ในระยะหลัง แรฟเฟิลส์เริ่มเบื่อหน่ายการงานเนื่องจากมีศัตรูทางการเมืองมากจึงหันความสนใจไปในด้านธรรมชาติวิทยา เขาอยู่ดูแลการก่อตั้งสิงคโปร์ เพียง 8 เดือน ดังนั้นเมือเห็นว่าเรียบร้อยก็ออกเดินทางกลับประเทศอังกฤษเมื่อวันที่ 22 สิงหาคม พ.ศ. 2367 แรฟเฟิลส์ก็ได้รับการยอมรับว่าเป็นผู้ก่อตั้งสิงคโปร์ด้วย
ในปี พ.ศ. 2368 แรฟเฟิลส์ได้ร่วมก่อตั้งสมาคมสัตวศาสตร์แห่งลอนดอนและสวนสัตว์ลอนดอนและได้รับเลือกเป็นนายกสมาคมคนแรก แต่ในปีต่อมาแรฟเฟิลส์ก็ได้เสียชีวิตจากการตกเลือดในสมองก่อนที่จะมีอายุครบ 45 เขาเสียภรรยาในชวาและลูกอีก 3 คนในเบนคูเลน จากการเป็นนักต่อต้านการค้าทาส ศพแรฟเฟิลส์ถูกห้ามมิให้ฝังในบริเวณโบสถ์ที่บ้านเกิด (โบสถ์เซนต์แมรี่ เมืองเฮนดอน)แต่ในภายหลังเมื่อมีการขยายตัวโบสถ์เมื่อประมาณ พ.ศ. 2465 หลุมฝังศพของแรฟเฟิลส์จึงได้เข้ามาอยู่ในตัวอาคารของโบสถ์