DOCK is one of the oldest and best

DOCK is one of the oldest and best known
ligand-protein docking programs. The initial
version used rigid ligands; exibility was later
incorporated via incremental construction of the
ligand in the binding pocket. As said DOCK is
a fragment-based method using shape and
chemical complementary methods for creating
possible orientations for the ligand. These
orientations can be scored using three
different scoring functions; however none of
them contain explicit hydrogen-bonding terms,
solvation/desolvation terms, or hydrophobicity
terms thus limiting serious use. DOCK seems
to handle well a polar binding site and is useful
for fast docking, but it is not the most accurate
software available.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ท่าเรือเป็นหนึ่งในที่เก่าแก่ที่สุดและเป็นที่รู้จักดีที่สุดโปรแกรม
เชื่อมต่อแกนด์โปรตีน รุ่น
เริ่มต้นใช้ลิแกนด์เกร็ง exibility ต่อมาก็ได้
นิติบุคคลที่จัดตั้งขึ้นผ่านการก่อสร้างที่เพิ่มขึ้นจากแกนด์
ในกระเป๋าผูกพัน เช่นกล่าวว่าท่าเรือเป็น
ส่วนวิธีการที่ใช้โดยใช้รูปทรงและวิธีการเสริม
เคมีสำหรับการสร้างแนวทางที่เป็นไปได้สำหรับลิแกนด์

เหล่านี้การหมุนสามารถทำแต้มใช้สาม
ฟังก์ชั่นการให้คะแนนที่แตกต่างกัน แต่ไม่มีผู้ใดของพวกเขา
มีคำพันธะไฮโดรเจนที่ชัดเจน
แง่ solvation / desolvation หรือไม่ชอบน้ำ
เงื่อนไขการใช้บริการจึง จำกัด การใช้อย่างจริงจัง ท่าเรือดูเหมือน
การจัดการที่ดีเว็บไซต์ที่มีผลผูกพันขั้วโลกและเป็น
ประโยชน์สำหรับการเชื่อมต่อได้อย่างรวดเร็ว แต่มันไม่ได้เป็นซอฟแวร์
ถูกต้องมากที่สุด

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เป็นหนึ่งในที่เก่าแก่ และรู้จักกันดี
โปรแกรมเทียบโปรตีนลิแกนด์ ต้น
รุ่นใช้ ligands แข็ง exibility ถูกหลัง
รวมผ่านก่อสร้างเพิ่มขึ้น
ลิแกนด์ในกระเป๋าผูก เป็นท่าว่า
วิธีใช้ส่วนที่ใช้รูปร่าง และ
เคมีเสริมวิธีสร้าง
สุดแนวสำหรับลิแกนด์ เหล่านี้
สามารถทำแนวใช้สาม
ฟังก์ชัน การให้คะแนนแตกต่างกัน อย่างไรก็ตามไม่มี
นั้นประกอบด้วยเงื่อนไขชัดเจนในไฮโดรเจนยึด,
solvation/desolvation เงื่อนไข หรือ hydrophobicity
เงื่อนไขจำกัดการใช้อย่างจริงจังจึง ดูเหมือนว่าท่า
จัดการดีไซต์ผูกขั้วโลก และจะเป็นประโยชน์
สำหรับเทียบอย่างรวดเร็ว แต่มันไม่ถูกต้องที่สุด
ซอฟต์แวร์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แท่นวางเป็นหนึ่งในโปรแกรมเชื่อมต่อ
ligand โปรตีนที่เก่าแก่และมีชื่อเสียงมากที่สุดได้ เริ่มต้น
รุ่นที่ใช้ ligands ชนิดแข็งมีความยืดหยุ่นในการก่อสร้างได้ก่อตั้งโดยผ่านทางการเพิ่มแพกเกจของ
ligand ที่อยู่ในกระเป๋ามีผลผูกพันใน ภายหลัง
เป็นวิธีการพูดว่า"ท่าเรือเป็น
สักเท่าไหร่ที่มีการใช้วิธีใดวิธีหนึ่งของสมนาคุณ
ทางเคมีและรูปทรงสำหรับการสร้าง
ซึ่งท้ายที่สุด ligand ที่เป็นไปได้สำหรับ เหล่านี้
กำหนดทิศทางสามารถทำคะแนนได้โดยใช้สาม
ฟังก์ชันการทำงานการให้คะแนนแตกต่างกันแต่ถึงอย่างไรก็ตามไม่มี
เขามีเงื่อนไขไฮโดรเจน - การรวมแชนแนลชัดเจน
solvation / desolvation เงื่อนไขหรือ hydrophobicity
เงื่อนไขดังนั้นการจำกัดการใช้งานอย่างจริงจัง แท่นวางจะ
เพื่อจัดการกับเว็บไซต์ที่มีผลผูกพันทางขั้วโลกและจะเป็นประโยชน์
สำหรับการเชื่อมต่ออย่างรวดเร็วแต่มันไม่ถูกต้องมากที่สุด
ซอฟต์แวร์ที่มีให้เลือกใช้