ทางกทม. จะมีการตรวจวัดคุณภาพน้ำในคลองแสนแสบทั้งหมด 11 จุด จะตรวจเดือนละครั้ง ซึ่งข้อมูลการตรวจวัดคุณภาพน้ำปี 2557 พบว่า โดยเฉลี่ยแล้วคลองแสนแสบมีปริมาณออกซิเจนที่ละลายอยู่ในน้ำ(DO) 1.9 ซึ่งมาตรฐานของน้ำที่มีคุณภาพดีโดยทั่วไปจะมีค่า DO ประมาณ 5-8 ppm ส่วนน้ำเสียจะมีค่า DO ต่ำกว่า 3 ppm ซึ่งค่า DO มีความสำคัญในการบ่งบอกว่าแหล่งน้ำนั้นมีปริมาณออกซิเจเพียงพอต่อความต้องการของสิ่งมีชีวิตหรือไม่ ซึ่งจะเห็นได้ว่าคุณภาพของคลองแสนแสบนั้นอยู่ต่ำกว่า 3 ppm ดังนั้นน้ำในคลองแสนแสบยังอยู่ในสถานะน้ำเสีย และมีจุดที่มีคุณภาพน้ำต่ำกว่าเกณฑ์มาตรฐานมากในช่วงจากคลองตันไปจนถึงบางกะปิ ระยาทาง 6 กิโลเมตร