Primer specificity and sensitivity.

Primer specificity and sensitivity.
Fol is a soil-borne fungus that causes tomato wilt worldwide. Three physiological races of Fol have been reported worldwide, where race 1 is most common in countries with warm climates. However, molecular diagnosis of these races is challenging since only the genome sequence of Fol race 2 is publicly available (http://www.broadinstitute.org/). Fol SIX1 gene encodes for a virulence factor towards tomato plants, which is secreted in the xylem of the host during colonization [32]. Significantly, Six1 has been shown to be a key protein required for full virulence of the pathogen [36] and is a suitable target for diagnostics. Figure 5 shows that PCR analyses targeting a small fragment of SIX1, using primer sets P12-F2B and FOL SIX1-R1 resulted in a clear and specific amplicon for Fol strains. In addition, no false-positive amplicons were observed when tested with other Fusarium species (Figure 5), as has been previously reported by Lievens et al. [31]. Using the DNA extraction method described earlier and primer sets P12-F2B and FOL-SIX1-R1, we determined that the limit of detection is 10 pg of gDNA/ real-time PCR.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ความไวและ specificity รองพื้น Fol เป็นเชื้อราที่เชื่อว่าดินที่ทำให้มะเขือเทศเหี่ยวทั่วโลก มีการรายงานการแข่งขันสามสรีรวิทยาของ Fol ทั่วโลก แข่ง 1 พบมากที่สุดในประเทศมีสภาพอากาศที่อบอุ่นขึ้น อย่างไรก็ตาม การวินิจฉัยระดับโมเลกุลของการแข่งขันเหล่านี้เป็นความท้าทายเนื่องจากเฉพาะลำดับกลุ่มแข่งขัน Fol 2 เผย (http://www.broadinstitute.org/) ยีน Fol SIX1 จแมปสำหรับ virulence ตัวต่อมะเขือเทศพืช ที่ secreted ใน xylem ของโฮสต์ในสนาม [32] อย่างมีนัยสำคัญ Six1 จะมีโปรตีนสำคัญที่จำเป็นสำหรับทั้ง virulence ของศึกษา [36] และเป็นเป้าหมายที่เหมาะสมสำหรับการวินิจฉัย รูปที่ 5 แสดงว่า PCR วิเคราะห์กำหนดเป้าหมายส่วนเล็กของ SIX1 ใช้รองพื้นตั้ง P12 F2B และ FOL SIX1 R1 ให้ amplicon ที่ชัดเจน และเฉพาะสำหรับสายพันธุ์ Fol นอกจากนี้ amplicons บวกเท็จไม่ได้สังเกตเมื่อทดสอบกับพันธุ์อื่น ๆ Fusarium (รูป 5), ตามที่ได้เคยรายงานโดย Lievens et al. [31] ใช้วิธีการสกัดดีเอ็นเอที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้และพื้นตั้ง P12 F2B และ FOL SIX1 R1 เรากำหนดว่าขีดจำกัดของการตรวจสอบ ของ gDNA / แบบเรียลไทม์ 10 pg PCR

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ไพรเมอร์ที่เฉพาะเจาะจงและความไว.
Fol เป็นเชื้อราในดินที่มีเชื้อที่ทำให้เกิดโรคเหี่ยวมะเขือเทศทั่วโลก สามของการแข่งขันทางสรีรวิทยาของ Fol ได้รับรายงานทั่วโลกที่การแข่งขัน 1 จะพบมากที่สุดในประเทศที่มีสภาพอากาศที่อบอุ่น อย่างไรก็ตามการวินิจฉัยระดับโมเลกุลของการแข่งขันเหล่านี้เป็นสิ่งที่ท้าทายตั้งแต่เพียงลำดับจีโนมของการแข่งขัน Fol 2 เป็นที่เปิดเผยต่อสาธารณชน (http://www.broadinstitute.org/) ยีน Fol SIX1 เข้ารหัสสำหรับปัจจัยความรุนแรงต่อมะเขือเทศซึ่งจะหลั่งในท่อน้ำของโฮสต์ในระหว่างการล่าอาณานิคม [32] อย่างมีนัยสำคัญ Six1 ได้รับการแสดงที่จะเป็นโปรตีนที่สำคัญที่จำเป็นสำหรับความรุนแรงเต็มไปด้วยเชื้อโรค [36] และเป็นเป้าหมายที่เหมาะสมสำหรับการวินิจฉัย รูปที่ 5 แสดงให้เห็นว่าการวิเคราะห์ PCR กำหนดเป้าหมายส่วนเล็ก ๆ ของ SIX1 โดยใช้ไพรเมอร์ชุด P12-F2B และ FOL SIX1-R1 ผลในการ amplicon ชัดเจนและเฉพาะเจาะจงสำหรับสายพันธุ์ Fol นอกจากนี้ยังไม่มี amplicons เท็จบวกถูกตั้งข้อสังเกตเมื่อทดสอบกับสายพันธุ์เชื้อรา Fusarium อื่น ๆ (รูปที่ 5) ตามที่ได้รับรายงานก่อนหน้านี้โดย Lievens et al, [31] โดยใช้วิธีการสกัดดีเอ็นเอที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้และไพรเมอร์ชุด P12-F2B และ FOL-SIX1-R1 เราพิจารณาแล้วว่าขีด จำกัด ของการตรวจสอบคือ 10 หน้าของ gDNA / เวลาจริงวิธี PCR

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

รองพื้นชนิดและความไว
ตามตำราเป็นทางดินเชื้อราสาเหตุมะเขือเทศจะทั่วโลก สามเชื้อชาติทางสรีรวิทยาของ fol มีรายงานทั่วโลกที่การแข่งขัน 1 เป็นที่พบมากที่สุดในประเทศที่มีภูมิอากาศอบอุ่น อย่างไรก็ตาม การวินิจฉัยระดับโมเลกุลของการแข่งขันเหล่านี้เป็นสิ่งที่ท้าทายเนื่องจากจีโนมลำดับของการแข่งขันแบบซ้อนกัน 2 ต่อสาธารณะ ( http : / / www.broadinstitute . org / )สีขาว six1 ยีน encodes เป็นปัจจัยต่อโรคพืช มะเขือเทศ ซึ่งมีการหลั่งในไซเลมของเจ้าภาพในช่วงการล่าอาณานิคม [ 32 ] ทาง six1 ได้ถูกแสดงเป็น โปรตีนที่จำเป็นสำหรับโรคที่สำคัญที่เต็มไปด้วยเชื้อโรค [ 36 ] และเป็นเป้าหมายที่เหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูล รูปที่ 5 แสดงให้เห็นว่าเทคนิคการวิเคราะห์เป้าหมายของ six1 ส่วนเล็ก ๆ ,การใช้ไพรเมอร์ชุด p12-f2b สีขาว six1-r1 และส่งผลให้ชัดเจนและเฉพาะเจาะจงสำหรับสายพันธุ์และสีขาว . นอกจากนี้ ไม่ amplicons false-positive พบเมื่อทดสอบกับสายพันธุ์ Fusarium อื่นๆ ( รูปที่ 5 ) , ตามที่ได้รับรายงานว่า ก่อนหน้านี้ โดย lievens et al . [ 31 ] โดยใช้วิธีการอธิบายไว้ก่อนหน้านี้และการสกัดดีเอ็นเอไพรเมอร์ และ fol-six1-r1 p12-f2b ชุด ,เราตั้งใจว่า ขีดจำกัดของการตรวจหา 10 PG ของ gdna / Real-Time PCR