Phylogeny ConstructionWe selected t

Phylogeny Construction
We selected the following plant species to represent sequenced mono-cotyledon and dicotyledon outgroups:Brachypodium distachyon, Oryza
sativa,Sorghum bicolor,Musa acuminata,Acorus americanus,Elaeis gui-neensis, Arabidopsis thaliana, Populus trichocarpa, and Vitis vinifera. All
nucleotides were used from the one-to-one ortholog gene alignments
and used to reconstruct the phylogeny of these species using the
GTR+GAMMA model of molecular evolution in RAxML (Stamatakis,
2006). For the calibration tree, we used the fossil dates among eudicots,
monocots, Musacaceae, and Poaceae reported byMagallon and
Castillo. (2009)andhttp://timetree.org/(Hedges et al., 2006; Kumar and
Hedges, 2011) to calibrate the gene evolution rate in the phylogenetic
tree using the penalized likelihood methodwith truncated-Newton optimi-zation as implemented by r8s v1.71 (Sanderson, 2006). Then, the
divergence times of each node in our tree was inferred using the
mcmctree package in PAML (Yang, 2007) with the JC69 model.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ก่อสร้าง phylogenyเราเลือกชนิดพืชถึงโมโนเลี้ยงตามลำดับ และพืชใบเลี้ยงคู่ outgroups: Brachypodium distachyon, Oryzaซา ข้าวฟ่างไบคัลเลอร์ กล้วย Acorus americanus ปาล์มน้ำมัน gui-neensis, Arabidopsis thaliana, Populus trichocarpa และ Vitis vinifera ทั้งหมดใช้นิวคลีโอไทด์จากการจัดแนวยีน ortholog แบบหนึ่งต่อหนึ่งและใช้ในการสร้างส่วนของสายพันธุ์เหล่านี้โดยใช้การรุ่น GTR + แกมมาของวิวัฒนาการโมเลกุลใน RAxML (Stamatakis2006) . สำหรับต้นไม้ปรับเทียบ เราใช้วันฟอสซิระหว่าง eudicotsmonocots, Musacaceae และหญ้ารายงาน byMagallon และCastillo andhttp://timetree.org/ (2009) (ประเมินค่าเฮดจ์ et al. 2006 Kumar และป้องกันความเสี่ยง 2011) ปรับเทียบอัตราการวิวัฒนาการของยีนในการผลต้นไม้ที่ใช้ในโอกาสลงโทษ methodwith นิวตันตัด optimi-ความที่ดำเนินการ โดย r8s v1.71 (Sanderson, 2006) นั้นเวลาที่เศรษฐกิจของแต่ละโหนดในต้นไม้ของเราถูกสรุปโดยใช้การแพคเกจ mcmctree ใน PAML (ยาง 2007) ด้วยรูปแบบ JC69

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เชื้อชาติก่อสร้าง
เราคัดสรรสายพันธุ์พืชต่อไปนี้จะเป็นตัวแทนติดใจโมโนใบเลี้ยงและใบเลี้ยงคู่ outgroups: distachyon Brachypodium, Oryza
sativa, ข้าวฟ่างสี, กล้วยป่า, Acorus ดำ, Elaeis GUI-neensis, Arabidopsis thaliana, Populus trichocarpa และ Vitis vinifera ทั้งหมด
นิวคลีโอถูกนำมาใช้จากหนึ่งต่อหนึ่งการจัดแนว ortholog ยีน
และใช้เพื่อสร้างวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิตเหล่านี้โดยใช้ที่
รุ่น GTR + แกมมาของวิวัฒนาการในระดับโมเลกุล RAxML (Stamatakis,
2006) ต้นไม้การสอบเทียบที่เราใช้วันฟอสซิลในหมู่พืชใบเลี้ยงคู่แท้,
พืชใบเลี้ยงเดี่ยว, Musacaceae และหญ้ารายงาน byMagallon และ
Castillo (2009) andhttp: //timetree.org/ (. พุ่มไม้ et al, 2006; มาร์และ
พุ่มไม้ 2011) การปรับอัตราการวิวัฒนาการของยีนในสายวิวัฒนาการ
ต้นไม้โดยใช้ความน่าจะลงโทษ methodwith ตัดทอนนิวตันและที่ดี-zation เป็นดำเนินการโดย r8s v1.71 (Sanderson, 2006) จากนั้น
ช่วงเวลาที่แตกต่างของแต่ละโหนดในต้นไม้ของเราได้รับการสรุปการใช้
แพคเกจ mcmctree ใน PAML (ยาง 2007) ที่มีรูปแบบ JC69

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การก่อสร้างระบบเชื้อชาติเราเลือกตามชนิดพืชที่จะเป็นตัวแทนของลำดับเบสและ outgroups พืชใบเลี้ยงคู่ใบเลี้ยงเดี่ยว : brachypodium distachyon , ข้าวsativa ข้าวฟ่าง , กล้วยป่า acorus มริกานัส , , , neensis Arabidopsis thaliana GUI , คน , trichocarpa และองุ่น vinifera . ทั้งหมดเราใช้จากแบบ การ ortholog ยีนและใช้เพื่อสร้างระบบเชื้อชาติเผ่าพันธุ์เหล่านี้ใช้GTR + แกมมาแบบวิวัฒนาการโมเลกุล ( stamatakis raxml ,2006 ) สำหรับต้นไม้ที่ปรับแต่ง เราใช้วันที่ของ eudicots ฟอสซิล ,พืชใบเลี้ยงเดี่ยว musacaceae , และหน้ารายงาน bymagallon และคาสติลโล่ ( 2009 ) andhttp : / / timetree . org / ( เฮดจ์ et al . , 2006 ; คูมาร์ และพุ่มไม้ , 2011 ) เพื่อปรับอัตราการวิวัฒนาการวิวัฒนาการในยีนต้นไม้ที่ใช้ลงโทษตัดโอกาสตามปกตินิวตัน optimi รับรองเอกสารที่ดำเนินการโดย r8s v1.71 ( แซนเดอร์สัน , 2006 ) งั้นDivergence ครั้งของแต่ละโหนดในต้นไม้ของเราได้ใช้mcmctree แพคเกจใน paml ( Yang , 2007 ) กับ jc69 นางแบบ