองรับการเติบโต, การพัฒนา, การอยู่รอดและการสืบพันธุ์ ไม่ค่อยมีใครรู้ว่าเซลล์มีโปรแกรมและเซลล์ชนิดที่แตกต่างกันระบุ ออกซิน phytohormone มีบทบาทสำคัญในการควบคุมการแบ่งตัวของเซลล์และความแตกต่างระหว่างการพัฒนาโรงงานผ่านการควบคุมการถอดรหัสของยีนที่เฉพาะเจาะจง มันเป็นพื้นฐานของความเกี่ยวข้องเพื่อตรวจสอบว่าเครือข่ายถอดความปัจจัยที่มีการติดตั้งและการทำงานเพื่อตอบสนองการใช้งานน้ำตกฮอร์โมนและต่อมาทางสรีรวิทยาและการตอบสนองการพัฒนา หน่วยงานกำกับดูแลที่สำคัญของการแสดงออกของยีนออกซินพึ่งมี 22 และ 29 ARF Aux / โปรตีน IAA การกระทำ combinatorial ของปัจจัยเหล่านี้จะเป็นตัวกำหนดการตอบสนองการพัฒนาที่แตกต่างกันลักษณะ การตรวจสอบที่ผ่านมาโดยใช้วิธีการ microarray แสดงให้เห็นว่าไม่ทั้งหมด Aux / ยีน IAA ถูกควบคุมโดยออกซินและปัจจัยอื่น ๆ (นอกเหนือจากออกซิน) มีส่วนร่วมในการควบคุมของพวกเขา นอกจากนี้ยังควบคุมการออกซินไม่เพียง แต่ Aux / ยีน IAA แต่ยังมีปัจจัยอื่น ๆ การถอดรหัส ที่นี่เราวางแผนที่จะอธิบายเครือข่ายการกำกับดูแลโดยการใช้สารเคมีพันธุศาสตร์โดยใช้เซลล์ Arabidopsis เดียว การวิเคราะห์อนุกรมเวลาของยีนของเซลล์เหล่านี้ที่ได้รับอนุญาตในการกำหนดโครงสร้างของเครือข่ายการกำกับดูแลการดำเนินการควบคุมฮอร์โมน เรามีการจัดการในการกำหนดโครงสร้างของเครือข่ายของยีนที่ทำหน้าที่ในการส่งสัญญาณออกซิน 52 ถอดความปัจจัยควบคุมแตกต่างกันโดยการออกซินถูกพบรวมทั้งยีน homeobox และสมาชิกของครอบครัวอื่น ๆ ในโครงการนี​​้เราจะโดยการรวมโปรไฟล์แสดงออกทดลองการสูญเสียของฟังก์ชั่นโครมาติ-immunopreciptation (ชิปชิป) การทดลองและอธิบายรูปแบบของเครือข่ายการกำกับดูแลที่กำหนดการตอบสนองออกซิน เครือข่ายเหล่านี้จะขยายจากเซลล์เดียวไปยังอวัยวะที่ซับซ้อนมากขึ้นในการจำลองและการจำลองโปรแกรมเหนี่ยวนำให้เกิดออกซินในการพัฒนาโรงงาน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พืชที่ถูกสร้างขึ้นจากหลายประเภทของเซลล์แต่ละคนแสดงเฉพาะการทำงานเพื่อสนับสนุนการเจริญเติบโต , การพัฒนา , การอยู่รอดและการสืบพันธุ์ เล็ก ๆน้อย ๆเป็นที่รู้จักกันว่าเซลล์และเซลล์ชนิดต่าง ๆโปรแกรมที่ระบุการ phytohormone ออกซิน มีบทบาทในการควบคุมการแบ่งเซลล์และความแตกต่างระหว่างการพัฒนาพืชผ่านระเบียบลองเฉพาะยีน มันเกี่ยวข้องพื้นฐานเพื่อตรวจสอบว่าเครือข่ายถอดความปัจจัยมีการตั้งค่าและการทำงานเพื่อให้ฮอร์โมนตอบสนอง น้ำตก และต่อมาทางสรีรวิทยาและการตอบสนองระดับการแสดงออกของยีนควบคุมที่สำคัญของออกซิน มี 22 ARF และ 29 AUX / เอ โปรตีน การดําเนินการของปัจจัยเหล่านี้จะแตกต่างกันตามลักษณะการตอบสนอง การสอบสวนล่าสุดโดยใช้ microarray วิธีการแสดงให้เห็นว่าทั้งหมดไม่ AUX / เอ ยีนที่ถูกควบคุมโดยออกซินและปัจจัยอื่น ๆ ( นอกจากออกซิน ) มีส่วนร่วมในการควบคุมของพวกเขา นอกจากนี้ออกซิน ควบคุมไม่เพียง แต่ AUX / เอ ยีน แต่ปัจจัยที่ลองอื่น ๆ ที่นี่เราวางแผนที่จะทำให้เครือข่ายองค์กร โดยการใช้สารเคมีโดยใช้เซลล์พันธุศาสตร์ Arabidopsis เดียว การวิเคราะห์อนุกรมเวลาของทราน ริปโตมของเซลล์เหล่านี้ได้รับอนุญาตให้กำหนดโครงสร้าง กฎระเบียบด้านเครือข่ายการควบคุมการกระทำฮอร์โมนเราสามารถกำหนดโครงสร้างของยีนที่ทำหน้าที่ในการส่งสัญญาณเครือข่ายระดับ . 52 การถอดความปัจจัยต่างกัน ควบคุมโดยออกซินพบรวมทั้งยีน homeobox และสมาชิกของครอบครัวอื่น ๆ ในโครงการนี้ เรา จะ โดยการผสมผสานการแสดงออกการการสูญเสียการทำงานของการทดลอง พบ immunopreciptation ( ชิปชิป ) การทดลองกลไกและรูปแบบการควบคุมเครือข่ายที่กำหนดระดับการตอบสนอง . เครือข่ายเหล่านี้จะขยายจากเซลล์กับอวัยวะที่ซับซ้อนมากขึ้นกับแบบจำลองออกซินกระตุ้นโปรแกรมในการพัฒนาพืช