Modeling of the CYP3A4 system began

Modeling of the CYP3A4 system began with coordinates obtained from X-ray crystallography (PDB code 1TQN).
Hydrogen atoms were added using VMD.
Missing residues were added using the program MODELLER 9v2 .
For both CYP3A4 in solution and CYP3A4 in POPC membrane simulations the missing residues included 282 to 285 (Lys-Glu-Thr-Glu).
Additionally, for CYP3A4 in a membrane the N-terminal transmembrane helix residues {1–2, 13–27}
have been added to reproduce the sequence of N-terminal truncated CYP3A4 which is used in all experimental studies in our laboratory (plasmid with NF14 construct was a kind gift from F.P. Guengerich).
Crystallographic waters were retained in the model systems.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สร้างโมเดลของระบบ CYP3A4 เริ่ม ด้วยพิกัดที่ได้จากการเอกซเรย์ผลิกศาสตร์ (PDB รหัส 1TQN) มีเพิ่มอะตอมไฮโดรเจนใช้ VMD ตกหายไปถูกเพิ่มโดยใช้โปรแกรม MODELLER 9v2ทั้ง CYP3A4 ในโซลูชันและ CYP3A4 ใน POPC จำลองเยื่อตกหายรวม 282 การ 285 (Lys-Glu-Thr-Glu)นอกจากนี้ สำหรับ CYP3A4 ในตกค้างเกลียว transmembrane เยื่อสถานี N {1-2, 13-27 }มีการเพิ่มการสร้างลำดับของเทอร์มินัล N ตัด CYP3A4 ซึ่งใช้ในการศึกษาทดลองทั้งหมดในห้องปฏิบัติการของเรา (plasmid พร้อมสร้าง NF14 เป็นของขวัญประเภทจาก F.P. Guengerich)Crystallographic น้ำถูกเก็บไว้ในระบบจำลอง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การสร้างแบบจำลองของระบบ CYP3A4 เริ่มด้วยพิกัดที่ได้จากการ X-ray ผลึก (PDB รหัส 1TQN)
อะตอมไฮโดรเจนถูกเพิ่มโดยใช้ VMD
ตกค้างที่ขาดหายไปได้เพิ่มการใช้ 9v2 MODELLER โปรแกรม
สำหรับCYP3A4 ทั้งในการแก้ปัญหาและ CYP3A4 ใน popc เยื่อจำลองหายไป ตกค้างรวม 282-285 (LYS- สนามบิน Glu-Thr-Glu)
นอกจากนี้สำหรับ CYP3A4 ในเมมเบรน N-คร่อมขั้วเกลียวตกค้าง {1-2, 13-27}
ได้มีการเพิ่มในการทำซ้ำลำดับของ N-มินัลที่ถูกตัดทอน CYP3A4 ซึ่งถูกนำมาใช้ในการศึกษาทดลองในห้องปฏิบัติการของเรา (พลาสมิดที่มี NF14 สร้างเป็นของขวัญชนิดจาก FP Guengerich)
น้ำ Crystallographic ถูกเก็บไว้ในระบบรูปแบบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แบบจำลองของระบบ ( เริ่มด้วยพิกัดที่ได้จากรังสีเอกซ์ ( รหัส PDB 1tqn )
ไฮโดรเจนอะตอมถูกเพิ่มการใช้ vmd .
ตกค้างหายไปเพิ่มโดยใช้หุ่นจำลองโปรแกรม 9v2 .
ทั้งในและสร้างโซลูชั่น ( ใน popc เมมเบรนจำลองไปตกค้างรวม 282 ถึง 285 ( Lys GLU Thr GLU ) .
นอกจากนี้เพื่อสร้างกรดอะมิโนในเยื่อหัวเกลียวตกค้าง { 1 – 2 , 13 และ 27 }
ได้รับการเพิ่มการทำซ้ำลำดับของกรดอะมิโนปลายตัด ( ซึ่งใช้ในการศึกษาทดลองในห้องปฏิบัติการของเรา ( พลาสมิดที่มี nf14 สร้างเป็นของชนิดจาก f.p. guengerich ) .
ทางน้ำสะสมในรูปแบบระบบ .